بیوانفورماتیک
زهرا حاجی برات؛ عباس سعیدی؛ زهره حاجی برات
چکیده
آغاز گلدهی فاکتور مهمی است که عملکرد گیاه را تحت تأثیر قرار میدهد. عوامل محیطی تأثیر معنیداری بر مرحله گلدهی میگذارند. آنالیز بیوانفورماتیک فاکتور رونویسی MADS-box که به عنوان اجزای مهم در تشکیل گلدهی انجام گرفت. برکپودیوم گیاه مدل جدیدی است که برای درک بهتر مکانیسمهای ژنتیکی، سلولی و بیولوژی مولکولی گیاهان مورد استفاده قرار میگیرد. ...
بیشتر
آغاز گلدهی فاکتور مهمی است که عملکرد گیاه را تحت تأثیر قرار میدهد. عوامل محیطی تأثیر معنیداری بر مرحله گلدهی میگذارند. آنالیز بیوانفورماتیک فاکتور رونویسی MADS-box که به عنوان اجزای مهم در تشکیل گلدهی انجام گرفت. برکپودیوم گیاه مدل جدیدی است که برای درک بهتر مکانیسمهای ژنتیکی، سلولی و بیولوژی مولکولی گیاهان مورد استفاده قرار میگیرد. در این مطالعه 43 توالی ژنهای MADS-box برکپودیوم با استفاده از روابط فیلوژنی، موتیفهای محافظتشده، نقشه کروموزومی، آنالیز جایگاه اتصال فاکتور رونویسی و ترکیبات آمینواسیدهای آنالیز شدند. هدف از این مطالعه شناخت بهتر مکانیسمهای مولکولی مرتبط با گلدهی میباشد. در این مطالعه، نتایج نشان داد که ژنهایMADS-box بر روی تمامی کروموزومهای برکپودیوم پراکنده هستند، درحالیکه کلاسترهای ژنی بر روی تمامی کروموزمها به جز کروموزم شماره پنج قرار داشتند. آنالیز ترکیبات آمینواسیدی نشان داد که لوسین، سرین و گلوتامات بالاترین مقدار و پایینترین میزان مربوط به تریپتوفان بود که باعث القای گلدهی میشود. براساس آنالیز فیلوژنی ژنها به 4 گروه تقسیم بندی شدند. تست تاجیما وجود انتخاب متعادل را در توالی MADS-box پیشبینی میکند و درنتیجه، پلیمورفیسم در توالیها حفظ میشود. در نتیجه میتوان گفت که تنوع کل در ژنهای MADS-box بالا بودهاست. در مجموع، نتایج ما اطلاعات مفیدی برای بررسی ژنهای درگیر در پاسخ به گلدهی فراهم نموده و شناخت مکانیسم مولکولی و روابط بین ژنی در مسیر گلدهی را تسهیل ساختهاست.
بیوانفورماتیک
مریم مرتضائی فر؛ رضا فتوت؛ فرید شکاری؛ شهریار ساسانی
دوره 7، شماره 17 ، خرداد 1396، ، صفحه 55-71
چکیده
شرایط محیطی منجر به ساخت ملکولهای پیامرسان از جمله فیتوهورمونها در گیاهان میگردد که وظایف مهمی بعنوان پیامرسان اولیه در مسیر ترارسانی و تنظیم فعالیتهای سوخت و ساز سلول را بعهده دارند. هورمون جاسمونیکاسید با کنترل عاملهای رونویسی در فرآیندهای نموی و پاسخ گیاهان به تنشهای مختلف نقشی کلیدی ایفا میکند. با وجود مطالعات ...
بیشتر
شرایط محیطی منجر به ساخت ملکولهای پیامرسان از جمله فیتوهورمونها در گیاهان میگردد که وظایف مهمی بعنوان پیامرسان اولیه در مسیر ترارسانی و تنظیم فعالیتهای سوخت و ساز سلول را بعهده دارند. هورمون جاسمونیکاسید با کنترل عاملهای رونویسی در فرآیندهای نموی و پاسخ گیاهان به تنشهای مختلف نقشی کلیدی ایفا میکند. با وجود مطالعات فراوان صورت گرفته، پاسخ گیاهان به این هورمون بهطور کامل شناخته نشده است. در اینجا، دادههای ریزآرایه مربوط به گیاه آرابیدوپسیس از پایگاه داده GEO برای آنالیز شبکه همبیانی مورد استفاده قرار گرفت. از تجزیه تحلیل آنها با روش WGCNA (شبکه همبیانی ژنی وزندار)، 25 گروه ژنی (ماژول) بدست آمد که پروفایل بیانی آنها در پاسخ به جاسمونیکاسید با یکدیگر دارای همبستگی معنیدار بالایی بود. برای بررسی معنیداربودن آماری هر ماژول از نظر زیستی از تجزیه و تحلیل هستیشناسی ژن استفاده شد. نتایج نشان داد که فرآیندهای زیادی از جمله فتوسنتز، مرگ برنامهریزی شده سلول و پاسخ به تنشهای مختلف به وسیله جاسمونات کنترل شدند. علاوه براین، تعداد زیادی عامل رونویسی، برای مثال 11 ژن از خانواده NAC و 12 ژن از خانواده bHLH، در تنظیم پاسخهای جاسمونیکاسید نقش داشتند و فرآیندهایی همچون پاسخ به تنشهای زیستی و غیر زیستی، نمو گل و پاسخ به نور را کنترل نمودند.