بیوانفورماتیک
سمیرا محمدی؛ قربانعلی نعمت زاده؛ حمید نجفی زرینی؛ سید حمیدرضا هاشمی پطرودی
چکیده
MicroRNAها گروه بزرگی از RNAهای کوچک و غیرکدکننده هستند که با برش mRNA مورد هدف و یا مهار ترجمه، بیان این ژنها را تنظیم میکنند. خانواده miR164 گیاهی بسیار حفاظتشده بوده و از طریق تنظیم ژنهای NAC مورد هدف خود، در پاسخ گیاهان به تنشهای غیرزیستی نقش دارند. در مطالعه حاضر، 68 ژن بالقوه کدکننده دمین NAC در Aeluropus littoralis بهعنوان یک گیاه هالوفیت از ...
بیشتر
MicroRNAها گروه بزرگی از RNAهای کوچک و غیرکدکننده هستند که با برش mRNA مورد هدف و یا مهار ترجمه، بیان این ژنها را تنظیم میکنند. خانواده miR164 گیاهی بسیار حفاظتشده بوده و از طریق تنظیم ژنهای NAC مورد هدف خود، در پاسخ گیاهان به تنشهای غیرزیستی نقش دارند. در مطالعه حاضر، 68 ژن بالقوه کدکننده دمین NAC در Aeluropus littoralis بهعنوان یک گیاه هالوفیت از خانواده Poaceae شناسایی شد. در میان ژنهای AlNAC شناسایی شده، 4 ژن بهعنوان هدف miR164 پیشبینی شدند. حفظشدگی بالای جایگاههای تششخیص miR164 در ژنهای AlNAC حاکی از نقش ضروری جایگاههای هدف در کارکرد طبیعی این ژنها بهعنوان عوامل رونویسی میباشد. الگوی بیان ژن انتخابی AlNAC1L.1 در پاسخ به تنشهای شوری و خشکی و فیتوهورمون ABA در بافتهای برگ، ساقه و ریشه با استفاده از RT-qPCR مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که ژن AlNAC1L.1 در زمان 6 ساعت بعد از اعمال تنش در تمامی بافتها کاهش بیان نشان میدهد. در بین تیمارها، تیمار سدیمکلرید 600 میلیمولار بیان AlNAC1L.1 را در بافتهای برگ، ساقه و ریشه به ترتیب حدود 217- ، 26- و 9- برابر کاهش داد. بنابراین، AlNAC1L.1 بهعنوان ارتولوگ ژن OMTN6 (ژن NAC هدف miR164 در برنج) میتواند نقش تنظیمکننده منفی در پاسخ به تیمارهای شوری، خشکی و ABA ایفا نماید. این نتایج نشان داد که کارکرد برخی از پروتئینهای NAC میتواند در بین گونهها حفاظتشده باشد. در مجموع، این یافتهها منبع مفیدی برای تجزیه و تحلیل بیشتر میانکنشهای بین ژنهای NAC و خانواده miR164 در پاسخ به تنشهای غیرزیستی فراهم آورده است.
بیوانفورماتیک
سپیده سنجری؛ رضا شیرزادیان خرم آباد؛ زهراسادات شبّر؛ مریم شهبازی
دوره 8، شماره 21 ، خرداد 1397، ، صفحه 1-15
چکیده
سورگوم علیرغم تحمل قابلتوجه به خشکی، در دوران قبل و بعد از گلدهی در صورت مواجهه با تنش خشکی، دچار کاهش عملکرد دانهای میشود. عوامل رونویسیNAC ، نقش کلیدی در سازگاری سورگوم به خشکی ایفا میکنند. در این مطالعه، اطلاعات مربوط به خانواده پروتئینیNAC از پایگاههای اطلاعاتی جمعآوری شد. سپس، مدل مخفی مارکوف دمین NAC (PF02365) بر علیه پروتئینهای ...
بیشتر
سورگوم علیرغم تحمل قابلتوجه به خشکی، در دوران قبل و بعد از گلدهی در صورت مواجهه با تنش خشکی، دچار کاهش عملکرد دانهای میشود. عوامل رونویسیNAC ، نقش کلیدی در سازگاری سورگوم به خشکی ایفا میکنند. در این مطالعه، اطلاعات مربوط به خانواده پروتئینیNAC از پایگاههای اطلاعاتی جمعآوری شد. سپس، مدل مخفی مارکوف دمین NAC (PF02365) بر علیه پروتئینهای سورگوم مورد جستجو قرار گرفت. در مجموع، 183 توالی پروتئینی کدشونده توسط 131 مکان ژنی شناسایی شدند. درخت فیلوژنی بر اساس دمینNAC خانواده ژنیNAC سورگوم، بههمراه 11 توالی پروتئینی شناخته شده در سایر گیاهان، با روش نزدیکترین همسایهها ترسیم شد که این خانواده را به 15 زیرخانواده طبقهبندی نمود. 13 عضو از خانواده پروتئینی NAC سورگوم به زیرخانوادهSNAC های سایر گیاهان پیوستند که احتمالا در تحمل به تنشهای غیرزیستی دخیل باشند. 14 نوع عنصر تنظیمی پاسخدهنده به تنشها و هورمونها در راهانداز ژنهای زیرگروه SNAC پیشبینی شد. بهمنظور بررسی الگوی بیانی نسبی ژنهای SNAC، کشت مزرعهای بهصورت اسپلیت پلات در قالب طرح بلوکهای کامل تصادفی اجرا شد. آبیاری در دو سطح شامل آبیاری معمولی و تنش خشکی (قطع آبیاری پس از گلدهی) و ارقام در دو سطح شامل کیمیا (متحمل) و سپیده (حساس) لحاظ گردید. با توجه به الگوی بیانی SbSNACها، انتظار میرود که برخی از اعضا بهعنوان تنظیمکنندههای رونویسی مثبت (سه عضو) و منفی (سه عضو) در پاسخ به تنش خشکی پس از گلدهی در سورگوم فعالیت کنند. همچنین، برخی در پیری برگ (دو عضو) و فرایند انتقال مجدد فلزات (دو عضو) نقش دارند.