@article { author = {Shakeri, Samira and Kazemitabar, Seyed kamal and Hashemi, Seyed hamidreza}, title = {Study of Reference Genes in Sesame Leaves under Salt Stress by Real-Time PCR Method}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {8}, pages = {1-10}, year = {2015}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {Analysis of gene expression is considered as an essential part of functional genomics studies in all living organisms. Real-time PCR technique is very strong one to study the expression of a gene. However, despite its reliability, it has a set of specific problems, such as internal control gene selection which are suitable for normalization of the data. The study about selection reference of genes in sesame plant, at different developmental stages and under salinity stress of  were studied. For this purpose, four internal control genes consists of eIF4- A, UBQ5, Alpha-Tubulin and Beta-Actin which are commonly used as housekeeping genes in plants, are selected and the stability of its expression in different salinity levels (zero and 75 mM) and different growth stages in five time periods (0 h, 6 h, 1 day, 4 days, 8 days and 16 days) in leaf tissue were examined. Study of the expression of reference genes using geNORM software showed that, in developmental stages and salinity in the leaf tissues, eIF4-A and Beta-Actin genes have more stable expression than other investigated genes. Using these genes can be useful in normalization of gene expression by Real-Time PCR analysis. The results can be used as reference genes for gene expression analysis in the Real-Time PCR.}, keywords = {Gene expression,Salt stress,Reference genes,Sesamum indicum L}, title_fa = {بررسی ژن‏ های رفرنس موجود در برگ کنجد تحت تنش شوری به روش Real- Time PCR}, abstract_fa = {تجزیه و تحلیل بیان ژن جزء لاینفک مطالعات ژنومیکس کاربردی در همه موجودات زنده بشمار می‏رود.  Real-time PCR تکنیک بسیار قوی برای بررسی بیان کمی ژن می‏باشد. با این حال، علاوه بر قابل اعتماد بودن، دارای یک‌ سری مشکلات خاص، از جمله انتخاب‏ ژن (های) کنترل داخلی مناسب برای نرمال‏سازی داده‏ها می‏باشد. این تحقیق در خصوص انتخاب ژن‏های رفرنس در گیاه کنجد در مراحل مختلف نمو و تحت تنش شوری، مورد بررسی قرار گرفت .بدین منظور چهار ژن کنترل داخلی شامل Alpha- Tubulin، Beta- Actin، eIF4- A و UBQ5 که معمولاً به عنوان ژن خانه‏دار در گیاهان استفاده می‏شود انتخاب و  پایداری بیان آنها در سطوح مختلف شوری (صفر و 75 میلی‏مولار) و مراحل مختلف نموی در شش دوره زمانی (0 ساعت، 6 ساعت، 1 روز، 4 روز، 8 روز و 16 روز) در بافت برگ مورد بررسی قرار گرفتند. بررسی بیان ژن‏های رفرنس با استفاده از نرم‏افزار geNORM نشان داد که ژن‏های eIF4- A و Beta-Actin از پایداری بیان بیشتری نسبت به سایر ژن‌های مورد بررسی در مراحل نمو و تنش شوری در نمونه بافت برگی برخوردار بودند. استفاده از این ژن‌ها می‌تواند در نرمال‌سازی بیان ژن به وسیله آنالیز Real-Time PCR مفید باشد. نتایج این تحقیق را می‏توان به عنوان ژن‏های رفرنس درآنالیز بیان ژن در Real-Time PCR در گیاه کنجد استفاده نمود.}, keywords_fa = {بیان ژن,تنش شوری,ژن رفرنسٰ,کنجد}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1555.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1555_dfc0f327c935ca119457f8ccb3f819ac.pdf} } @article { author = {Mokhlesian, Saba and Haddad, Raheem and Garoosi, Ghasemali and Ghannadnia, Maryam}, title = {Study of the Enzymatic Response and Relative Gene Expression of Catalase and Ascorbate Peroxidase to Drought Stress in Barley Plant under Silicon Effect}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {8}, pages = {11-20}, year = {2015}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {Various abiotic stresses lead to the overproduction of reactive oxygen species (ROS) in plants and cause to damage to proteins, lipids, carbohydrates and DNA. Antioxidative enzymes such as catalase and ascorbate peroxidase are activated to protect the plants against oxidative stress.Silicon is the second most common element in soil that has beneficial effects in improving plants tolerance to drought stress.Accordingly, the effects of drought stress on semi-quantitative gene expression and enzymatic activities of both catalase and ascorbate peroxidase were investigated in two lines of two-row barley named CB-20315 (resistant) and CB-20213 (sensitive) in tillering stage in a greenhouse. The experiment was performed in a completely randomized design with three replications for three treatments of control, drought and silicon-drought (sodium silicate 2 mg / 1 kg), and analyzed in factorial experiment. RT-PCR semi-quantitative analysis revealed significant differences between treatments. The highest level of gene expression was observed for both enzymes in the silicon-drought treatment. The data showed that silicone application affect antioxidant enzymes activity to increase in both studied lines under drought stress. According to the results of this study it might be concluded that silicon participate in physiological and metabolic changes to enhance plants tolerance to drought stress.}, keywords = {Antioxidant Enzymes,Silicon,oxidative stress,Gene expression}, title_fa = {بررسی پاسخ آنزیمی و بیان نسبی ژن‌های کاتالاز و آسکوربیت پراکسیداز به تنش خشکی تحت تأثیر سیلیکون در گیاه جو}, abstract_fa = {تنش­های غیرزیستی مختلف در گیاهان منجر به تولید بیش از حد گونه­های اکسیژن فعال (ROS) و باعث آسیب به پروتئین­ها، چربی­ها، کربوهیدرات­ها و DNA می­شود. برای مقابله با تنش­ اکسیداتیو در گیاهان دفاع آنتی­اکسیدانی مانند کاتالاز و آسکوربیت پراکسیداز برای محافظت از گیاهان فعالیت می­کند. سیلیکون دومین عنصر رایج موجود در خاک است که دارای اثرات مفیدی در افزایش تحمل به تنش خشکی در گیاهان می­باشد. بدین منظور اثر ناشی از تنش خشکی در بیان نیمه­کمی ژن­های کاتالاز و آسکوربیت­پراکسیداز و فعالیت آنزیمی آنها در دو لاین گیاه جو دو ردیفه (Hordeum vulgare L.) 20315-CB (مقاوم) و 20213CB- (حساس) در مرحله پنجه­دهی در گلخانه مورد بررسی قرار گرفت. آزمایش به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار و سه تیمار شاهد، خشکی و سیلیکون –خشکی (2میلی­مولار سیلیکات­سدیم/ کیلوگرم خاک) اجرا شد. آنالیز نیمه­کمی RT-PCR اختلاف معنی­داری را بین تیمارها نشان داد. بیشترین میزان بیان ژن کاتالاز و آسکوربیت پراکسیداز در تیمار سیلیکون-خشکی مشاهده شد. نتایج نشان داد در هر دو رقم کاربرد سیلیکون، فعالیت آنزیم­های ضد­اکسنده را تحت شرایط تنش خشکی افزایش می­دهد. با توجه به نتایج حاصل از این مطالعه به نظر می­رسد که سیلیکون احتمالا در تغییرات فیزیولوژیکی و متابولیکی جهت افزایش مقاومت به خشکی در گیاهان نقش داشته باشد.}, keywords_fa = {آنزیم‌های ضداکسنده,سیلیکون,تنش اکسیداتیو,بیان ژن}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1556.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1556_752c7d1a0e430a59075a322222121782.pdf} } @article { author = {Abdekhani, Sara and Solouki, Mahmood and Shiri, Yasub}, title = {The Effect of Different Growth Hormones on Gene Expression of Phenylalanine Ammonia Lyase (PAL) in Ocimum basilicum L.}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {8}, pages = {21-30}, year = {2015}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {Basil (Ocimum basilicum L.) is a member of a Lamiaceae family with aroma compounds and high essence. Furthermore, the essential oils of basil leaves are composed of phenylpropanoids, which have shown antibacterial and antioxidant properties. Phenylalanine ammonia Lyase is an important enzyme in phenylpropanoid pathway. The literature indicated that plant hormones affect gene expression in plants and increase the production of secondary metabolites. In addition, the hormones stimulate the immune system through transcriptional activation of defense related genes, and in turns, increase induced resistance of plants. In the current study, Real Time PCR was used to evaluate the gene expression and enzymatic activity of phenylalanine ammonia. The plants were treated with three different hormones including gibberellic acid, jasmonic acid, and salicylic acid with 0.1 mM/L concentration. The activities were studied during three different plant growth stages which included seedlings, pre-flowering stage, and flowering stage. The difference between gene expressions levels were analyzed by Duncan method (P≤0.05) using SAS software (version 9.0). During the flowering stage, the results showed an increase in gene expression of phenylalanine ammonia Lyase in plants treated with jasmonic acid. The gene expression of phenylalanine ammonia Lyase was significantly higher (5%) for all treated samples compared to the control samples. The studied hormones increased the gene expression and enzymatic activity of phenylalanine ammonia Lyase. }, keywords = {phenylalanine ammonia lyase,hormone,RT-PCR}, title_fa = {تأثیر هورمون‌های اسید جیبرلیک، اسید جاسمونیک و اسید سالیسیلیک بر بیان ژن فنیل‌آلانین‌آمونیالیاز (PAL) در مراحل مختلف رشد .Ocimum basilicum L}, abstract_fa = {گیاه Ocimum basilicum L.  از خانواده نعناعیان است که دارای ترکیبات حلقوی و اسانس بوده و خواص ضد باکتریایی و آنتی‌اکسیدانی دارد، که سرشار از ترکیبات فنیل پروپانوئیدی است. آنزیم فنیل‌آلانین آمونیالیاز یکی از آنزیم­های کلیدی در مسیر تولید ترکیبات فنیل پروپانوئیدی می­باشد. شواهد نشان می­دهد که هورمون­های گیاهی بر بیان ژن در گیاهان مؤثر بوده و موجب افزایش تولید متابولیت­های ثانویه می‏گردند. علاوه بر این سیستم دفاعی گیاه را از طریق فعال‏سازی رونویسی ژن­های مرتبط با مکانیسم دفاعی گیاه تحریک نموده باعث تنظیم مقاومت القایی می­گردند. در این تحقیق، بیان ژن فنیل‌آلانین‌آمونیالیاز و فعالیت آنزیم فنیل‌آلانین‌آمونیالیاز در گیاه ریحان تحت تیمار هورمون­های اسید جیبرلیک، اسید جاسمونیک و اسید سالیسیلیک با غلظت 1/0 میلی‏مولار در لیتر با روش Real Time PCR در مراحل رشدی گیاهچه­ای، پیش­گلدهی و گلدهی مورد بررسی قرار گرفت. اختلاف سطوح بیان ژن با روش دانکن در سطح 05/0P≤ مقایسه و آنالیز­ها توسط نرم افزار SAS v9 صورت گرفت. نتایج نشان دهنده افزایش در میزان بیان ژن و فعالیت آنزیم فنیل‌آلانین‌آمونیالیاز در تیمار هورمون اسید جاسمونیک در مرحله گلدهی بود. بیان ژن فنیل‌آلانین‌آمونیالیاز بین تیمار هورمون­های اسید جیبرلیک، اسید جاسمونیک و اسید سالیسیلیک و نمونه شاهد در سطح احتمال 5 درصد معنا­دار بود. تیمار اسید جاسمونیک، اسید جیبرلیک و اسید سالیسیلیک باعث افزایش بیان ژن و فعالیت آنزیم فنیل‌آلانین‌آمونیالیاز شد.}, keywords_fa = {فنیل آلانین آمونیالیاز,هورمون,.RT-PCR}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1557.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1557_01faac498678f2643a6586c83ac6be1e.pdf} } @article { author = {Sabouri, Hossein and Mohammad Alegh, Sharifeh and Biabani, Abbas and Dadras, Ahmad Reza and Sabouri, Atefeh and Katouzi, Mahnaz and Najjar Ajam, Mahboubeh and Pirasteh, Mahem and Khatmi Nejad, Rasoul}, title = {Identification of Quantitative Trait Loci Related to Germination Characterize in (Oryza sativa L.) Iranian Recombinant Inbred Lines of Rice under Different Osmotic Stresses}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {8}, pages = {31-45}, year = {2015}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {Osmotic stress (such as drought stress) is a serious limiting factor to rice production and yield stability in worldwide. In order to locate the QTL associated with tolerance to osmotic stresses in germination stage and determine the contribution of each QTL on the phenotypic variation caused 96 lines of F8 Anbarboo × Sepeedrud (tolerant and sensitive to drought stress in germination stage, respectively) an experiment was conducted at Gonbad Kavous university in 2011-2013. For construction of genetic linkage map, 365 SSR marker and 32 primer combination were evaluated. 136 polymorphic SSR markers and 21 primer combination were used for providing of linkage map. Germination components including root length, shoot, coleoptile and the percentage of seed germination was recorded for 100 seed of each line in the osmotic stress resulting from sucrose, sorbitol and mannitol. For root length in all three stress conditions was found a QTL on chromosome 4 that had positive effect in all cases. Among the identified QTL, qSUC-5 (QTL for coleoptile length under sucrose stress) on chromosome 5, qSUR-2 (QTL for radicle length under sucrose stress) on chromosome 2 and qSUR-4 (QTL for radicle length under sucrose stress) on chromosome 4, respectively, 23, 23 and 26% of phenotypic variation for coleoptile and root length were justified in terms of osmotic stress. This QTL explained that due to the high percentage of candidates for marker-assisted selection programs recombinant line population of Iranian rice.}, keywords = {Rice (Oryza sativa L.),germination,Mapping,Osmotic stress}, title_fa = {شناسایی مکان‌های ژنی کنترل کننده مؤلفه های جوانه زنی در جمعیت لاین‌های نوترکیب برنج ایرانی (.Oryza sativa L) تحت شرایط مختلف تنش اسمتیک}, abstract_fa = {تنش­های اسمتیک از جمله خشکی در برنج یکی از جدی­ترین عامل­های تولید و پایداری عملکرد در جهان می­باشد. به منظور مکان­یابی QTLهای مرتبط با تحمل به تنش­های اسمتیک در مرحله جوانه­زنی و تعیین سهم هر QTL در تنوع فنوتیپی صفات 96 لاین نسل هشتم تلاقی ارقام عنبربو × سپیدرود ( به ترتیب متحمل  و حساس به تنش خشکی در مرحله جوانه­زنی) در دانشگاه گنبد کاووس طی سال­های 92-1390 مورد مطالعه قرار گرفتند. برای تشکیل نقشه پیوستگی، چند شکلی 365 جفت آغازگر SSR و 35 ترکیب پرایمری AFLP روی والدین مورد بررسی قرار گرفت. از 136 نشانگر SSR و 21 ترکیب پرایمری چند شکل برای تهیه نقشه پیوستگی استفاده شد. مؤلفه­های جوانه­زنی شامل طول ریشه­چه، ساقه­چه، کلئوپتیل و درصد جوانه­زنی روی 100 بذر هر لاین در شرایط تنش اسمتیک 5 بار حاصل از ساکارز، سوربیتول و مانیتول ثبت شد. برای طول ریشه­چه در هر سه شرایط تنش روی کروموزوم 4، QTLهایی یافت شد که اثر افزایشی آن در همه موارد مثبت بود. از بین QTLهای شناسایی شده qSUC-5 (طول کلئوپتیل در تنش حاصل از ساکارز) روی کروموزوم 5، qSUR-2 (طول ریشه­چه در تنش حاصل از ساکارز) روی کروموزوم 2 و qSUR-4 (طول ریشه­چه در تنش حاصل از ساکارز) روی کروموزوم 4 به ترتیب 23، 23 و 26 درصد تغییرات فنوتیپی طول کلئوپتیل و طول ریشه­چه را در شرایط تنش اسمتیک توجیه نمودند. این QTLها به دلیل بالا بودن درصد توجیه پس از تعیین اعتبار، کاندید مناسبی برای برنامه­های انتخاب به کمک نشانگر در جمعیت لاین­های نوترکیب برنج ایرانی می­باشند.}, keywords_fa = {برنج (Oryza sativa. L),جوانه‌زنی,مکان‌یابی,تنش اسمتیک}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1558.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1558_0b7c77e8bdcfbfe68434f644abead4ea.pdf} } @article { author = {Boosh, Ali and Moeini, Ahmad and Dehghani, Hamid and Movahedi, Zahra}, title = {Design, fabrication and the use of temporary immersion system for micropropagation in Damask rose (Rosa damascena Mill.)}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {8}, pages = {47-55}, year = {2015}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {The plant bioreactors can be used for in vitro plant propagation and leading to a decrease in the costs of micropropagation. In this research, a simple bioreactor including a temporary immersion system was designed and made for Damask rose micropropagation. To optimize this system, the effects of the tube type, container size and different substrates were investigated in the independent experiments. Also, the temporary immersion system was compared with the solid and liquid media. Results showed that the highest number of the shoots in the temporary immersion system were obtained by the use of the white tube (11 shoots per explant), 600 ml glass container (10.36 shoots per explant) and without any substrate (10.76 shoots per explant). Also, temporary immersion system was significantly better than the solid and liquid media for shoot production (10.66, 2.56 and 5.66, respectively).}, keywords = {Damask rose,Bioreactor,Micropropagation,Shoot Regeneration}, title_fa = {طراحی، ساخت و استفاده از سیستم غرقاب موقت برای ریزازدیادی .Rosa damascena Mill}, abstract_fa = {بیورآکتورهای گیاهی می‌توانند هزینه‌های ریزازدیادی را کاهش داده و روش تکثیر را از نظر اقتصادی توجیه‌پذیر کنند. در این پژوهش برای ریزازدیادی گیاه گل محمدی، بیوراکتوری از نوع سیستم غرقاب موقتی، طراحی و ساخته شد و به منظور بهینه‌سازی این سیستم، آزمایش‌هایی جهت بررسی انواع شیلنگ مورد استفاده در سیستم، اندازه ظروف و بسترهای مختلف داخل ظروف انجام شدند. همچنین، سیستم غرقاب موقتی با محیط‌های کشت جامد و مایع دارای پل کاغذی مقایسه شدند. بطورکلی نتایج نشان داد که سیستم غرقاب موقتی با شیلنگ سفید سیلیکونی با میانگین تولید 11 نوساقه در هر ریزنمونه، بیشترین تعداد نوساقه را تولید کرده است. همچنین سیستم غرقاب موقتی با بطری شیشه‌ای ml 600، بیشترین تعداد نوساقه در هر ریزنمونه را در مقایسه با سایر تیمارها داشت (36/10 نوساقه). نتایجآزمایش دیگری نشان داد که سیستم غرقاب موقتی بدون بستر با میانگین تولید 76/10 بهترین پاسخ را داشته است. سیستم غرقاب موقت همچنین  به طور معنی داری تعداد نوساقه بیشتری در هر ریزنمونه را در مقایسه با محیط های کشت جامد و مایع تولید کرد (به ترتیب 66/10 ،56/2 و 66/5 نوساقه).}, keywords_fa = {گیاه گل محمدی,بیوراکتور,نوساقه‌زایی,ریزازدیادی}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1559.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1559_04b84e2181c05dc9ac3618a9b544285b.pdf} } @article { author = {Ebrahimi, Mohammad Ali and Mir, Motahareh and Zinalabedini, Mehrshad and Imani, Ali}, title = {Application of microsatellite markers and some morphological traits in core collection identification of Prunus dulcis Mill.}, journal = {Crop Biotechnology}, volume = {4}, number = {8}, pages = {57-75}, year = {2015}, publisher = {Payame Noor University}, issn = {2252-0783}, eissn = {2322-4819}, doi = {}, abstract = {A core collection consists of a set of accessions selected to represent the genetic diversity of a base collection. This strategy was introduced with the intention of minimizing the cost of genetic resource conservation, while ensuring maximum genetic variation. It also allows a rapid evaluation of germplasm, and a better access to the base collection.In this study, One hundred and thirty-nine accessions of almond with diverse origins were used for evaluation of genetic diversity and core collection establishment using 32 simple sequence repeat loci and some quantitative and qualitative traits. A total of 252 alleles were detected, which average allelic richness was 7.75 alleles per locus. The model-based structure analysis here revealed the presence of five subpopulations in the base set, which was approximatelyconsistent with clustering based on the genetic distance. Using a heuristic approach, a core set of 112 and 20 accessions was successfully developed using molecular and morphological traits respectively which showed 100% coverage of alleles with minimum redundancy. The results from molecular analyses did not correspond to morphological traits, hence to establish of core collection we have to study both morphological and molecular markers, simoltaneously. These results will provide an effective aid for future allele mining, association genetics, mapping and cloning gene(s), germplasm conservation, and promotion in breeding programs at future.}, keywords = {Almond,Labeled- SSR marker,Core collection}, title_fa = {کاربرد نشانگرهای ریزماهواره و برخی از صفات مورفولوژیک در شناسایی کلکسیون‌های هسته .Prunus dulcis Mill}, abstract_fa = {کلکسیون هسته مجموعه‌ای از نمونه‌های گزینش شده است که معرف تنوع ژنتیکی موجود در کلکسیون پایه می باشد. این استراتژی به منظور به حداقل رساندن هزینه حفاظت از ذخائر ژنتیکی با حفظ حداکثری تنوع ژنتیکی معرفی شده است. در این روش امکان ارزیابی سریع ژرم پلاسم و دسترسی آسانتر به کلکسیون پایه فراهم می شود. در این تحقیق، به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی و تشکیل کلکسیون هسته، 139 نمونه Prunus dulcisMill. با منشأ متفاوت به کمک 32 نشانگر ریزماهواره و برخی از صفات کمی و کیفی، مورد بررسی قرار گرفتند. در ارزیابی های مولکولی تعداد 252 آلل مشاهده شد که میانگین تعداد آلل در هر مکان ژنی 75/7 بود. در آنالیز ساختار مبتنی بر مدل، پنج زیر جمعیت در کلکسیون پایه شناسایی شد که تا حدودی با نتایج تجزیه خوشه‌ای مبتنی بر فاصله ژنتیکی منطبق بود. با استفاده از روش اکتشافی، به ترتیب کلکسیون هسته‌ای متشکل از 20 و 112 نمونه با استفاده از نشانگرهای مولکولی و مورفولوژیک شناسایی شد که پوشش 100% داشته و کم‌ترین نمونه تکراری را دربرداشت. نتایج به دست آمده برای صفات مورفولوژیک و نشانگرهای مولکولی با یکدیگر تطابق نداشت، از این‌رو برای تاسیس کلکسیون هسته باید هر دو نشانگر مطالعه شوند. نتایج این تحقیق می تواند کمک شایانی به کشف  آلل ها، ژنتیک ارتباطی، نقشه یابی و همسانه سازی ژن‌ها، حفاظت از ژرم پلاسم و پیشرفت در برنامه‌های اصلاحی آینده بنماید.}, keywords_fa = {بادام,نشانگر SSR,کلکسیون هسته}, url = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1560.html}, eprint = {https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1560_556265a374592debbccc9220996f83d4.pdf} }