بیوانفورماتیک
مریم مرتضائی فر؛ رضا فتوت؛ فرید شکاری؛ شهریار ساسانی
دوره 7، شماره 17 ، خرداد 1396، ، صفحه 55-71
چکیده
شرایط محیطی منجر به ساخت ملکولهای پیامرسان از جمله فیتوهورمونها در گیاهان میگردد که وظایف مهمی بعنوان پیامرسان اولیه در مسیر ترارسانی و تنظیم فعالیتهای سوخت و ساز سلول را بعهده دارند. هورمون جاسمونیکاسید با کنترل عاملهای رونویسی در فرآیندهای نموی و پاسخ گیاهان به تنشهای مختلف نقشی کلیدی ایفا میکند. با وجود مطالعات ...
بیشتر
شرایط محیطی منجر به ساخت ملکولهای پیامرسان از جمله فیتوهورمونها در گیاهان میگردد که وظایف مهمی بعنوان پیامرسان اولیه در مسیر ترارسانی و تنظیم فعالیتهای سوخت و ساز سلول را بعهده دارند. هورمون جاسمونیکاسید با کنترل عاملهای رونویسی در فرآیندهای نموی و پاسخ گیاهان به تنشهای مختلف نقشی کلیدی ایفا میکند. با وجود مطالعات فراوان صورت گرفته، پاسخ گیاهان به این هورمون بهطور کامل شناخته نشده است. در اینجا، دادههای ریزآرایه مربوط به گیاه آرابیدوپسیس از پایگاه داده GEO برای آنالیز شبکه همبیانی مورد استفاده قرار گرفت. از تجزیه تحلیل آنها با روش WGCNA (شبکه همبیانی ژنی وزندار)، 25 گروه ژنی (ماژول) بدست آمد که پروفایل بیانی آنها در پاسخ به جاسمونیکاسید با یکدیگر دارای همبستگی معنیدار بالایی بود. برای بررسی معنیداربودن آماری هر ماژول از نظر زیستی از تجزیه و تحلیل هستیشناسی ژن استفاده شد. نتایج نشان داد که فرآیندهای زیادی از جمله فتوسنتز، مرگ برنامهریزی شده سلول و پاسخ به تنشهای مختلف به وسیله جاسمونات کنترل شدند. علاوه براین، تعداد زیادی عامل رونویسی، برای مثال 11 ژن از خانواده NAC و 12 ژن از خانواده bHLH، در تنظیم پاسخهای جاسمونیکاسید نقش داشتند و فرآیندهایی همچون پاسخ به تنشهای زیستی و غیر زیستی، نمو گل و پاسخ به نور را کنترل نمودند.
پروتئومیکس
معروف خلیلی؛ محمد رضا نقوی
دوره 6، شماره 16 ، اسفند 1395، ، صفحه 31-44
چکیده
در این پژوهش، تجزیه پروتئوم از طریق الکتروفورز دوبعدی و رنگ-آمیزی آبی کوماسی برای دو رقم گندم بهاره شامل کویر بهعنوان رقم متحمل و بهار بهعنوان رقم حساس انجام شد. بعد از کمّی کردن لکه-ها توسط نرمافزارSame spot progenesis ، تعداد 10 لکه پروتئینی مشترک تکرارپذیر دارای تفاوت معنیدار بین شرایط شاهد و تنش خشکی در دو رقم کویر و بهار تشخیص داده ...
بیشتر
در این پژوهش، تجزیه پروتئوم از طریق الکتروفورز دوبعدی و رنگ-آمیزی آبی کوماسی برای دو رقم گندم بهاره شامل کویر بهعنوان رقم متحمل و بهار بهعنوان رقم حساس انجام شد. بعد از کمّی کردن لکه-ها توسط نرمافزارSame spot progenesis ، تعداد 10 لکه پروتئینی مشترک تکرارپذیر دارای تفاوت معنیدار بین شرایط شاهد و تنش خشکی در دو رقم کویر و بهار تشخیص داده شد. با استفاده از طیفسنجی جرمی MALDI-TOF/TOFاز بین پروتئینهای مشترک، نه لکه پروتئینی مشترک شناسایی و نوع فعالیت آنها و نحوه عمل این پروتئینها در سلول مشخص شد. بر اساس نتایج بدست آمده پروتئینهای دخیل در واکنش نوری (سه لکه پروتئینی شاملChlorophyll a-b binding protein 8، Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplasti و Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38) و چرخه کالوین (دو لکه پروتئینی شامل Fructose-1,6-bisphosphatase و ribulose-bisphosphate carboxylase small chain precursor) در هر دو رقم بیشترین گروههای عملکردی پروتئین و به عبارتی مهمترین پروتئین-های مشترک جهت حفظ کارایی گندم تحت شرایط تنش خشکی بودند. از آنجایی که این پروتئینها در هر دو رقم متحمل و حساس تغییر بیان نشان دادند، بنظر میرسد که حساسترین پروتئینها در پاسخ به تنش خشکی در گندم بهاره باشند. در مجموع، نتایج این پژوهش نشان داد که حفظ کارایی فتوسنتز تحت تنش خشکی از اهمیت بالایی برخوردار است.