فیزیولوژی مولکولی
بتول صابرتنها؛ براتعلی فاخری؛ نفیسه مهدی نژاد؛ زهره علیزاده
دوره 7، شماره 17 ، خرداد 1396، ، صفحه 1-13
چکیده
این پژوهش بهمنظور بررسی تأثیر تنش خشکی و نانو ذرات نقره بر بیان ژن بتاکاروتنهیدروکسیلاز (bch) و تولید کارتنوئید در گیاه زعفران انجام شد. آزمایش در دو سطح آبیاری نرمال و تنش خشکی کامل بر روی نه اکوتیپ زعفران در سه سطح، شاهد (آب مقطر)، 55 و 110 پیپیام نانو ذرات نقره پیاده شد. این بررسی بهصورت اسپیلت پلات فاکتوریل در قالب طرح بلوکهای ...
بیشتر
این پژوهش بهمنظور بررسی تأثیر تنش خشکی و نانو ذرات نقره بر بیان ژن بتاکاروتنهیدروکسیلاز (bch) و تولید کارتنوئید در گیاه زعفران انجام شد. آزمایش در دو سطح آبیاری نرمال و تنش خشکی کامل بر روی نه اکوتیپ زعفران در سه سطح، شاهد (آب مقطر)، 55 و 110 پیپیام نانو ذرات نقره پیاده شد. این بررسی بهصورت اسپیلت پلات فاکتوریل در قالب طرح بلوکهای کامل تصادفی در دو تکرار در مزرعه تحقیقاتی دانشگاه بیرجند و پژوهشکده زیستفناوری دانشگاه زابل انجام شد. بعد از تهیه نمونههای برگی از تمامی تیمارها، استخراج RNA، ساخت cDNAو تعیین شیب دمایی، جهت بررسی الگوی بیان ژن از واکنش Real Time PCR استفاده شد. سپس دادهها با نرمافزارهای GenEX و SAS 9.2 مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. اثرات اصلی تیمارهای اکوتیپ، نانوذره نقره و تنش خشکی و اثرات متقابل آنها برای بیان ژن bch و میزان کارتنوئید در سطح احتمال یک درصد معنیدار شد. حداکثر بیان ژن bch و مقدار کارتنوئید در سطح 55 پیپیام نانوذره نقره تحت تنش خشکی در اکوتیپ قاین (به ترتیب 62/1478 و 37/21 میکروگرم بر گرم وزنتر) مشاهده شد. در نتیجه، تنش خشکی و نانوذره نقره تا سطح 55 پیپیام موجب افزایش بیان ژن bch و میزان تولید کارتنوئید شده است.
اصلاح نباتات مولکولی
پروانه محمودی؛ احمد معینی؛ سید مجتبی خیام نکویی؛ محسن مردی؛ قاسم حسینی سالکده
دوره 4، شماره 6 ، شهریور 1393، ، صفحه 35-46
چکیده
زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوبترین ادویه جهانی، گونهای تریپلوئید از خانواده Iridaceae میباشد. این گونه با کلالههای قرمز، بلند و معطر، از سایر گونههای این خانواده متمایز است. با پیشرفتهای سریع بوجود آمده در نسل دوم توالییابی، توالییابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزانتری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری ...
بیشتر
زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوبترین ادویه جهانی، گونهای تریپلوئید از خانواده Iridaceae میباشد. این گونه با کلالههای قرمز، بلند و معطر، از سایر گونههای این خانواده متمایز است. با پیشرفتهای سریع بوجود آمده در نسل دوم توالییابی، توالییابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزانتری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالیهای ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه ترانسکریپتوم موجوداتی است که توالی ژنوم آنها در دسترس نیست. توالییابی دقیق و مونتاژ قابل اعتماد در دادههای ترانسکریپتوم، برای آنالیزهای پاییندست ضروری میباشد. در این مطالعه با جداسازی و تعیین توالی ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی با استفاده از نسل دوم توالییابی نتایج عملکرد تجزیه و تحلیل داده ها بوسیله دو نرمافزار پرکاربرد به نامهای SOAPdenovo و Trinity مقایسه شد. نتایج این پژوهش نشان داد که میانگین طول توالیها و تعداد یونیژنهای بدست آمده در Trinity بیشتر از SOAPdenovo میباشد (میانگین 689 برای Trinity و 624 برای SOAPdenovo). نتایج مونتاژ بهتر توسط مونتاژگر مناسب وقتی به پروتئین ترجمه میشود منجر به افزایش معنی-داری در تعداد رکوردهای بهدست آمده در پایگاههای اطلاعاتی میشود و تعداد بیشتر یونیژن امکان شناسایی مسیرهای بیوسنتزی متابولیتهای مهم بیشتری را فراهم میکند. یونیژنهای مونتاژ شده در Trinity فاقد فاصله بوده و میانگین آن حدود دو برابر یونیژنهای مونتاژ شده بوسیله SOAPdenovo بود. بهطور کلی انتخاب ابزار و پارامترهای مناسب برای مونتاژ ترانسکریپتوم بدون درک کاملی از عملکرد ابزارهای مختلف و تنظیمات آنها کار مشکلی است. با مقایسه عملکرد نرمافزارهای مختلف بر روی موجودات مختلف میتوان توصیههایی در زمینه استفاده از آنها ارائه داد و نرمافزار مناسبتر را انتخاب کرد.