بیوانفورماتیک
محمدامین باقری؛ حمید نجفی زرینی
دوره 5، شماره 11 ، آذر 1394، ، صفحه 38-49
چکیده
شناسایی و کمیتسنجی پروتئینها و ژنهای بیان شده در شرایط تنش شوری میتواند منجر به درک هرچه بهتر مکانیسمهای پاسخی شود. بدین منظور در این تحقیق از روش پروتئومیکس مقایسهای iTRAQ جهت بررسی تغییرات پروتئینی در شرایط تنش شوری و کمیتسنجی آنها استفاده شد. سپس جهت بررسیهای بیشتر پیرامون عملکرد ژنهای شناسایی شده از اطلاعات بیان ژن و همبیانی در ...
بیشتر
شناسایی و کمیتسنجی پروتئینها و ژنهای بیان شده در شرایط تنش شوری میتواند منجر به درک هرچه بهتر مکانیسمهای پاسخی شود. بدین منظور در این تحقیق از روش پروتئومیکس مقایسهای iTRAQ جهت بررسی تغییرات پروتئینی در شرایط تنش شوری و کمیتسنجی آنها استفاده شد. سپس جهت بررسیهای بیشتر پیرامون عملکرد ژنهای شناسایی شده از اطلاعات بیان ژن و همبیانی در پایگاهداده و آنالیز توالیهای مربوطه استفاده شد. با توجه به نتایج بهدست آمده از iTRAQ-2DLC-MS/MS مجموعهای از پروتئینها از جمله P5CS1، KIN1، KIN2، ERD10، ERD14 و COR47 شناسایی شد. نتایج بیان ژنهای مربوطه نشان داد که بیان این ژنها تنها به تنش شوری محدود نمیشود و در پاسخ به سایر تنشهای اسمزی نیز دخالت دارند. شبکهی ژنی پروتئینهای شناسایی شده با نرمافزار String بررسی گردید. بر اساس نتایج بهدست آمده در طی بیان این ژنها ترکیبات محافظ از جمله مواد محلول سازگار، پروتئینهای دهایدرین و غیره در سلول تولید میشود که حضور آنها منجر به القای مکانیسمهای مقاومت و تحمل در گیاه در برابر تنشهای اسمزی از جمله شوری می شود.