ژنومیکس
رضوان موسیوند؛ محمد مجدی؛ فواد فاتحی؛ حامد غباری
چکیده
یکی از مضرترین آفات جنگلهای زاگرس، پروانهی جوانهخوار بلوط Tortrix viridana (Lep. Tortricidae) است. تنوع ژنتیکی جمعیتهای گیاه میزبان پروانهی جوانهخوار بلوط در جنگلهای بلوط شمال غرب ایران و منطقهی زاگرس شمالی با استفاده از توالی ژن 28s بررسی شد. جمعآوری نمونهها، در مناطق جنگلی استانهای آذربایجان غربی، لرستان، کردستان و کرمانشاه صورت ...
بیشتر
یکی از مضرترین آفات جنگلهای زاگرس، پروانهی جوانهخوار بلوط Tortrix viridana (Lep. Tortricidae) است. تنوع ژنتیکی جمعیتهای گیاه میزبان پروانهی جوانهخوار بلوط در جنگلهای بلوط شمال غرب ایران و منطقهی زاگرس شمالی با استفاده از توالی ژن 28s بررسی شد. جمعآوری نمونهها، در مناطق جنگلی استانهای آذربایجان غربی، لرستان، کردستان و کرمانشاه صورت گرفت. نمونههای جمعآوری شده که در مرحلهی لاروی بودند تا زمانی که به شفیره و سپس به حشرهی کامل تبدیل شوند، در آزمایشگاه نگهداری شدند. استخراج DNA به روش CTAB انجام و به منظور تکثیر ناحیه 28s از توالی ژن 28s جنس Tortrix از NCBI برای طراحی پرایمر استفاده شد. ناحیهی مورد نظر با استفاده از روش PCR تکثیر و محصولات PCR توالییابی شدند. 21 نمونه برای بررسی تنوع ژنتیکی با استفاده از ژن 28s انتخاب شد که 18 نمونه با کیفیت بالاتر توالی DNA برای بررسیهای بیشتر مورد استفاده قرار گرفت. توالیهای DNA با استفاده از نرم افزار Bioedit ویرایش و با نرم افزار MegaX تراز شد و درخت فیلوژنتیک به روش UPGMA با 1000 تکرار نمونهبرداری ترسیم گردید. ارزیابی ساختار ژنتیکی جمعیتها نشان داد که تنوع مابین جمعیتها بیشتر از درون جمعیتها است. نتایج درخت فیلوژنتیک نیز نشان داد که نمونههای مختلف پروانهی جوانهخوار بلوط بر اساس فاصلهی جغرافیایی دارای تنوع ژنتیکی هستند. بنابراین زمان ظهور آفت، رفتار و نوع کنترل و مدیریت آفت آنها هم متفاوت است.
ژنومیکس
پریسا دریانی؛ هادی هادی درزی رامندی؛ سارا دژستان؛ زهرا سادات شبر
چکیده
آرایش سیستم ریشه و صفات مرتبط با آن برای جذب رطوبت از خاکهای عمیق اهمیت زیادی دارند. اطلاعات مربوط به QTLهای مرتبط با آرایش سیستم ریشهای برنج از مقالات و پایگاه دادههای مرتبط جمعآوری شدند. متاآنالیز در سطح کل ژنوم روی این QTLها با استفاده از دادههای 28 مطالعه مستقل مکانیابی QTL در 38 جمعیت مختلف برنج انجام شد. از میان 312 ناحیه QTL که ...
بیشتر
آرایش سیستم ریشه و صفات مرتبط با آن برای جذب رطوبت از خاکهای عمیق اهمیت زیادی دارند. اطلاعات مربوط به QTLهای مرتبط با آرایش سیستم ریشهای برنج از مقالات و پایگاه دادههای مرتبط جمعآوری شدند. متاآنالیز در سطح کل ژنوم روی این QTLها با استفاده از دادههای 28 مطالعه مستقل مکانیابی QTL در 38 جمعیت مختلف برنج انجام شد. از میان 312 ناحیه QTL که روی نقشه ژنتیکی مرجع قرار گرفتند، 84 و 228 ناحیه QTL بهترتیب در شرایط عادی رطوبتی و تنش خشکی شناساییشده بودند. پس از انتقالQTL ها روی نقشه توافقی، متاآنالیز QTL با به کارگیری نرمافزار BioMercator انجام شد. در مجموع تعداد 69 ناحیه MQTL معنیدار روی 12 کروموزوم برنج شناسایی شدند. نواحی MQTL شامل 5 تا 32 QTL اولیه و منعکسکننده QTLهای متعدد برای سه تا پنج صفت مرتبط با آرایش ریشه بودند. پس از بررسی فواصل اطمینان و تعداد QTLهای اولیه برای هر یک از نواحی MQTL، 23 ناحیه بهعنوان مهمترین نواحی MQTL گزینش و ژنهای واقع در محدوده این MQTLها شناسایی شدند. از جمله ژنهای کاندیدای دخیل در آرایش سیستم ریشه برنج که در نواحی MQTL قرار داشتند میتوان به ژنهایی از خانوادههای WRKY، ARF، IAA، EXPA، WOX، HOX، YUCCA، RHL و NAC اشاره کرد. جایگاه 60 MQTL با موقعیتSNPهای گزارششده در مطالعات ارتباطی کل ژنوم (GWAS) برای صفات ریختی ریشه در برنج همپوشانی داشتند. ژنهای منتخب امیدبخش و نواحی MQTL میتوانند برای مهندسی ژنتیک و بهنژادی مبتنی بر MQTL با هدف بهبود پتانسیل عملکرد، پایداری و کارایی در محیطهای مواجه با کمآبی در برنج مورد استفاده قرار گیرند.
ژنومیکس
رضا عطایی؛ مجید غلامحسینی؛ ولی اله محمدی
دوره 7، شماره 19 ، آبان 1396، ، صفحه 25-37
چکیده
تنوع فنوتیپی موجود در بسیاری از صفات مهم در گیاهان تحت تأثیر چندین جایگاه ژنی، عوامل محیطی و اثرات متقابل این دو میباشد. نقشهیابی ارتباطی یکی از روشهایی است که در دهههای اخیر برای مطالعه ژنتیکی و تعیین تعداد مکانهای ژنی کنترل کننده صفات کمی پیشنهاد شده است. این روش برای اولین بار در ژنتیک انسانی و برای صفاتی کیفی (مانند بیماریهای ...
بیشتر
تنوع فنوتیپی موجود در بسیاری از صفات مهم در گیاهان تحت تأثیر چندین جایگاه ژنی، عوامل محیطی و اثرات متقابل این دو میباشد. نقشهیابی ارتباطی یکی از روشهایی است که در دهههای اخیر برای مطالعه ژنتیکی و تعیین تعداد مکانهای ژنی کنترل کننده صفات کمی پیشنهاد شده است. این روش برای اولین بار در ژنتیک انسانی و برای صفاتی کیفی (مانند بیماریهای ژنتیکی) مورد استفاده قرار گرفت اما امروزه به دلیل پیشرفتهای چشمگیر در تکنولوژی توالییابی DNA، علاقمندی برای شناسایی ژنهای جدید و بهبود روشهای آماری استفاده از آن در جمعیتهای گیاهی رو به افزایش است. نقشهیابی ارتباطی روشی هدفمند برای شناسایی ارتباط آماری بین آللهای نشانگری و صفات کمی بر اساس عدم تعادل لینکاژی است. برخلاف نقشهیابی لینکاژی، این روش با بهرهگیری از تنوع موجود در جمعیتهای طبیعی و لحاظ کردن تمامی وقایعی که در طول تکامل افراد رخ داده است، ارتباط بین تنوع فنوتیپی و چندشکلی موجود در ژنوم را شناسایی میکند و روشی امیدوارکننده برای غلبه بر محدودیتهای نقشهیابی لینکاژی است. علیرغم اینکه نقشهیابی ارتباطی از توان آماری بالایی برخوردار است اما کاربرد این روش در جمعیتهای دارای ساختار، در گونههای با میزان کم عدم تعادل لینکاژی و در صفاتی که توسط آللهای نادر کنترل میشود بسیار پیچیده و دشوار است. در این مقاله وضعیت کلی نقشهیابی ارتباطی، نحوه کاربرد آن در جمعیت و محدودیتهای آن در گیاهان مورد بررسی قرار خواهد گرفت.
ژنومیکس
اصغر میرزایی اصل؛ میشانه عسگری؛ مریم علیمیرزائی
دوره 7، شماره 18 ، شهریور 1396، ، صفحه 57-72
چکیده
انتقال از رشد رویشی به فاز زایشی از تحولات مهم در زندگی گیاهان میباشد. این پدیده در گیاهان عالی تحت تاثیر بسیاری از عوامل ژنتیکی و فیزیولوژیکی میباشد. شناسایی این عوامل یکی از اهداف مهم در اصلاح بسیاری از گیاهان میباشد. در دهههای اخیر گیاه آرابیدوپسیس به عنوان یک گیاه مدل در بسیاری از مطالعات مربوط به عمل گلدهی به کار رفته است ...
بیشتر
انتقال از رشد رویشی به فاز زایشی از تحولات مهم در زندگی گیاهان میباشد. این پدیده در گیاهان عالی تحت تاثیر بسیاری از عوامل ژنتیکی و فیزیولوژیکی میباشد. شناسایی این عوامل یکی از اهداف مهم در اصلاح بسیاری از گیاهان میباشد. در دهههای اخیر گیاه آرابیدوپسیس به عنوان یک گیاه مدل در بسیاری از مطالعات مربوط به عمل گلدهی به کار رفته است و بسیاری از مسیرهای مربوط به کنترل گلدهی در این گیاه مشخص شده است. انتقال به مرحله گلدهی توسط ژنهای ایجادکننده گل شامل FT،TSF، SOC1 و AGL24 تنظیم میشود که این ژنها شناسایی ژنهای مریستم گل را از طریق مسیرهای تناوب نوری، بهارهسازی، خودانگیزی و جیبرلین القاء مینمایند. تناوب نوری یکی از عمدهترین شرایط محیطی مؤثر در انتقال به گلدهی محسوب میشود که تحت تأثیر گیرندههای نوری فیتوکروم و کریپتوکروم و دو ژن CO و FT میباشد. ژن FLC که عمدتاً مسئول نیاز بهارهسازی در آرابیدوپسیس محسوب میشود مستقیماً به عنوان مانع تنظیم کنندههای گلدهی FT و SOC1 بوده و از انتقال به گلدهی جلوگیری میکند. ژنهای مسیر خودانگیزی عمدتاً مستقل از شرایط محیطیاند و باعث ممانعت از بیان FLC توسط فرآیند کنترل مبنی بر RNA یا تغییر کروماتین میشوند. در نهایت جیبرلین در زمانی که مسیر تناوب نوری غیر فعال است، به عنوان تسریع کننده گلدهی عمل میکند. در این مقاله مروری مکانیسم کنترل گلدهی در گیاه آرابیدوپسیس بررسی و اهمیت آن در اصلاح نباتات تشریح شده است.
ژنومیکس
آتنا شادمهر؛ حسین رامشینی؛ مهرشاد زین العابدینی؛ مسعود پرویزی آلمانی؛ محمدرضا غفاری؛ علی ایزدی دربندی؛ مریم فارسی؛ محمود فولادوند
دوره 6، شماره 16 ، اسفند 1395، ، صفحه 45-59
چکیده
با توجه به پتانسیلهای موجود در گیاه نیشکر از لحاظ تولید انرژی و قند، بهترین راه برای استفاده از ظرفیتهای موجود در گیاه نیشکر، بررسی تنوع ژنتیکی واریتههای موجود جهت به کارگیری در برنامههای به نژادی میباشد. با مطالعه 30 جفت آغازگر ریزماهواره روی 160 واریته نیشکر، 169 آلل، با میانگین 6/5 آلل برای هر آغازگر حاصل شد. تعداد آلل موثر بین ...
بیشتر
با توجه به پتانسیلهای موجود در گیاه نیشکر از لحاظ تولید انرژی و قند، بهترین راه برای استفاده از ظرفیتهای موجود در گیاه نیشکر، بررسی تنوع ژنتیکی واریتههای موجود جهت به کارگیری در برنامههای به نژادی میباشد. با مطالعه 30 جفت آغازگر ریزماهواره روی 160 واریته نیشکر، 169 آلل، با میانگین 6/5 آلل برای هر آغازگر حاصل شد. تعداد آلل موثر بین 06/1 برای مکان ژنی AP-SSR03 و 921/1 در مکان ژنی SMC119CG با میانگین 508/1 آلل برآورد شد. میزان محتوای چند شکلی آغازگرها بین 06/0 (برای جایگاه AP-SSR03) تا 5/0 (برای جایگاه SMC851MS) متغیر بود. تجزیه به مختصات اصلی (PCoA)، 6 گروه را مشخص نمود، به طوریکه سه مولفه اول 86/14 درصد از واریانس کل را توجیه مینمایند. تجزیه خوشهای با روش مبتنی بر فاصله Neihbour-Joining و تجزیه ساختار جمعیت با روش مبتنی بر مدل Bayesian انجام شد. بهترین تعداد زیر جمعیت 6 عدد شناسایی شد، که در اکثر زیرجمعیتها افرد بر اساس مناطق جغرافیایی از یکدیگر تفکیک نشدند. نتایج گروهبندی حاصل از روش مبتنی بر مدل Bayesian، ارتباط فیلوژنی و تجزیه به مختصات اصلی با هم مطابقت زیادی نشان دادند. نتایج واریانس ژنتیکی نشان داد که تنوع افراد درون جمعیتها بیشتر از تنوع بین جمعیتها میباشد. بنابراین در برنامههای اصلاحی نیشکر به منظور انتخاب والدین مناسب، انتخاب درون جمعیتها میتواند انجام شود. اطلاعات به دست آمده در مطالعه حاضر، در برنامههای بهنژادی به منظور حفاظت و مدیریت چنین مجموعه ژنتیکی با ارزشی در جهت کشت نیشکر برای استفاده از قند و انژی زیستی، مفید میباشد.
ژنومیکس
فرزان لاهوت؛ مهرشاد زین العابدینی؛ جابر کریمی؛ مریم شهبازی؛ بهزاد صادق زاده
دوره 6، شماره 15 ، آذر 1395، ، صفحه 25-35
چکیده
بررسی تنوع ژنتیکی بهترین راه برای استفاده از ظرفیت ژنتیکی موجود در گیاه جو جهت برنامههای بهنژادی میباشد. در این بررسی تنوع ژنتیکی 63 ژنوتیپ ایرانی و غیر ایرانی جو تشریح شده است. از 30 جفت نشانگر ریزماهواره استفاده شده، 29 جفت چندشکلی مشاهده شد. در مجموع 225 آلل برای مکانهای ژنی مختلف با میانگین 2/7 برای هر آغازگر شناسایی گردید. بیشترین ...
بیشتر
بررسی تنوع ژنتیکی بهترین راه برای استفاده از ظرفیت ژنتیکی موجود در گیاه جو جهت برنامههای بهنژادی میباشد. در این بررسی تنوع ژنتیکی 63 ژنوتیپ ایرانی و غیر ایرانی جو تشریح شده است. از 30 جفت نشانگر ریزماهواره استفاده شده، 29 جفت چندشکلی مشاهده شد. در مجموع 225 آلل برای مکانهای ژنی مختلف با میانگین 2/7 برای هر آغازگر شناسایی گردید. بیشترین تعداد آلل برای جایگاههای Bmag0323، Hvm54 و EBmac679 (با 13 آلل) و کمترین تعداد برای جایگاه HVM0003 (با 2 آلل) بود. میزان PIC از 89/0 (برای جایگاه EBmac679) تا 21/0 (برای جایگاه GBM1176) و مقدار شاخص شانون از 46/2I= (برای جایگاه Bmag0323) تا 48/0I= (برای جایگاه GBM1176) متغیر بود. گروهبندی ژنوتیپها با روش Neighbor-net، و تجزیه خوشهای با استفاده از روش Bayesian انجام گردید. در این روش بهترین تعداد زیر جمعیت 4 عدد شناسایی شد که در اکثر زیرجمعیتها ژنوتیپهای با منشاء ایران دیده شدند. نتایج گروهبندی حاصل از روش Neighbor-net با روش مبتنی بر مدل مطابقت زیادی نشان داد. نتایج این تحقیق نشان داد که نشانگرهای ریزماهواره تنوع ژنوتیپهای مختلف جو را بهخوبی نمایش میدهند. همچنین با توجه به نتایج بهدست آمده، ژنوتیپهای بومی ایران نیز تنوع بالایی را از خود نشان دادند.
ژنومیکس
فرامرز هوشیاردل؛ رضا درویش زاده؛ حمید حاتمی ملکی
دوره 6، شماره 14 ، شهریور 1395، ، صفحه 61-72
چکیده
توتون (Nicotiana tabacum L.) از جمله گیاهان صنعتی است که در اقتصاد بسیاری از کشورها اهمیت اساسی دارد. توتون شرقی متشکل از واریته های با برگ های کوچک، آفتاب خشک و ترکیبات آروماتیک فراوان می باشد که اطلاعات کمی در مورد صفات مختلف زراعی و شیمیایی و نحوه کنترل ژنتیکی آن ها وجود دارد. این پژوهش با هدف تهیه نقشه پیوستگی توتون شرقی در یک جمعیت لاین های ...
بیشتر
توتون (Nicotiana tabacum L.) از جمله گیاهان صنعتی است که در اقتصاد بسیاری از کشورها اهمیت اساسی دارد. توتون شرقی متشکل از واریته های با برگ های کوچک، آفتاب خشک و ترکیبات آروماتیک فراوان می باشد که اطلاعات کمی در مورد صفات مختلف زراعی و شیمیایی و نحوه کنترل ژنتیکی آن ها وجود دارد. این پژوهش با هدف تهیه نقشه پیوستگی توتون شرقی در یک جمعیت لاین های اینبرد نوترکیب (103 لاین) حاصل از تلاقی Basma seres 31 (♀) و SPT406 (♂) و شناسایی مکان های ژنی کنترل کننده تعدادی از صفات زراعی و محتوی کلر برگ در شرایط مزرعهای انجام گرفت. برای تهیه نقشه پیوستگی، از نشانگرهای SSR، ISSR، IRAP و REMAP استفاده گردید. نقشه پیوستگی با استفاده از 46 نشانگر تهیه گردید که 1/586 cM از ژنوم توتون را پوشش داده و متوسط فاصله بین دو نشانگر مجاور در این نقشه ژنتیکیcM 74/12 می باشد. تعداد نشانگرها در گروه های پیوستگی ایجاد شده بین 2 الی 13 عدد متغیر بود. با استفاده از روش مکان یابی فاصله ای مرکب تعداد 19 QTL با ضریب تبیین فنوتیپی 2/13 الی 1/40 درصد برای صفات طول برگ، تعداد برگ، روز تا گلدهی، مقدار کلروفیل، عرض برگ، ارتفاع گیاه، فاصله میانگره ها، قطر ساقه، عملکرد برگ خشک، مقدار فتوسنتز و محتوای کلر برگ شناسایی گردید. در این مطالعه، QTLهای هم مکان در گروه های پیوستگی 1، 3 و 5 شناسایی گردید. مقادیر بالای عددی ضرایب تبیین فنوتیپی بدست آمده در تحقیق حاضر، بیانگر پتانسیل استفاده از نشانگرهای مبتنی بر رتروترنسپوزون ها (IRAP وREMAP) و نشانگرهای ریزماهواره ای شناسایی شده در برنامه های گزینش به کمک نشانگر در توتون شرقی میباشد.
ژنومیکس
حمید حاتمی ملکی؛ مرجان جنت دوست؛ رضا درویش زاده
دوره 5، شماره 11 ، آذر 1394، ، صفحه 51-63
چکیده
تنش شوری از جمله تنش های غیر زنده تهدید کننده گیاهان است. مطالعه تنوع ژنتیکی گیاهان برای پیشبرد برنامههای به نژادی گیاهی در راستای ایجاد ارقام متحمل به تنش مهم میباشد. در این تحقیق، ابتدا واکنش گیاهچه ای 53 لاین جهش یافته آفتابگردان به همراه والد مادری در سطوح مختلف شوری (صفر، 2، 4، 6 و 8 دسیزیمنسبرمتر) بررسی شد. همچنین، در آزمایش ...
بیشتر
تنش شوری از جمله تنش های غیر زنده تهدید کننده گیاهان است. مطالعه تنوع ژنتیکی گیاهان برای پیشبرد برنامههای به نژادی گیاهی در راستای ایجاد ارقام متحمل به تنش مهم میباشد. در این تحقیق، ابتدا واکنش گیاهچه ای 53 لاین جهش یافته آفتابگردان به همراه والد مادری در سطوح مختلف شوری (صفر، 2، 4، 6 و 8 دسیزیمنسبرمتر) بررسی شد. همچنین، در آزمایش مولکولی تنوع ژنتیکی لاین ها با استفاده از نشانگرهای AFLP مطالعه گردید. نتایج نشان داد که از نظر صفات گیاهچه ای اختلاف معنی دار بین لاین های مورد مطالعه در هر یک از سطوح شوری وجود دارد. با استفاده از 17 ترکیب آغازگری AFLP، تعداد 200 مکان ژنی در جمعیت مورد مطالعه تکثیر یافت. با تجزیه ساختار جمعیت مورد مطالعه، لاین های جهش یافته مورد مطالعه در 2 زیر گروه قرار گرفتند. نتایج مکان یابی ارتباطی نشان داد که تعداد 43 نشانگر ارتباط معنی دار با صفات گیاهچه ای دارند. ضریب تبیین فنوتیپی نشانگرهای شناسایی شده بین 13/0 تا 42/0 متغییر بود.
ژنومیکس
فریبا مرسلی آقاجری؛ رضا درویش زاده؛ ناصر عباسپور
دوره 5، شماره 10 ، شهریور 1394، ، صفحه 1-16
چکیده
به منظور بررسی تأثیر تنش شوری بر عملکرد و صفات فیزیولوژیک آفتابگردان و تجزیه ژنتیکی صفات در شرایط تنش شوری، آزمایشی به صورت فاکتوریل بر پایه طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار در شرایط گلدانی در فضای باز انجام گرفت. عوامل مورد بررسی شامل سطوح مختلف تنش شوری (نرمال و تنش ناشی از 6 دسیزیمنسبرمتر) و لاینهای خویش آمیخته نوترکیب آفتابگردان ...
بیشتر
به منظور بررسی تأثیر تنش شوری بر عملکرد و صفات فیزیولوژیک آفتابگردان و تجزیه ژنتیکی صفات در شرایط تنش شوری، آزمایشی به صورت فاکتوریل بر پایه طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار در شرایط گلدانی در فضای باز انجام گرفت. عوامل مورد بررسی شامل سطوح مختلف تنش شوری (نرمال و تنش ناشی از 6 دسیزیمنسبرمتر) و لاینهای خویش آمیخته نوترکیب آفتابگردان (102 لاین حاصل از تلاقی بین دو لاین RHA266 و PAC2 به همراه والدین) بودند. صفات مورد مطالعه شامل عملکرد دانه، محتوای کلروفیل، میزان فتوسنتز خالص، محتوای نسبی آب برگ، غلظت عناصر Na+ و K+ بود که در مرحله بعد از گلدهی کامل اندازه گیری شدند. نتایج نشان داد که اثر تنش شوری روی عملکرد دانه، Na+، K+ و نسبتهای Na+/K+، K+/ Na+ و محتوای نسبی آب برگ معنیدار میباشد. از نظر تمامی صفات مورد مطالعه بین ژنوتیپهای مورد بررسی اختلاف معنیداری مشاهده شد. تجزیه ژنتیکی صفات مورد مطالعه با استفاده از نقشه پیوستگی تهیه شده با 221 نشانگر مولکولی (SNP11SSR/210) با متوسط فاصله 44/7 سانتیمورگان بین نشانگرها به روش مکانیابی فاصلهای مرکب (CIM) انجام گرفت. در مجموع برای 8 صفت مورد مطالعه 8 QTL در شرایط تنش و 10 QTL در شرایط نرمال شناسایی شد. درصد تغییرات فنوتیپی توجیه شده توسط QTLها بین 4/10% تا 4/34% متغییر بود. با بررسی مکانهای ژنی شناسایی شده تحت شرایط نرمال و تنش شوری مشخص شد QTLهای Na+.S.4.1 با Na+/K+.S.4.1 و Chl.NS.6.1 با K+.S.6.1 هممکان هستند. استفاده از QTLهای هممکان در شرایط مختلف محیطی میتواند موجب افزایش کارایی انتخاب به کمک نشانگر و پیشبرد برنامههای به-نژادی گیاهی شود.
ژنومیکس
مرجان جنتدوست؛ رضا درویش زاده؛ رقیه ضیایی فرد؛ حیدر عزیزی؛ اسماعیل قلی نژاد
دوره 5، شماره 9 ، خرداد 1394، ، صفحه 15-28
چکیده
با توجه به اینکه ارزش اقتصادی یک رقم به صفات مختلف آن بستگی دارد، بنابراین چگونگی اعمال انتخاب برای چندین صفت به منظور حصول حداکثر ارزش اقتصادی همواره مورد نظر بهنژادگران بوده است. از این رو اطلاع دقیق از رفتار و ارتباط ژنتیکی این صفات به اصلاح تودهها کمک خواهد نمود. در این مطالعه به منظور نقشهیابی ارتباطی 9 صفت مهم مرتبط با دانه ...
بیشتر
با توجه به اینکه ارزش اقتصادی یک رقم به صفات مختلف آن بستگی دارد، بنابراین چگونگی اعمال انتخاب برای چندین صفت به منظور حصول حداکثر ارزش اقتصادی همواره مورد نظر بهنژادگران بوده است. از این رو اطلاع دقیق از رفتار و ارتباط ژنتیکی این صفات به اصلاح تودهها کمک خواهد نمود. در این مطالعه به منظور نقشهیابی ارتباطی 9 صفت مهم مرتبط با دانه شامل عملکرد روغن، درصد روغن، عملکرد پروتئین، درصد پروتئین، طول دانه، قطر دانه، وزن دانه، وزن مغز دانه و درصد مغز به کل دانه در 48 توده مختلف آفتابگردان آجیلی تحت شرایط آبیاری نرمال، تنش ملایم و شدید خشکی، از 12 آغازگر مبتنی بر رتروترنسپوزن (7 آغازگر IRAP و 5 آغازگر REMAP) استفاده شد. بررسی ساختار جمعیت ژرمپلاسمهای مورد مطالعه به روش بیزین، آنها را به 2 زیر مجموعه تقسیم نمود. تحت شرایط آبیاری نرمال، تنش ملایم و شدید و بر اساس مدل خطی عمومی به ترتیب 2، 5 و 12 مکان و بر اساس مدل خطی مخلوط به ترتیب 2، 5 و 11 مکان ارتباط معنیداری (01/0≥P) با صفات مورد ارزیابی نشان دادند. نشانگر U81-U82 با ژنهای کنترلکننده عملکرد روغن، عملکرد پروتئین و طول دانه در شرایط تنش شدید خشکی پیوسته بود. شناسایی نشانگرهای مشترک برای برخی صفات بررسی شده میتواند ناشی از اثرات پلیوتروپی و یا پیوستگی نواحی ژنومی دخیل در کنترل این صفات باشد. شناسایی نشانگرهای مشترک اهمیت زیادی در بهنژادی گیاهان دارد، زیرا گزینش همزمان چند صفت را امکانپذیر میسازند.
ژنومیکس
حسین صبوری؛ شریفه محمد آلق؛ عباس بیابانی؛ احمدرضا دادرس؛ عاطفه صبوری؛ مهناز کاتوزی؛ محبوبه نجار عجم؛ ماهم پیراسته؛ رسول خاتمی نژاد
دوره 4، شماره 8 ، اسفند 1393، ، صفحه 31-45
چکیده
تنشهای اسمتیک از جمله خشکی در برنج یکی از جدیترین عاملهای تولید و پایداری عملکرد در جهان میباشد. به منظور مکانیابی QTLهای مرتبط با تحمل به تنشهای اسمتیک در مرحله جوانهزنی و تعیین سهم هر QTL در تنوع فنوتیپی صفات 96 لاین نسل هشتم تلاقی ارقام عنبربو × سپیدرود ( به ترتیب متحمل و حساس به تنش خشکی در مرحله جوانهزنی) در دانشگاه گنبد کاووس ...
بیشتر
تنشهای اسمتیک از جمله خشکی در برنج یکی از جدیترین عاملهای تولید و پایداری عملکرد در جهان میباشد. به منظور مکانیابی QTLهای مرتبط با تحمل به تنشهای اسمتیک در مرحله جوانهزنی و تعیین سهم هر QTL در تنوع فنوتیپی صفات 96 لاین نسل هشتم تلاقی ارقام عنبربو × سپیدرود ( به ترتیب متحمل و حساس به تنش خشکی در مرحله جوانهزنی) در دانشگاه گنبد کاووس طی سالهای 92-1390 مورد مطالعه قرار گرفتند. برای تشکیل نقشه پیوستگی، چند شکلی 365 جفت آغازگر SSR و 35 ترکیب پرایمری AFLP روی والدین مورد بررسی قرار گرفت. از 136 نشانگر SSR و 21 ترکیب پرایمری چند شکل برای تهیه نقشه پیوستگی استفاده شد. مؤلفههای جوانهزنی شامل طول ریشهچه، ساقهچه، کلئوپتیل و درصد جوانهزنی روی 100 بذر هر لاین در شرایط تنش اسمتیک 5 بار حاصل از ساکارز، سوربیتول و مانیتول ثبت شد. برای طول ریشهچه در هر سه شرایط تنش روی کروموزوم 4، QTLهایی یافت شد که اثر افزایشی آن در همه موارد مثبت بود. از بین QTLهای شناسایی شده qSUC-5 (طول کلئوپتیل در تنش حاصل از ساکارز) روی کروموزوم 5، qSUR-2 (طول ریشهچه در تنش حاصل از ساکارز) روی کروموزوم 2 و qSUR-4 (طول ریشهچه در تنش حاصل از ساکارز) روی کروموزوم 4 به ترتیب 23، 23 و 26 درصد تغییرات فنوتیپی طول کلئوپتیل و طول ریشهچه را در شرایط تنش اسمتیک توجیه نمودند. این QTLها به دلیل بالا بودن درصد توجیه پس از تعیین اعتبار، کاندید مناسبی برای برنامههای انتخاب به کمک نشانگر در جمعیت لاینهای نوترکیب برنج ایرانی میباشند.
اصلاح نباتات مولکولی
مهدیه صفرزاده؛ رضا فتوت؛ محمد رضا عظیمی؛ احسان محسنی فرد؛ بهنام بخشی
دوره 4، شماره 6 ، شهریور 1393، ، صفحه 21-33
چکیده
رشد و متابولیسم گیاه تحت تأثیر انواع محرکهای زنده و غیرزنده از جمله تنشهای محیطی قرار میگیرد که گیاه از طریق هورمونها به آنها پاسخ میدهد. miRNAها، گروهی از RNAهای کوچک غیر کدکننده هستند که برخی از آنها در سیگنالینگ هورمونهای گیاهی نقش دارند. در این مطالعه با استفاده از تکنیک qRT-PCR، الگوی بیان miR159a,b، miR160، miR167a,b و miR171a، که بهترتیب ...
بیشتر
رشد و متابولیسم گیاه تحت تأثیر انواع محرکهای زنده و غیرزنده از جمله تنشهای محیطی قرار میگیرد که گیاه از طریق هورمونها به آنها پاسخ میدهد. miRNAها، گروهی از RNAهای کوچک غیر کدکننده هستند که برخی از آنها در سیگنالینگ هورمونهای گیاهی نقش دارند. در این مطالعه با استفاده از تکنیک qRT-PCR، الگوی بیان miR159a,b، miR160، miR167a,b و miR171a، که بهترتیب در تنظیم بیان فاکتورهای رونویسی MYB، ARF، ARF، SCL نقش دارند، در دو رقم حساس و متحمل به تنش خشکی در گندم مورد بررسی قرار گرفتند. بررسی میزان شباهت نوکلئوتیدی نشان داد که بیشترین شباهت در هر یک از این خانوادهها در ناحیه تولید کننده miRNA بالغ میباشد. آنالیزهای qRT-PCR نشان داد تحت شرایط تنش خشکی miR159a,bدر رقم حساس و miR160 و miR167a,b در رقم متحمل افزایش بیان معنیداری داشتند. تحت این شرایط در miR171a تغییر بیان معنیداری در هر دو رقم مشاهده نشد. احتمالاً افزایش بیان miR159a,b در رقم حساس منجر به کاهش پاسخ ژنهای MYB درگیر در تنش خشکی خواهد شد. افزایش بیان miR160 و miR167a,b در رقم متحمل، باعث تنظیم اثر متقابل مسیرهای سیگنالینگ اکسین و آبسیزیک اسید و احتمالاً کمک به تحمل تنش، در رقم متحمل به تنش خشکی میشوند. همچنین با عدم تغییر بیان miR171a در هر دو رقم، احتمالاً تحت این شرایط بیان ژنهای SCL از طریق سایر مکانیسمهای گیاهی تنظیم میشوند.
ژنومیکس
مرجان جنت دوست؛ رضا درویش زاده؛ محمدعلی ابراهیمی
دوره 4، شماره 6 ، شهریور 1393، ، صفحه 61-72
چکیده
تنوع ژنتیکی بین و درون 50 توده آفتابگردان آجیلی با استفاده از 10 نشانگر ریزماهواره مورد ارزیابی قرار گرفت. تعداد آلل در مکانهای ژنی بین 2 تا 3 با میانگین 1/2 آلل به ازای هر مکانژنی بود. تعداد آلل مؤثر بین 948/1 در مکانژنی ORS785 و 468/1 در مکانژنی ORS1088 با میانگین 825/1 آلل برآورد شد. بیشترین میزان هتروزیگوسیتی مورد انتظار (484/0) در مکانژنی ORS785 ...
بیشتر
تنوع ژنتیکی بین و درون 50 توده آفتابگردان آجیلی با استفاده از 10 نشانگر ریزماهواره مورد ارزیابی قرار گرفت. تعداد آلل در مکانهای ژنی بین 2 تا 3 با میانگین 1/2 آلل به ازای هر مکانژنی بود. تعداد آلل مؤثر بین 948/1 در مکانژنی ORS785 و 468/1 در مکانژنی ORS1088 با میانگین 825/1 آلل برآورد شد. بیشترین میزان هتروزیگوسیتی مورد انتظار (484/0) در مکانژنی ORS785 و کمترین آن (268/0) در مکانژنی ORS1088 برآورد شد. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده به ترتیب برابر 435/0 و 722/0 بود. محتوای اطلاعات چند شکلی (PIC) بین 573/0 در مکانژنی ORS785 و 334/0 در مکانژنی ORS1088 با میانگین 503/0 برآورد گردید. تجزیه به مختصات اصلی (PCoA) نشان داد دو مؤلفه اصلی اول مجموعا 71/31% از واریانس کل را توجیه می نمایند. گروهبندی تودههای آفتابگردان آجیلی مورد مطالعه براساس ضریب فاصله ژنتیکی نی و با استفاده از الگوریتم Complete، آنها را در 3 گروه مجزا قرار داد. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد تنوع درون تودهها بیشتر از تنوع بین تودها میباشد. بنابراین در برنامههای بهنژادی آفتابگردان آجیلی، میتوان انتخاب را درون تودهها انجام داد.
بیوتکنولوژی و تنش های زنده و غیرزنده
بهنام بخشی؛ محمدرضا بی همتا؛ سید قاسم حسینی سالکده؛ مسعود توحیدفر
دوره 3، شماره 5 ، اسفند 1392، ، صفحه 93-102
چکیده
تنش خشکی یکی از مهمترین تنشهای غیرزنده است که کشاورزی برنج در ایران را تهدید میکند. یکی از روشهای مفید برای ایجاد تحمل به تنش خشکی در گیاهان، تنظیم بیانژن پس از نسخهبرداری توسط miRNAها است. miRNAها، RNAهای تنظیمکننده کوچک 24-19 نوکلئوتیدی هستند که در تنظیم پاسخ گیاه به تنشهای زنده و غیرزنده نقش دارند. در این تحقیق، پنج miRNA ...
بیشتر
تنش خشکی یکی از مهمترین تنشهای غیرزنده است که کشاورزی برنج در ایران را تهدید میکند. یکی از روشهای مفید برای ایجاد تحمل به تنش خشکی در گیاهان، تنظیم بیانژن پس از نسخهبرداری توسط miRNAها است. miRNAها، RNAهای تنظیمکننده کوچک 24-19 نوکلئوتیدی هستند که در تنظیم پاسخ گیاه به تنشهای زنده و غیرزنده نقش دارند. در این تحقیق، پنج miRNA برای بررسی ناحیه بالادست آنها و ارزیابی تغییر بیان در شرایط تنش خشکی در ریشه برنج انتخاب شدند. از این پنج miRNA، miR1425 و miR1880 اختصاصی برنج و miR162، miR169 و miR172 در بسیاری از گیاهان، حفاظت شده هستند. همچنین، ارزیابی ژنهای miRNA مورد بررسی نشان داد که بعضی از آنها مثل miR172، دارای عناصر تنظیمکننده مهمی مثل DRE و ABRE در بالادست خود هستند. بررسی تغییر بیان miRNAهای مورد ارزیابی در این تحقیق با استفاده از Realtime-PCR کمی انجام شد. نتایج بررسی تغییر بیان نشان داد که در شرایط تنش خشکی در ریشه miR169 افزایش بیان و miR172 کاهش بیان داشته است؛ اما سایر miRNAهای مورد ارزیابی تغییر معنیداری نداشتهاند. NF-YA و AP2 بهعنوان مهمترین ژنهای هدف miR169 و miR172 میتوانند نقش مهمی را در پاسخ به تنش خشکی ایفا کنند.
اصلاح نباتات مولکولی
احسان محسنی فرد؛ محمد فارسی؛ سید قاسم حسینی سالکده؛ امین میرشمسی کاخکی؛ مریم شهبازی
دوره 3، شماره 5 ، اسفند 1392، ، صفحه 105-115
چکیده
MicroRNA (miRNA)ها در بسیاری از فرایندهای مرتبط با تکثیر، رشد و نمو و پاسخ گیاه به تنش¬های زنده و غیرزنده نقش دارند. فاکتورهای رونویسی SPL که توسط miRNAها کنترل می¬شوند، اختصاصی گیاهان بوده و در بسیاری از فرایندهای مرتبط با نمو بافت، پاسخ به تنش¬های زنده و غیرزنده و تحریک و فعال¬سازی سایر فاکتورهای رونویسی و پروتئین¬های غشایی نقش دارند. ...
بیشتر
MicroRNA (miRNA)ها در بسیاری از فرایندهای مرتبط با تکثیر، رشد و نمو و پاسخ گیاه به تنش¬های زنده و غیرزنده نقش دارند. فاکتورهای رونویسی SPL که توسط miRNAها کنترل می¬شوند، اختصاصی گیاهان بوده و در بسیاری از فرایندهای مرتبط با نمو بافت، پاسخ به تنش¬های زنده و غیرزنده و تحریک و فعال¬سازی سایر فاکتورهای رونویسی و پروتئین¬های غشایی نقش دارند. در این تحقیق miRNAهای کنترل¬کننده تنظیم بیان فاکتورهای رونویسی SPL در برنج مشخص شدند. سپس تغییر بیان این miRNAها با استفاده از روش qRT-PCR و آغازگرهای Stem-Loop مورد بررسی قرارگرفت. نتایج نشان داد که در اندام هوایی در شرایط خشکی نسبت به نرمال، بیان miR529 کاهش و بیان miR535 افزایش یافته است؛ اما تغیر بیان معنی¬داری برای miR156 مشاهده نشد. در ریشه نیز miR535 افزایش بیان نشان داد؛ اما، miR529 و miR156 تغییر بیان معنی¬داری را در ریشه نشان ندادند. با وجود اینکه هر سه این miRNAها در کنترل ژن¬های یکسانی نقش دارند، واکنش متفاوت آنها در مواجهه با تنش خشکی نشان دهنده گستردگی شبکه¬های تنظیمی گیاه در برابر تغییر شرایط محیطی است. با توجه به نتایج می¬توان این گونه بیان کرد که miR156 و miR529 نسبت به miR535 نقش مهم¬تری را در تنظیم فرایندهای نموی و گلدهی با کنترل فاکتورهای رونویسی SPL دارند؛ در صورتی که miR535 و miR529 و به نسبت کمتر miR156 مسئول تنظیم بیان فاکتورهای رونویسیSPL در برابر تنش می¬باشند.
اصلاح نباتات مولکولی
حسین صبوری؛ عاطفه صبوری؛ مهناز کاتوزی
دوره 3، شماره 4 ، شهریور 1392، ، صفحه 15-24
چکیده
بهدلیل اهمیت سیستم آمیزشی در توانایی باروری گیاه بهمنظور فهم اساس ژنتیکی صفات مرتبط با سیستم آمیزشی در برنج، خصوصیات مادگی، پرچم و پوشینه با استفاده از جمعیت 2:3F حاصل از تلاقی ارقام ایرانی غریب × خزر مورد تجزیه قرار گرفت. مکانهای ژنی کنترلکننده (QTLs) خصوصیات گل با استفاده از مکانیابی فاصلهای مرکب ردیابی شدند و نقشه ...
بیشتر
بهدلیل اهمیت سیستم آمیزشی در توانایی باروری گیاه بهمنظور فهم اساس ژنتیکی صفات مرتبط با سیستم آمیزشی در برنج، خصوصیات مادگی، پرچم و پوشینه با استفاده از جمعیت 2:3F حاصل از تلاقی ارقام ایرانی غریب × خزر مورد تجزیه قرار گرفت. مکانهای ژنی کنترلکننده (QTLs) خصوصیات گل با استفاده از مکانیابی فاصلهای مرکب ردیابی شدند و نقشه پیوستگی متشکل از 111 نشانگر ریزماهواره تشکیل شد. صفات درجه خروج کلاله، طول کلاله، عرض کلاله، طول خامه، طول بساک، طول لما، طول پالئا، ضخامت لما، ضخامت پالئا، عرض لما و عرض پالئا بررسی شدند. تعداد 10، 5 و 23 QTL بهترتیب برای صفات مرتبط با مادگی، پرچم و اندازه و شکل پوشینه شناسایی شد. نتایج نشان داد که QTLهای qSYL-1، qSYL-6 و qSTL-2a بهترتیب 99/25، 67/30 و 61/24 درصد از تنوع فنوتیپی صفات طول خامه و طول کلاله را تبیین نمودند و بهعنوان QTL بزرگاثر تشخیص داده شدند. با شناسایی این QTLها، بهنژادگران قادر خواهند بود درک بهتری از ماهیت ژنتیکی صفات مرتبط با قدرت ترکیبپذیری ارقام برنج داشته باشند.
ژنومیکس
محمد علی ابراهیمی؛ مهرشاد زین العابدینی
دوره 3، شماره 4 ، شهریور 1392، ، صفحه 133-148
چکیده
امروزه با توجه به درک اهمیت اقتصادی، اکولوژیک، فرهنگی و اجتماعی تنوع زیستی، گامهایی در راستای شناسایی، تعیین کمیت، شناخت نحوه توزیع و روابط ژنتیکی برداشته شده است. علاوه بر این، تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی از جنبههای مختلف از جمله بررسی پراکنش تنوع آللی، ساختار ژنتیکی و روابط خویشاوندی بین و درون جوامع، گونهها و افراد مختلف، ...
بیشتر
امروزه با توجه به درک اهمیت اقتصادی، اکولوژیک، فرهنگی و اجتماعی تنوع زیستی، گامهایی در راستای شناسایی، تعیین کمیت، شناخت نحوه توزیع و روابط ژنتیکی برداشته شده است. علاوه بر این، تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی از جنبههای مختلف از جمله بررسی پراکنش تنوع آللی، ساختار ژنتیکی و روابط خویشاوندی بین و درون جوامع، گونهها و افراد مختلف، از جمله دغدغههای علوم زیستی بهشمار میآید. در این ارتباط و با توجه به اهمیت شناسایی، حفظ و نگهداری ذخایر توارثی، اطمینان از موجودیت دائمی آنها و بهکارگیری این منابع به عنوان ابزاری مناسب جهت تسهیل فرآیندهای اصلاحی و استراتژیهای مدیریتی، کارایی برخی از روشهای مختلف ژنتیکی و ژنومیک مانند نشانگرهای ریزماهواره مبتنی بر ژنوم و ترانسکریپتوم، در بررسی برخی از گیاهان زراعی و باغی مانند زعفران و نیز گونههایی از جنس Prunus و Punica مورد ارزیابی قرار گرفت. از بین نشانگرهای بهکار رفته در مطالعات فوق، نشانگرهای ریزماهواره مبتنی بر ژنوم، اطلاعات پیرامون فرآیندهای مرتبط با بخشبندی رویشگاهها و جمعیتهای کوچک، توزیع تنوع آللی، ارایه الگوهای مدیریت ژرمپلاسم و روابط ژنتیکی در زمینه ژنتیک حفاظتی را بهبود بخشیده است. علاوه بر این، روش ترانسکریپتئومیک و ژنومیک، امکان مطالعه تنوع فعالیت ژنها، ناشی از عملکرد حاصل از بخشبندی رویشگاه، تنوع میزان مقاومت در برابر تنشهای زیستی و غیرزیستی و تغییرات محیطی، و شناسایی نشانگرهای مناسب برای انجام برخی از مطالعات مانند گزینش بهکمک نشانگر را میسر میکند. در این مقاله ما تشریح کردهایم که چگونه تلفیق تنوع ژنومیک و ترانسکریپتوم به همراه ابزار جدید بیوانفورماتیک در برخی گونههای مهم زراعی و باغی میتوانند شناسایی تأثیرات نسبی تهدیدهای ژنتیکی و محیطی را بهبود بخشیده و چشم اندازهای جدیدی را در مطالعات حفاظت از ذخایر توارثی بگشایند.
اصلاح نباتات مولکولی
علی اکبر عبادی؛ عزت الله فرشادفر؛ بابک ربیعی
دوره 2، شماره 3 ، اسفند 1391، ، صفحه 59-72
چکیده
مکان یابی ژن های کمی (QTL) برای 10 صفت مربوط به کیفیت پخت و خوراک برنج با استفاده از 144 لاین نوترکیب خویش آمیختۀ حاصل از تلاقی دو رقم هاشمی / نعمت توسط نشانگر ریزماهواره انجام شد. صفات مورد بررسی در این تحقیق شامل میزان آمیلوز، درجه حرارت ژلاتینی شدن، و هشت خصوصیت چسبندگی نشاسته دانه برنج بود. در مجموع تعداد 23 عدد QTLs برای 10 صفت مورد بررسی ...
بیشتر
مکان یابی ژن های کمی (QTL) برای 10 صفت مربوط به کیفیت پخت و خوراک برنج با استفاده از 144 لاین نوترکیب خویش آمیختۀ حاصل از تلاقی دو رقم هاشمی / نعمت توسط نشانگر ریزماهواره انجام شد. صفات مورد بررسی در این تحقیق شامل میزان آمیلوز، درجه حرارت ژلاتینی شدن، و هشت خصوصیت چسبندگی نشاسته دانه برنج بود. در مجموع تعداد 23 عدد QTLs برای 10 صفت مورد بررسی از حداقل یک QTL تا حداکثر 4 QTL برای هر صفت شناسایی شد. برای هر صفت حداقل یک QTL روی کروموزم 6 شناسایی شد. چندین کلاستر ژنی که هر کدام از این کلاسترها چند صفت را کنترل می کنند نیز شناسایی شد. خصوصا یک کلاستر ژنی در نزدیکی جایگاه ژن آلکالین روی کروموزم 6 که شامل چهار QTL (qGT6، qFV6b، qCSV6 و qSBV) بود که به ترتیب صفات درجه حرارت ژلاتینی شدن، چسبندگی نهایی، قوام و پسروی چسبندگی را کنترل می کنند. اغلب این QTL ها بزرگ اثر بودند. یک کلاستر ژنی مهم دیگر در مکان ژنی واکسی روی کروموزوم 6 قرار داشت و شامل 3 QTL (qAC6، qMV6a و qBDV6) که به ترتیب صفات میزان آمیلوز، حداقل چسبندگی و فروریختگی چسبندگی را کنترل می کنند، که این QTLها نیز بزرگ اثر بودند. نتایج این تحقیق نشان داد که برخی از صفات مربوط به کیفیت پخت و خوراک برنج توسط دو ناحیه ژن واکسی و آلکالین روی کروموزم 6 کنترل می شود. همچنین QTL های کوچک اثر جدیدی روی سایر کروموزوم ها برای صفات مورد بررسی شناسایی شد.
بیوتکنولوژی و تنش های زنده و غیرزنده
رضا امینی نسب؛ محمد علی ابراهیمی؛ علی اکبر عبادی؛ محسن قدسی
دوره 2، شماره 2 ، شهریور 1391، ، صفحه 15-25
چکیده
چکیدهاین تحقیق به منظور بررسی تنوع ژنتیکی مجموعه ای از 20 رقم برنج ایرانی، با استفاده از 19 نشانگر ریز ماهواره پیوسته با ژنهای کنترلکننده تحمل به خشکی، انجام گرفت. همچنین شاخص مقاومت به خشکی به عنوان یک صفت تکمیلی مهم در مرحله رسیدگی دانه در 20 رقم و دو محیط (تحت تنش و بدون تنش) ، مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج تجزیه واریانس مرکب نشان داد ...
بیشتر
چکیدهاین تحقیق به منظور بررسی تنوع ژنتیکی مجموعه ای از 20 رقم برنج ایرانی، با استفاده از 19 نشانگر ریز ماهواره پیوسته با ژنهای کنترلکننده تحمل به خشکی، انجام گرفت. همچنین شاخص مقاومت به خشکی به عنوان یک صفت تکمیلی مهم در مرحله رسیدگی دانه در 20 رقم و دو محیط (تحت تنش و بدون تنش) ، مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج تجزیه واریانس مرکب نشان داد که بین ژنوتیپها از لحاظ صفت شاخص مقاومت به خشکی، اختلاف معنیداری (در سطح احتمال یک درصد) وجود داشته و اثر محیط نیز بر شاخص مقاومت به خشکی در سطح احتمال یک درصد معنیدار بود. بر اساس نتایج آزمایش حاضر رقمهای سنگجو ، خزر و لاین 831 بیشترین پایداری عملکرد و ویژگیهای فیزیولوژیکی را در برابر تنش کمبود آب نشان دادند. همه 19 نشانگر ریز ماهواره در 20 ژنوتیپ مورد مطالعه چند شکلی نشان دادند. در مجموع 142 آلل با میانگین 47/7 آلل در هر جایگاه ژنی مشاهده شد. نشانگر RM166 دارای بیشترین تعداد آلل(11آلل) و نشانگرهای RM152 و RM555 دارای کمترین تعداد آلل (5آلل) بودند. همچنین میانگین PIC نیز 817/0 برآورد شد که نشانگر RM166 با PIC 89/0 بیبشترین و RM152 با PIC 7/0 کمترین PIC را نشان داد. محاسبه شباهت ژنتیکی بین دادههای مولکولی توسط ضریب تشابه Jacardو الگوریتم UPGMA، ژنوتیپها را به 6دسته تقسیم کرد. تجزیه به مختصات اصلی به نحوی تأیید کننده گروه بندی تجزیه خوشه ای ژنوتیپ ها بود. تمامی نشانگر های ریزماهواره مورد استفاده در این تحقیق تنوع ژنتیکی بین ارقام برنج ایرانی را نشان دادند.