بیوانفورماتیک
سارا دژستان؛ مهدی بهنامیان؛ سحر فتحی اجیرلو؛ محمدعلی ابراهیمی؛ بنیامین یزدانی
دوره 8، شماره 21 ، خرداد 1397، ، صفحه 17-35
چکیده
خانواده ژنی NAC یک خانواده بزرگ عوامل نسخهبرداری اختصاصی گیاهی است که نقشهای متنوعی در مراحل نمو گیاهی و پاسخ به تنشها ایفا میکند. با تکمیل پروژه توالییابی ژنوم Hordeum vulgare cv. Morex امکان مطالعات بیوانفورماتیکی خانواده ژنی NAC در جو فراهم گردید. در این پژوهش با استفاده از پایش ژنومی، در کل 73 ژن غیرتکراری رمزکننده NAC در توالیهای ژنومی ...
بیشتر
خانواده ژنی NAC یک خانواده بزرگ عوامل نسخهبرداری اختصاصی گیاهی است که نقشهای متنوعی در مراحل نمو گیاهی و پاسخ به تنشها ایفا میکند. با تکمیل پروژه توالییابی ژنوم Hordeum vulgare cv. Morex امکان مطالعات بیوانفورماتیکی خانواده ژنی NAC در جو فراهم گردید. در این پژوهش با استفاده از پایش ژنومی، در کل 73 ژن غیرتکراری رمزکننده NAC در توالیهای ژنومی Hordeum vulgare cv. Morex شناسایی شد. یک درخت تبارشناسی مرکب با توالیهای پروتئینی HvNAC و تعدادی از توالیهای پروتئینی NAC شناختهشده برنج و آرابیدوپسیس ترسیم شد و آنها به 15 زیرگروه مشخص طبقهبندی شدند. مشخص شد که پراکنش ژنهای HvNAC روی کروموزومهای جو غیریکنواخت است. بیشتر ژنهای NAC بهصورت انفرادی قرار گرفتهاند و معدودی از آنها با دو یا سه ژن خوشهبندی شدهاند. بیشتر عناصر cis ردیابیشده در نواحی بالادست و پاییندست ژنهای HvNAC در پاسخ به نور، پاسخ به تنشهای غیرزیستی و به مقدار نسبتاً اندک در پاسخ به تنش-های زیستی دخیل هستند. در آنالیز in silico بیان ژن، ژنهای HvNAC در دامنه گستردهای از بافتهای مختلف بیان شدند و در مراحل نموی به-طور عمده بیان نشدند، همچنین، ژنهای HvNAC در شرایط تنش غیرزیستی تا حدودی و به مقدار نسبتاً کمتر در تنشهای زیستی بیان شدند. این اطلاعات بیوانفورماتیکی چارچوبی برای مطالعات ژنومی و عملکردی این خانواده ژنی در جو فراهم میکند.
بیوتکنولوژی و تنش های زنده و غیرزنده
خدیجه نوروزی نوروزی؛ رضا فتوت؛ فرید شکاری؛ احسان محسنی فرد
دوره 6، شماره 15 ، آذر 1395، ، صفحه 1-11
چکیده
شوریخاک از مهمترین تنش های غیرزیستی است که شدیداً تولید محصول را کاهش می دهد. مطالعات اخیر نشان داده است که کاربرد بیرونی سالیسیلیکاسید بهعنوان یک ملکول مهم در مسیر ترارسانی در انتقال پیام های تنش های غیرزیستی نقش دارد. با وجود این نقش آن در ترارسانی تنش شوری روشن نیست. در این تحقیق اثر غلظت های مختلف سالیسیلیکاسید، در بیان ژن ...
بیشتر
شوریخاک از مهمترین تنش های غیرزیستی است که شدیداً تولید محصول را کاهش می دهد. مطالعات اخیر نشان داده است که کاربرد بیرونی سالیسیلیکاسید بهعنوان یک ملکول مهم در مسیر ترارسانی در انتقال پیام های تنش های غیرزیستی نقش دارد. با وجود این نقش آن در ترارسانی تنش شوری روشن نیست. در این تحقیق اثر غلظت های مختلف سالیسیلیکاسید، در بیان ژن های گیرنده ی شبهکینازی دو رقم جو (ریحان و نصرت) متفاوت از لحاظ مقاومت به شوری مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که شوری و سالیسیلیکاسید تأثیر معنی داری بر صفات گیاهچهای جو داشتهاند و موجب افزایش بیان نسبی ژن های Hv3ARK و IdiRLK2 در رقم نصرت شدند. ولی در رقم ریحان بیان نسبی ژن ها متفاوت بود. به نظر می رسد سالیسیلیکاسید با فعال کردن گیرندههای شبهکینازی در مسیر انتقال پیام شوری قرار دارد. این نتایج نشان می دهد که برخی از گیرنده های شبهکینازی، ممکن است در پاسخهای بواسطه سالیسیلیکاسید در گیاهان تحت تنش های غیرزیستی نقش داشته باشند.