نوع مقاله : علمی پژوهشی
نویسندگان
1 دانشآموخته کارشناسیارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشگاه شاهد، تهران
2 استادیار، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، کرج
3 استادیار، گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شاهد، تهران
4 عضو هیئت علمی پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی کرج
5 استادیار موسسه تحقیقات کشاورزی دیم کشور؛ سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، مراغه؛ ایران
چکیده
بررسی تنوع ژنتیکی بهترین راه برای استفاده از ظرفیت ژنتیکی موجود در گیاه جو جهت برنامههای بهنژادی میباشد. در این بررسی تنوع ژنتیکی 63 ژنوتیپ ایرانی و غیر ایرانی جو تشریح شده است. از 30 جفت نشانگر ریزماهواره استفاده شده، 29 جفت چندشکلی مشاهده شد. در مجموع 225 آلل برای مکانهای ژنی مختلف با میانگین 2/7 برای هر آغازگر شناسایی گردید. بیشترین تعداد آلل برای جایگاههای Bmag0323، Hvm54 و EBmac679 (با 13 آلل) و کمترین تعداد برای جایگاه HVM0003 (با 2 آلل) بود. میزان PIC از 89/0 (برای جایگاه EBmac679) تا 21/0 (برای جایگاه GBM1176) و مقدار شاخص شانون از 46/2I= (برای جایگاه Bmag0323) تا 48/0I= (برای جایگاه GBM1176) متغیر بود. گروهبندی ژنوتیپها با روش Neighbor-net، و تجزیه خوشهای با استفاده از روش Bayesian انجام گردید. در این روش بهترین تعداد زیر جمعیت 4 عدد شناسایی شد که در اکثر زیرجمعیتها ژنوتیپهای با منشاء ایران دیده شدند. نتایج گروهبندی حاصل از روش Neighbor-net با روش مبتنی بر مدل مطابقت زیادی نشان داد. نتایج این تحقیق نشان داد که نشانگرهای ریزماهواره تنوع ژنوتیپهای مختلف جو را بهخوبی نمایش میدهند. همچنین با توجه به نتایج بهدست آمده، ژنوتیپهای بومی ایران نیز تنوع بالایی را از خود نشان دادند.
کلیدواژهها
موضوعات
عنوان مقاله [English]
Assessment of genetic diversity of Iranian and non-Iranian barely genotypes (Hordeum vulgare L.) using microsatellite markers
نویسندگان [English]
- Farzan Lahoot 1
- Mehrshad Zeinalabedini 2
- Jaber Karimi 3
- Maryam Shahbazi 4
- Behzad Sadeghzadeh 5
1 M.Sc. of Agriculture Biotechnology, Shahed University, Tehran, Iran
2 Assistant Professor, Agriculture Biotechnology Research Institute of Iran, Karaj
3 Assistant Professor, Department of Agriculture Biotechnology, Faculty of Agriculture, University of Shahed,Tehran, Iran
4 Assistant Professor, Agriculture Biotechnology Research Institute of Iran, Karaj
5 Assistant Professor, Dryland Agriculture Research Institute of Iran, Maragheh, Iran
چکیده [English]
Genetic diversity is the best way to use available genetic potential for breeding programs in barley. In this study, genetic diversity of 63 Iranian and non-Iranian genotypes have been described. 29 out of 30 pairs microsatellite markers were polymorphic. A total of 225 alleles for different gene loci with an average of 2.7 per locus were identified. The highest number of alleles for Bmag0323, Hvm54 and EBmac679 (with 13 alleles) and the lowest number for the HVM0003 (with two alleles), respectively. The PIC amount and Shannon index value were variable ranging from 0.89 (for the EBmac679) to 0.21 (for the GBM1176) and from I=2.46 (for the Bmag0323) to I=0.48 (for the GBM1176), respectively. Genotype clustering was done using Neighbor-net and Cluster analysis was performed using Bayesian methods. The best number of sub-populations was identified 4 that were seen in most sub-populations genotypes originating from Iran. The results of clustering of Neighbor-net method showed good agreement with the model-based approach. The results showed that microsatellite markers well represented different genotypes of barley diversity. Also according to the results, native genotypes showed more diversity.
کلیدواژهها [English]
- Barley
- Cluster analysis
- Genetic Diversity
- Microsatelite marker