@article { author = {Naderi, Saleh and Fakheri, Baratali and Esmailzadeh Bahabadi, Sedigheh}, title = {Increasing of Chavicol o-Methyl Transfrase Gene Expression and Catalase and Ascorbate Peroxidase Enzymes ctivity of Ocimum basilicum by Chitosan}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {6}, pages = {1-9}, year = {2014}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {Basil (Ocimum basilicum L.), a medicinal plant of the Lamiaceae family, is used in traditional Iranian medicine. Essential oils of basil are composed of phenylpropanoids. Chavicol o-methyl and eugenol o-methyl are the most important components in essential oil of basil. Chitosan, main compound of fungal species could be used as biotic elicitor to improve secondary metabolites. In the present study, the effect of chitosan on methylchavicol content, chavicol o-methyl transfrase gene expression and enzymes activity of catalase, ascorbate peroxidase was evaluated. The plants were treated at pre flowering stage with 2 g/L chitosan and harvested after 1, 2, 3, and 5 days. Essential oils analysis showed that methylchavicol increased under chitosan compare to untreated plants. Chavicol o-methyl transfrose gene expression and antioxidant enzymes activity increased significantly after chitosan. Totally, changes in gene expression in different harvest stages are consistent with methylchavicol changes. Thus, chitosan increased methylchavicol by increasing CVOMT gene expression.}, keywords = {: essential oils,Gene expression,Ocimum basilicum,CVOMT,antioxidant enzyme activity}, title_fa = {افزایش بیان ژن چاویکول o-متیل ترانسفراز و فعالیت آنزیمهای کاتالاز و آسکوربات‌پراکسیداز گیاه Ocimum basilicum L. تحت تأثیر کیتوزان}, abstract_fa = {ریحان (Ocimum basilicum L.) گیاه دارویی از خانواده نعناعیان (Lamiaceae) است که در طب سنتی ایران مورد استفاده قرار میگیرد. اسانس ریحان سرشار از ترکیبات فنیل پروپانوئیدی است. متیل چاویکول و متیل اوژنول از مهم‌ترین اجزا سازنده اسانس ریحان به شمار می‌روند. کیتوزان از ترکیبات اصلی دیواره سلولی بسیاری از گونه‌های قارچی است که به عنوان الیسیتور زیستی برای بهبود بخشیدن بیوسنتز متابولیت‌های ثانویه استفاده می‌شود. در این پژوهش، اثر کیتوزان بر میزان متیل چاویکول و بیان ژن چاویکول o-متیل ترانسفراز (CVOMT) و فعالیت آنزیم‌های آنتی اکسیدان کاتالاز و آسکوربات پراکسیداز مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور گیاهچههای ریحان در مرحله پیش‌گلدهی با غلظت 2 گرم در لیتر کیتوزان تیمار شدند و سپس در زمان‌های 1، 2، 3 و 5 روز بعد از اعمال تیمار کیتوزان برداشت شدند. آنالیز اسانس نشان داد که میزان متیل‌چاویکول تحت تأثیر کیتوزان نسبت به نمونه‌های شاهد افزایش یافت. همچنین بیان ژن چاویکول o-متیل ترانسفراز و فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدان کاتالاز و آسکوربات پراکسیداز تحت تأثیر کیتوزان به طور معنیداری افزایش یافت. تغییرات میزان بیان ژن با روند تغییرات متیل چاویکول در مراحل مختلف برداشت مطابقت داشت. بنابراین کیتوزان از طریق افزایش بیان ژن چاویکول o-متیل ترانسفراز باعث افزایش متیل‌چاویکول گردید.}, keywords_fa = {اسانس,ریحان,ژن چاویکولo-متیل ترانسفراز,آنزیم‌های آنتی‌اکسیدان‌}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1087.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1087_b9d5d540f740654fc7a8a681795c8501.pdf} } @article { author = {Bahrabadi, Marjan and Shokouhifar, Farhad and Ebrahimi, Mohammad Ali}, title = {Functional Analysis of SP-DD Synthetic Promoter Using Agroinjection Method in Tobacco Plant}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {6}, pages = {11-20}, year = {2014}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {Synthetic pathogen-inducible promoters are suitable alternatives for native promoters in plant genetic manipulation to the purpose of resistant crop production. An ideal pathogen-inducible promoter would only be activated in response to target pathogens. Furthermore, it should express the transgene locally and temporarily. The absence of these characteristics in native promoters have drawn the attentions toward design and construction of synthetic promoters. Some components like cis-regulatory elements are used in construction of synthetic promoters and this provides high flexibility in determining the expression quantity and the inducibility type. One of the most common methods for a synthetic inducible promoter analysis is using Agrobacterium-mediated transient expression system. With this method, Functional analysis of the promoter can be performed in a short time by application of biotic and abiotic treatments and assaying the transgene expression. In this study, the SP-DD synthetic pathogen inducible promoter (containing of two copies of Box D cis-element derived from parsley PR2 promoter) fused with an intron-containing ß-glucuronidase reporter gene was transferred to tobacco leaves (Nicotiana benthamiana) by agroinjection. The promoter function was evaluated in response to salicylic acid treatment and environmental stresses like heat, cold and UV radiation. The results showed that the SP-DD synthetic promoter induced the ß-glucuronidase gene expression in response to salicylic acid and the expression amount increased over time from 2 hours to 24 hours post applicaion. Besides, the promoter showed slight sensitivity in response to heat and cold stresses but the ultraviolet radiation stress had no effect on the promoter induction.}, keywords = {Synthetic promoter,Inducible promoter,Promoter analysis,Agroinjection,ß-glucuronidase reporter gene}, title_fa = {آنالیز عملکرد پیش‌بر مصنوعی SP-DD با استفاده از روش اگرواینجکشن در گیاه توتون}, abstract_fa = {پیش‌برهای مصنوعی القاپذیر با بیمارگرها (Synthetic pathogen-inducible promoters) جایگزین مناسبی برای پیش‌برهای طبیعی در دست‌ورزی ژنتیکی گیاهان با هدف تولید ارقام مقاوم می‌باشند. یک پیش‌بر القاپذیر با بیمارگر در شرایط ایده‌آل باید تنها در پاسخ به بیمارگرهای هدف فعال شود و ژن مقاومت به بیمارگر را به صورت موضعی و موقتی بیان‌ کند. فقدان این ویژگی‌ها در پیش‌برهای طبیعی، توجه را به سمت طراحی پیش‌برهای مصنوعی معطوف داشته است. در ساختار این پیش‌برها از اجزائی چون عناصر تنظیمی سیس استفاده می‌شود که این امر انعطاف‌پذیری بالایی را در تعیین میزان بیان و نوع القاپذیری یک پیش‌بر مهیا می‌نماید. یکی از متداول‌ترین روشهای آنالیز یک پیش‌بر مصنوعی القاپذیر با بیمارگر، استفاده از روش بیان موقت مبتنی بر اگروباکتریوم می‌باشد. با اعمال تیمارهای زیستی و غیر‌زیستی و مطالعه بیان تراژن، آنالیز عملکرد پیش‌بر در زمان کوتاهی قابل انجام است. در این تحقیق، پیش‌بر مصنوعی SP-DD (متشکل از دو نسخه از عنصر تنظیمی و القایی سیس D Box از منشاء پیش‌بر ژن PR2 گیاه جعفری) در اتصال با ژن گزارشگر بتاگلوکرونیداز اینتروندار طبق روش اگرواینجکشن به برگ‌های گیاه توتون گونه بنتامیانا (Nicotiana benthamiana) منتقل شد و عملکرد آن در واکنش به تیمار سالیسیلیک اسید و تنش‌های محیطی بررسی گردید. نتایج نشان داد پیش‌بر مصنوعی SP-DD در پاسخ به سالیسیلیک اسید، ژن بتاگلوکرونیداز را بیان کرد و میزان بیان با گذشت زمان از ۲ ساعت به ۲۴ ساعت از اعمال تیمار، افزایش نشان داد. همچنین پیش‌بر فوق به تنش‌های گرما و سرما حساسیت اندکی نشان داد ولی تنش اشعه ماوراء بنفش بر القاء آن بی‌اثر بود.}, keywords_fa = {پیش‌بر مصنوعی,پیش‌بر القاپذیر,آنالیز پیش‌بر,اگرواینجکشن,ژن گزارشگر بتاگلوکرونیداز}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1089.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1089_5161f8017a073fe6337121af0c02385c.pdf} } @article { author = {Safarzadeh, Mahdieh and Fotovat, Reza and Azimi, Mohammadreza and Mohsenifard, Ehsan and Bakhshi, Behnam}, title = {Expression Analysis Of miRNAs That Regulate Transcription factors related to Auxin, Gibberellin And ABA Signaling Pathways, Under Water Stress In Wheat (Triticum aestivum L.)}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {6}, pages = {21-33}, year = {2014}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {Growth and metabolism of plants are affected by a variety of stimuli, including biotic and abiotic environmental stresses that could leads to responses of the plant through hormone regulation. miRNAs, are a group of Non-coding RNAs that some of them are involved in signaling of plant hormones. In this study, the expression patterns of miR159a,b, miR160, miR167a,b and miR171a have been studied in both drought susceptible and drought tolerant varieties in wheat using qRT-PCR. miR159a,b, miR160, miR167a,b and miR171a could play important roles in MYB, ARF, ARF, and SCL, transcription factors regulation, respectively. High conservation among the studied miRNA families was observed in the mature miRNA producer regions by multiplex alignment of pre-miRNAs. Results of qRT-PCR analysis indicated that expressions of miR160 and miR167a,b in tolerant Variety and miR159a,b in susceptible Variety are increased significantly. However, no significant changes in expression were observed for miR171a in both tolerant and sensitive varieties. Presumably, up-regulation miR159a,b in susceptible variety could be resulted to reduction in the expression of  MYB genes involved in drought response. On the other hand, up-regulation of miR160 and miR167a,b in tolerant variety, may lead to regulation of auxin and abscisic acid pathways interaction and probably these miRNAs could contribute in stress tolerance in tolerant variety. In addition, no significant change in miR171a expression demonstrated that expression of SCL could be regulated through other mechanisms in plant.}, keywords = {miRNA,Hormone signaling,Wheat,Drought stress}, title_fa = {بررسی بیان miRNAهای کنترل کننده فاکتورهای رونویسی مرتبط با مسیرهای سیگنالینگ اکسین، جیبرلین و اسید آبسزیک، تحت شرایط تنش خشکی در گندم (Triticum aestivum L.)}, abstract_fa = {رشد و متابولیسم گیاه تحت تأثیر انواع محرک‌های زنده و غیرزنده‌ از جمله تنش‌های محیطی قرار می‌گیرد که گیاه از طریق هورمون‌ها به آن‌ها پاسخ می‌دهد. miRNAها، گروهی از RNAهای کوچک غیر کدکننده هستند که برخی از آن‌ها در سیگنالینگ هورمون‌های گیاهی نقش دارند. در این مطالعه با استفاده از تکنیک qRT-PCR، الگوی بیان miR159a,b، miR160، miR167a,b و miR171a، که به‌ترتیب در تنظیم بیان فاکتورهای رونویسی MYB، ARF، ARF، SCL نقش دارند، در دو رقم حساس و متحمل به تنش خشکی در گندم مورد بررسی قرار گرفتند. بررسی میزان شباهت نوکلئوتیدی نشان داد که بیشترین شباهت در هر یک از این خانواده‌ها در ناحیه تولید کننده miRNA بالغ می‌باشد. آنالیزهای qRT-PCR نشان داد تحت شرایط تنش خشکی  miR159a,bدر رقم حساس و miR160 و miR167a,b در رقم متحمل افزایش بیان معنی‌داری داشتند. تحت این شرایط در miR171a تغییر بیان معنی‌داری در هر دو رقم مشاهده نشد. احتمالاً افزایش بیان miR159a,b در رقم حساس منجر به کاهش پاسخ ژن‌های MYB درگیر در تنش خشکی خواهد شد. افزایش بیان miR160 و miR167a,b در رقم متحمل، باعث تنظیم اثر متقابل مسیرهای سیگنالینگ اکسین و آبسیزیک اسید و احتمالاً کمک به تحمل تنش، در رقم متحمل به تنش خشکی می‌شوند. همچنین با عدم تغییر بیان miR171a در هر دو رقم، احتمالاً تحت این شرایط بیان ژن‌های SCL از طریق سایر مکانیسم‌های گیاهی تنظیم می‌شوند.}, keywords_fa = {miRNA,سیگنالینگ هورمون‌,گندم,تنش خشکی}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1091.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1091_859768e94cb355a0ef931c6f9c954276.pdf} } @article { author = {Mahmodi, Parvaneh and Moeini, Ahmad and Khayam Nekoie, Seyed Mojtaba and Mardi, Mohsen and Hosseini Salekdeh, Ghasem}, title = {Analysis of Saffron Stigma (Crocus sativus L.) Transcriptome Using SOAPdenovo and Trinity Assembly Software}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {6}, pages = {35-46}, year = {2014}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {Saffron (Crocus sativus L.), is the most valuable and popular spice in the word. It is a triploid species of the Iridaceae family. Its long, red, and aromatic stigma distinguishes this species from others in its family. With the rapid advances in next generation sequencing technology, RNA sequencing has risen as a cost-effective and powerful method for transcriptome study. De novo assembly of transcripts provides main solution to transcriptome analysis for organisms without reference genome. Precise sequencing and assembly of transcriptome reliable data are necessary for the downstream analysis. Accordingly, this work was analyzed by two of the most popular software's Trinity and SOAPdenovo for saffron stigma transcriptome to study the effective programs for transcriptome assembly. The results showed that the mean sequence length and the number of unigenes obtained by Trinity were more than SOAPdenovo (Trinity: 689, SOAPdenovo: 624). Translation of the better results produced by the appropriate assembler to protein led to a significant increase in the number of its records obtained at databases. Furthermore, these unigenes might help to identify more metabolite pathways. Assembled unigenes by Trinity had no lacking distance and were about twice the unigenes assembled by SOAPdenovo. As a general conclusion, it seems that selection of an appropriate software and its parameters is not easy without comprehension understanding of different software operation and their setting. Thus, comparison of the different softwares efficiency on the different organisms could provide some practical suggestions and choose an appropriate software.}, keywords = {Saffron,Transcriptome,Assembly,Unigenes,Trinity,SOAPdenovo}, title_fa = {تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (Crocus sativus L.) با استفاده از نرم‌افزارهای SOAPdenovo و Trinity}, abstract_fa = {زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوب‌ترین ادویه جهانی، گونه‌ای تریپلوئید از خانواده Iridaceae می‌باشد. این گونه با کلاله‎های قرمز، بلند و معطر، از سایر گونه‎های این خانواده متمایز است. با پیشرفت‌های سریع بوجود آمده در نسل دوم توالی‌یابی، توالی‌یابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان‌تری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالی‌های ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه ترانسکریپتوم موجوداتی است که توالی ژنوم آن‌ها در دسترس نیست. توالی‌یابی دقیق و مونتاژ قابل اعتماد در داده‌های ترانسکریپتوم، برای آنالیزهای پایین‌دست ضروری می‌باشد. در این مطالعه با جداسازی و تعیین توالی ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی با استفاده از نسل دوم توالی‌یابی نتایج عملکرد تجزیه و تحلیل داده ها بوسیله دو نرم‌افزار پرکاربرد به نام‌های SOAPdenovo و Trinity مقایسه شد. نتایج این پژوهش نشان داد که میانگین طول توالی‌ها و تعداد یونی‌ژن‌های بدست آمده در Trinity بیشتر از SOAPdenovo می‌باشد (میانگین 689 برای Trinity و 624 برای SOAPdenovo). نتایج مونتاژ بهتر توسط مونتاژگر مناسب وقتی به پروتئین ترجمه می‌شود منجر به افزایش معنی-داری در تعداد رکوردهای به‌دست آمده در پایگاه‌های اطلاعاتی می‌شود و تعداد بیشتر یونی‌ژن امکان شناسایی مسیرهای بیوسنتزی متابولیت‌های مهم بیشتری را فراهم می‌کند. یونی‌ژن‌های مونتاژ شده در Trinity فاقد فاصله بوده و میانگین آن حدود دو برابر یونی‌ژن‌های مونتاژ شده بوسیله SOAPdenovo بود. به‌طور کلی انتخاب ابزار و پارامترهای مناسب برای مونتاژ ترانسکریپتوم بدون درک کاملی از عملکرد ابزارهای مختلف و تنظیمات آن‌ها کار مشکلی است. با مقایسه عملکرد نرم‌افزارهای مختلف بر روی موجودات مختلف می‌توان توصیه‌هایی در زمینه استفاده از آن‌ها ارائه داد و نرم‌افزار مناسب‌تر را انتخاب کرد.}, keywords_fa = {زعفران,ترانسکریپتوم,مونتاژ,یونی‌ژن,Trinity,SOAPdenovo}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1102.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1102_4b1a5c5295ed73e7c963724f21a3ccf2.pdf} } @article { author = {Tohidfar, Masoud and Ghorishi, Ebrahimi and Fakheri, Bartali and Mohsenpour, Motahareh}, title = {Design and Construction of Specific Chloroplast Vectors for Rice Plants Containing Betaine Aldehyde Dehydrogenase (badh) and Flavodoxin (fld) Genes for Resistance to Abiotic Stress}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {6}, pages = {47-59}, year = {2014}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {Abiotic stresses such as drought and salinity are the first factor of YIELD decrease in the world. In this study, betaine aldehyde dehydrogenase gene (badh) is used as both an abiotic stress marker gene and one of the abiotic stress tolerance candidate genes along with Flavodoxin (fld) in construction of chloroplast vector for rice. Thereby, adding the appropriate enzyme role to let gene cassette enter to the center. The first two parts of a specific target areaof Plastom rice (FR) the rice genome using PCR that they can be re-attached in cloning. Then, the gene cassetes were designed for fld and badh genes in regulatory regions of the chloroplast. So that the fld genes and with rbcl 5'UTR and badh genes with T7gene10 5'UTR were cloned the strong chloroplastsic promoter Prrn and the terminator rbcl 3'UTR. Finally, The complete two-gene cassettes fld/badh with the regulatory regions is separated from targeting chloroplast metabolism of rice in two sides cloned. The two specific chloroplast vector called pFrFB(-) and pFrFB(+) are potential to be attached to gene that are resistant to drought and salinity targeted with two different orientations relative to the inner regions of the chloroplast genome of rice plants and are able to be the goal of creating high resistance to salinity, drought and chill in transferring genes to use the chloroplast of rice plant via gene gun.}, keywords = {Abiotic Stress,betaine aldehyde dehydrogenase,Flavodoxin,Cloning,Vector chloroplastid}, title_fa = {طراحی و ساخت سازه اختصاصی کلرو‌پلاستی گیاه برنج حاوی ژن‌های بتائین آلدهید دهیدروژناز(badh) و فلاودکسین(fld) جهت ایجاد مقاومت به تنش‌های غیر‌زنده}, abstract_fa = {تنش‌های غیر‌زیستی از جمله خشکی و شوری اولین عامل کاهش محصول در دنیا است. در این تحقیق ژن بتائین آلدهید دهیدروژناز (badh) هم به عنوان یک نشانگر غیر‌آنتی‌بیوتیکی و هم به عنوان یکی از ژن‌های کاندید در تحمل به تنش‌های غیر‌زیستی به همراه ژن فلاودکسین (fld) در ساخت ناقل کلروپلاستی برای گیاه برنج مورد استفاده قرار گرفت. بدین منظور ابتدا دو قسمت از یک ناحیه اختصاصی هدف‌گیری کننده به پلاستوم برنج (FR) با افزودن جایگاه آنزیمی مناسب جهت ورود کاست-های ژنی به مرکز آن، در دو مرحله به گونه‌ای با استفاده از PCR از ژنوم کلروپلاستی برنج جدا‌سازی شد که امکان اتصال مجدد آنها ضمن کلون‌سازی ایجاد گردد. سپس طراحی کاست ژنی برای ژن های fld و badh تحت نواحی تنظیمی کلروپلاستی انجام شد، به طوری‌که ژن fld همراه با rbcl 5'UTR و ژن badh همراه با T7gene10 5'UTR به صورت پلی‌سیسترونی تحت پیشبر قوی کلروپلاستی Prrn و پایانبر rbcl 3'UTR کلون‌سازی شدند. سرانجام کاست کامل دو ژنی fld/badh به همراه نواحی تنظیمی از ناقل نوترکیب حاصل موسوم به pBF جدا و در مرکز ناحیه هدف‌گیری کننده به کلروپلاست برنج در دو جهت کلون‌سازی گردید. دو ناقل مختص کلروپلاست حاصل موسوم به pFrFB(-) و pFrFB(+) پتانسیل الحاق هدفدار ژن‌های مقاومت به شوری و خشکی را با دو جهت‌گیری مختلف نسبت به نواحی داخلی ژنوم کلروپلاستی گیاه برنج دارا بوده و قادرند با هدف ایجاد مقاومت بالا به شوری، خشکی و سرما در انتقال ژن به کلروپلاست گیاه برنج با استفاده از تفنگ ژنی مورد استفاده قرار گیرند.}, keywords_fa = {بتائین آلدهید دهیدروژناز,تنش‌های غیر‌زنده,فلاودکسین,کلون‌سازی,ناقل کلروپلاستی}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1088.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1088_c898d07d16290ca9b4d4d16921aba0ac.pdf} } @article { author = {Jannatdoust, Marjan and Darvishzadeh, Reza and Ebrahimi, Mohammad Ali}, title = {Studying genetic diversity in confectionary sunflower (Helianthus annuus L.) by using microsatellit markers}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {6}, pages = {61-72}, year = {2014}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {In this study, genetic variability among and within 50 confectionery sunflower populations was investigated using 10 microsatellite markers (SSR). The number of alleles per locus ranged from 2 to 3 with an average of 2.1. The number of effective alleles per locus was estimated from 1.948 (locus ORS785) to 1.468 (locus ORS1088) with an average of 1.825. The highest expected heterozygosity (0.484) was estimated for ORS785 locus and the lowest one (0.268) estimated for ORS1088. The mean of expected and observed heterozygosity was 0.435 and 0.722, respectively. Polymorphic information content varied between 0.572 in ORS785 locus and 0.334 in ORS1088 with an average of 0.503. A principal co-ordinates analysis (PCoA) showed that the first two Eigen-values explained 31.71% of the cumulative variation. Cluster analysis based on complete algorithm and Nei genetic distance grouped the studied populations in 3 main classes. Analysis of molecular variance revealed that the high part of total variation was due to within populations. So it will be better to do selection within populations in breeding programs.}, keywords = {sunflower,analysis of molecular variance,Cluster analysis,Polymorphic information content,Molecular markers}, title_fa = {ارزیابی تنوع ژنتیکی آفتابگردان آجیلی (Helianthus annuus L.) با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره}, abstract_fa = {تنوع ژنتیکی بین و درون 50 توده آفتابگردان آجیلی  با استفاده از 10 نشانگر ریزماهواره مورد ارزیابی قرار گرفت. تعداد آلل در مکان‌های ژنی بین 2 تا 3 با میانگین 1/2 آلل به ازای هر مکان­ژنی بود. تعداد آلل مؤثر بین 948/1 در مکان­ژنی ORS785 و 468/1 در مکان­ژنی ORS1088 با میانگین 825/1 آلل برآورد شد. بیشترین میزان هتروزیگوسیتی مورد انتظار (484/0) در مکان­­ژنی ORS785 و کمترین آن (268/0) در مکان­ژنی ORS1088 برآورد شد. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده به ترتیب برابر 435/0 و 722/0 بود. محتوای اطلاعات چند شکلی (PIC) بین 573/0 در مکان­­ژنی ORS785 و 334/0 در مکان­ژنی ORS1088 با میانگین 503/0 برآورد گردید. تجزیه به مختصات اصلی (PCoA) نشان داد دو مؤلفه اصلی اول مجموعا 71/31% از واریانس کل را توجیه می نمایند. گروه­بندی توده­های آفتابگردان آجیلی مورد مطالعه براساس ضریب فاصله ژنتیکی نی و با استفاده از الگوریتم Complete، آن­ها را در 3 گروه مجزا قرار داد. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد تنوع درون توده­ها بیشتر از تنوع بین تودها می­باشد. بنابراین در برنامه­های به‌نژادی آفتابگردان آجیلی، می­توان انتخاب را درون توده­ها انجام داد.}, keywords_fa = {آفتابگردان,تجزیه واریانس مولکولی,تجزیه خوشه‌ای,محتوای اطلاعات چند شکل,نشانگرهای مولکولی}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1092.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1092_b67afb61ff52158f1d036877bb7bbca3.pdf} } @article { author = {Fatemi ardestani, Seyyedeh farzaneh and Nematzadeh, Ghorbanali and Askari, Hossein and Hashemi, Hamidreza}, title = {Identification and Isolation of Transcripts in Response to KCl from Aeluropus littoralis}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {6}, pages = {73-83}, year = {2014}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {Soil salinity limits crop production by creating osmotic stress and disruption of ion homeostasis, leads to damage at the molecular level and finally cell death. In this study, gene expression analysis based on cDNA-AFLP technique was used to compare the expression profiles of KCl stress at three levels: 0 (control), 200mM and 400mM, in Aeluropus littoralis which is the closest family to cereal. Among 34 isolated ESTs, 27 ESTs were obtained with the average length of 280 bp. The nucleotide sequences were compared with those in the GenBank database. Approximately 80% of the ESTs show homology to nucleotide or amino acid sequences in the GenBank database and 6 ESTs show no significant similarity in the GenBank database which considered as novel genes. Finally, 27 ESTs were recorded in NCBI database which are included potassium transporter, ribosomal protein, NADH dehydrogenase and golgin. The result of this research is very important to understand molecular basis and resistance mechanisms of drought stress for breeding and genetic engineering to improve crop resistance against stress and the production of resistant plants. EST classification based on responses to stress, will facilitate performance analysis, characterization of responsive genes in plant roots of Aeluropus littoralis to stress in future studies on this herb that is a member of the Poaceae family.}, keywords = {Aeluropus littoralis,cDNA-AFLP,Gene expression,Salinity}, title_fa = {شناسایی و جداسازی رونوشت‌های پاسخگو به پتاسیم کلراید از گیاه آلوروپوس لیتورالیس}, abstract_fa = {شوری خاک با ایجاد تنش اسمزی و بر هم زدن تعادل یونی تولیدات گیاهی را محدود می­کند و منجر به خسارت در سطح مولکولی و نهایتاً مرگ سلول می­گردد. در این تحقیق آنالیز بیان ژن مبتنی بر تکنیک cDNA-AFLP جهت مقایسه پروفایل بیانی ناشی از تنش شوری KCl در سه سطح 0 (شاهد)، 200 و 400 میلی مولار در گیاه آلوروپوس لیتورالیس که نزدیک­ترین خانواده به غلات می­باشد، انجام شد. از میان 34 عدد EST  جداسازی شده، 27 عدد EST با طول میانگین 280 جفت باز بدست آمد. در این میان 80% از رونوشت­ها با پروتئین­ها و توالی­های اسید نوکلئیک شناسایی شده در ارگانیسم­های دیگر، شباهت نشان دادند. از طرفی دیگر، 6 رونوشت به عنوان ژن­های جدید در نظر گرفته شدند. در نهایت 27 عدد EST  در بانک ژن به ثبت رسید که مهمترین آنها شامل گروه­های پروتئینی سینتاکسین، آدنوزیل متیونین دکربوکسیلاز و پروتئین­های ریبوزومی می‌باشند. گروه­بندی EST­ها بر مبنای نوع پاسخ به تنش­ها، آنالیز عملکردی و خصوصیت یابی ژن­های پاسخگو در ریشه گیاه آلوروپوس لیتورالیس به تنش­ مذکور را در مطالعات آتی روی این گیاه که از اعضای خانواده غلات می‌باشد، تسهیل خواهد کرد.}, keywords_fa = {آلوروپوس لیتورالیس,بیان ژن,شوری,cDNA-AFLP}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1093.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1093_d2cfdf234e7653ebb1f48605d57022af.pdf} } @article { author = {Hajibarat, Zohreh and Saidi, Abbas and Talebi, Reza and Hajibarat, Zahra}, title = {Assessment of Genetic Diversity of Chickpea Germplasm (Cicer arietinum L.) by Using SSR Molecular Marker}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {6}, pages = {85-94}, year = {2014}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {Identification of genetic diversity and classification of genetic resources (germplasm) are of important and essential activities in breeding and management of plant genetic resources. In order to study of genetic diversity of chickpea genotypes, 38 pair’s primers of SSR were used on 18 landrace and 30 improved varieties. After genomic DNA extraction and PCR reaction, primers produced 117 polymorphic bands and the mean of polymorphic band per primer was 3.5. The highest value of polymorphic information content (PIC) belonged to TAA170 primer (0.77) and the lowest value of PIC belonged to Cstms5 primer (0.08).  Mean of PIC for all primers was 0.48. Calculated Jacard similarity coefficient ranged from 0.47 to 0.94 among genotypes. In order to assess genetic relationships, cluster analysis was performed by method NJ with Splitstree (ver 4.13.1) software. Results of this study revealed that SSR molecular markers has a valuable potential for evaluation and discrimination of chickpea genotypes.}, keywords = {Chickpea,Polymorphic information content‌,Cluster analysis,Microsatellite marker}, title_fa = {ارزیابی تنوع ژنتیکی ژرم پلاسم نخود (Cicer arietinum L) با استفاده از نشانگر مولکولی SSR}, abstract_fa = {شناخت تنوع ژنتیکی و طبقه‌بندی ذخایر توارثی (ژرم‌پلاسم) از فعالیت‌های مهم و ضروری در به‌نژادی و مدیریت حفظ ذخایر ژنتیکی گیاهان می‌باشد. در این آزمایش تنوع ژنتیکی 48 ژنوتیپ نخود با استفاده از 38 جفت نشانگر ریزماهواره مورد ارزیابی قرار گرفت. پس از استخراج DNA ژنومی و انجام واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز، آغازگرها در مجموع 117 باند چندشکل تولید نمودند که متوسط تعداد باند چندشکل به ازای هر آغازگر 5/3 بود. میانگین PIC برای کل آغازگر 48/0 به دست آمد و بیشترین میزان اطلاعات چندشکلی (PIC) مربوط به آغازگرهای TAA170 با مقدار 77/0 و کمترین مقدار آن مربوط به آغازگر Cstms5 با مقدار 08/0 بود. با محاسبه ضریب تشابه جاکارد، ارزش‌های تشابه بین ژنوتیپ‌ها دامنه‌ای از 47/0 تا 94/0 را داشتند. تجزیه خوشه‌بندی با روش NJ و با استفاده از نرم‌افزار (Splitstree ver 4.13.1) به منظور بررسی روابط ژنتیکی انجام شد. در مجموع این نتایج مطالعه بر روی نخود با آغازگرهای SSR، نشان داد که این آغازگرها در گیاه نخود کارایی بالایی دارند و نشانگرهای مورد استفاده توانستند تمامی ژنوتیپ‌ها را به خوبی از هم جدا کنند.}, keywords_fa = {نخود زراعی,محتوای اطلاعات چندشکلی,تجزیه خوشه‌ای,نشانگر ریزماهواره}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1094.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1094_cb303c9e1a3fbe491826be8004eaddcf.pdf} } @article { author = {Khosrojerdi, Somayeh and Hashemi, Maryam and Mousivand, Maryam}, title = {Catalytic Characterization and Molecular Analysis Endo1, 4-Beta Glucanase Gene of Bacillus subtilis Strain A14h Isolated from Rice Fields}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {6}, pages = {95-105}, year = {2014}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {Cellulases can hydrolysis cellulose into glucose units which act in a synergistic manner of three enzymes endo-beta -1, 4-glucanase, cellobiohydrolase and beta-glucosidase. Nowadays, cellulases are used in various industries including animal feeds, textile, sewage treatment, brewery industries and biofuel production. Demand for cellulolytic enzymes with unique catalytic properties is growing more rapidly than ever before. In this study, Bacillus subtilis A14h with cellulase production potential was identified using biochemical and molecular (16SrDNA gene) methods.The optimum conditions of B. subtilis A14h cellulase activity was evaluated in the presence of two type of substrates (carboxymethyl cellulose and beta-glucan), temperatures range of 30-70°C,and pH 4.6. Also, endo 1, 4-beta glucanase gene amplified using specific primers, sequencing outcome was recorded in the NCBI database. Sequence analysis and construction of phylogenetic trees was performed using vector NTI and Mega.4 softwares.The results showed that the isolate belongs to the Bacillus subtilis species. The phylogenetic analysis and comparison of the amino acid sequence of endo -1, 4-beta glucanase gene showed that the enzyme catalytic region belongs to glycosyl hydrolases family 5 and the non catalytic region was placed in the CBM3 family. The B. subtilis A14h cellulase was most closely related to the cellulase of B.subtilis strains. The results showed that the highest enzyme activity equal to 1464.25 U/ml was obtained in the presence of beta-glucan substrate at 55° C.}, keywords = {endo1 4beta glucanase gene,B.subtilis,16s rDNA gene,Phylogeny,catalytic characterization}, title_fa = {تعیین برخی ویژگی های کاتالیتیکی و آنالیز مولکولی ژن آنزیم اندو-بتا-1و4-گلوکاناز سویه Bacillus subtilis A14h جدا شده از مزارع برنج}, abstract_fa = {سلولازها با فعالیت همزمان سه آنزیم اندو-بتا-1و4-گلوکاناز، سلوبیوهیدرولاز و بتا-گلکوزیداز می­توانند سلولز را به واحدهای گلوکز تجزیه کنند. در حال حاضر، سلولازها اغلب در صنایع خوراک دام، نساجی، تصفیه پساب، آبجوسازی و تولید سوخت­های زیستی استفاده می‌شوند و تقاضا برای خرید این آنزیم­ها با ویژگی­های کاتالیتیکی خاص رشد فزاینده­ای دارد. در این مطالعه سویه Bacillus subtilis A14h با قابلیت تولید آنزیم سلولاز با استفاده از روش­های بیوشیمیایی و مولکولی (ژن 16SrDNA) شناسایی شد. شرایط بهینه عملکرد آنزیم تولید شده توسط سویه مورد نظر در حضور دو نوع سوبسترا (کربوکسی متیل سلولز و بتا گلوکان) ودر محدوده دمایی C°70-30 و در pH 6/4 ارزیابی شد. همچنین ژن­ اندو-بتا-1و4-گلوکاناز نیز با استفاده از پرایمرهای اختصاصی تکثیر، توالی یابی ونتیجه در پایگاه اطلاعاتی NCBI ثبت شد. آنالیز توالی‌های به دست آمده و رسم درخت فیلوژنی با استفاده از نرم­افزار Vector NTI و Mega.4 انجام شد. نتایج نشان داد که جدایه مورد بررسی متعلق به گونه B. subtilis است. همچنین نتایج آنالیز فیلوژنتیکی و مقایسه توالی آمینو اسیدی ژن اندو-بتا-1و4-گلوکاناز سویه‏ مورد بررسی نشان داد که ناحیه کاتالیتیکی آنزیم مذکور متعلق به خانواده 5 گلیکوزیل ­هیدرولازها بوده و ناحیه غیرکاتالیتیکی آن در خانواده 3CBM قرار گرفته و بیشترین شباهت را به آنزیم سلولاز سویه‌های B. subtilis دارند. هم‌چنین نتایج نشان داد که بیشترین میزان فعالیت آنزیمی در حضور سوبسترای بتاگلوکان و دمای 55 درجه سانتی‌گراد معادل U/ml 1464 تخمین زده شد.}, keywords_fa = {باسیلوس سابتیلیس,ژن اندو-بتا-1و4-گلوکاناز,16SrDNA,فیلوژنی,ویژگی کاتالیتیکی}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1114.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1114_ec25c0d8c6a1c9d57d4ee6e2b8ca0b9e.pdf} }