دانشگاه پیام نورفصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی2252-078382320181023Bioinformatics analysis of MADS-box in Brachypodium distachyonآنالیز بیوانفورماتیکی فاکتور رونویسی MADS-box در گیاه Brachypodium distachyon115490110.30473/cb.2018.4901FAزهراحاجی براتدانشجوی دکتری، گروه زیستفناوری گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوریزیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران0000-0003-4458-6472عباسسعیدیاستاد گروه زیستفناوری گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوریزیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران0000-0001-6721-5389زهرهحاجی براتدانشجوی دکتری، گروه زیستفناوری گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوریزیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران0000-0002-9686-7244Journal Article20180310Flower initiation is an important factor influencing plant yield. Environmental factors significantly affect flowering initiation. Bioinformatic analysis was performed on MADS-box transcription factors which are considered as important components in the flower formation. Brachpodium is a new experimental model which used to understand the genetic, cellular mechanism and molecular biology of plants. In this study, 43 sequences of Brachypodium MADS-box genes were analyzed using phylogeny relationships, conserved motifs, chromosomal location, detection of transcription factor binding sites, and amino acid composition. The aim of this study was to better identify molecular mechanisms related to flowering. In this study, results showed that MADS-box genes distribute on all Brachypodium chromosomes, while gene clusters were located on all chromosomes except chromosome five. Analysis of the amino acid composition revealed that lucine, serine, and glutamate, with the highest amount, and tryptophan, with the least amount, elicit appreciable flowering. Based on the phylogeny analysis the genes were divided to four clusters. Tajima test indicated the presence of balancing selection in MADS-box sequences and as a result polymorphism is conserved in the sequences. Thus, the total diversity in MADS-box genes were high. Overall, our results provided useful information for the survey of flowering response genes, thereby detection of molecular mechanism and intergenic relationships facilitate flowering pathway.آغاز گلدهی فاکتور مهمی است که عملکرد گیاه را تحت تأثیر قرار میدهد. عوامل محیطی تأثیر معنیداری بر مرحله گلدهی میگذارند. آنالیز بیوانفورماتیک فاکتور رونویسی MADS-box که به عنوان اجزای مهم در تشکیل گلدهی انجام گرفت. برکپودیوم گیاه مدل جدیدی است که برای درک بهتر مکانیسمهای ژنتیکی، سلولی و بیولوژی مولکولی گیاهان مورد استفاده قرار میگیرد. در این مطالعه 43 توالی ژنهای MADS-box برکپودیوم با استفاده از روابط فیلوژنی، موتیفهای محافظتشده، نقشه کروموزومی، آنالیز جایگاه اتصال فاکتور رونویسی و ترکیبات آمینواسیدهای آنالیز شدند. هدف از این مطالعه شناخت بهتر مکانیسمهای مولکولی مرتبط با گلدهی میباشد. در این مطالعه، نتایج نشان داد که ژنهایMADS-box بر روی تمامی کروموزومهای برکپودیوم پراکنده هستند، درحالیکه کلاسترهای ژنی بر روی تمامی کروموزمها به جز کروموزم شماره پنج قرار داشتند. آنالیز ترکیبات آمینواسیدی نشان داد که لوسین، سرین و گلوتامات بالاترین مقدار و پایینترین میزان مربوط به تریپتوفان بود که باعث القای گلدهی میشود. براساس آنالیز فیلوژنی ژنها به 4 گروه تقسیم بندی شدند. تست تاجیما وجود انتخاب متعادل را در توالی MADS-box پیشبینی میکند و درنتیجه، پلیمورفیسم در توالیها حفظ میشود. در نتیجه میتوان گفت که تنوع کل در ژنهای MADS-box بالا بودهاست. در مجموع، نتایج ما اطلاعات مفیدی برای بررسی ژنهای درگیر در پاسخ به گلدهی فراهم نموده و شناخت مکانیسم مولکولی و روابط بین ژنی در مسیر گلدهی را تسهیل ساختهاست.https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_4901_61ecbc072c52704f80ed63e16783af46.pdfدانشگاه پیام نورفصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی2252-078382320181023Study of regulatory elements in promoter regions of co-expressed genes in tomato when facing low temperaturesبررسی نواحی تنظیمی در پروموتور ژنهای هم بیان تحت شرایط تنش دمای پایین در گوجهفرنگی1726510810.30473/cb.2018.5108FAپرویزحیدریاستادیار گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشگاه صنعتی شاهرود، ایرانتوماسنوسباومرمحقق دوره پسا دکترا مؤسسه INET، مونیخ، آلمانJournal Article20180207Next-generation sequencing (NGS) techniques such as RNA-Seq can provide expression information per gene and can be used to construct co-expression networks. These networks can produce valuable information to understand plant responses when facing environmental changes. In this study, a complete profile of tomato gene expressions under low temperature treatment was analyzed by “Weighted Gene Co-expression Network Analysis”. The clustering results allowed to group 20,267 genes into eight modules. The results of Gene ontology (GO) term analysis highlighted different functions between co-expression groups in terms of biological process and molecular function. Accordingly, the first module overrepresented to heat shock proteins (HSPs). Protein kinases and proteins involved in post-translational modification were in the second and third modules, respectively. The promoter of genes in fifth module was screened according to the different expression patterns in the tomato genotypes. The cis-elements such as ACGTG and TTGAC were observed in promoter site of all genes. The transcription factor families of AP2 / ERF and ZF-HD have the highest binding status in promoter of genes of the fifth module. The results present the key cis-regulatory elements that effect on co-expressed genes network and involve in anti-oxidant process under cold stress.روشهای نسل نوین توالییابی همچون RNA-Seq توانایی ارائه حجم بالایی از اطلاعات در زمینه رونوشت ژنها را دارند. بازسازی شبکه ژنهای همبیان بر اساس اطلاعات حاصل از دادههای RNA-seq اطلاعات ارزشمندی جهت درک سیستم پاسخی گیاهان به تغییرات محیطی را ارائه میدهد. لذا در این تحقیق پروفایل کامل بیانی ژنهای گوجه فرنگی تحت تیمار دمای پایین با استفاده از روش شبکههای هم بیان وزندار مورد آنالیز قرار گرفت. نتایج کلاسترهای هم بیان نشان داد که 20267ژن نرمال شده در هشت ماژول معنادار قرار میگیرند. نتایج آنالیز عبارات GO نشان داد که بین گروههای هم بیان عملکردهای متفاوتی بر حسب فرایندهای بیولوژی و عملکرد مولکولی وجود دارد. بر این اساس ماژول اول به پروتئینهای شوک دمایی (HSPs) اختصاص یافت. پروتئین کینازها و پروتئینهای درگیر در تغییرات پس از ترجمه بهترتیب در ماژول دوم و سوم قرار گرفتند. پروموتور ژنهای ماژول پنج با توجه به الگوی بیان متفاوت در ژنوتیپها مورد بررسی قرار گرفت. عناصر سیس ACGTG و TTGACدر پروموتور همه ژنها مشاهده شدند. عوامل رونویسی خانواده AP2/ERF و ZF-HD دارای بیشترین جایگاه اتصال در پروموتور ژنهای ماژول پنج بودند. نتایج حاصل توانست عناصر تنظیمی کلیدی که در تنظیم بیان یک شبکه ژنی تحت تنش سرما و فرایندهای آنتیاکسیدانتی درگیر بودند، را معرفی نماید.https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_5108_88e6dd7f8c159ddb2d1ab536df060d40.pdfدانشگاه پیام نورفصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی2252-078382320181023Gene Expression Patterns of some Transcription Factors (MYB and WRKY) under Salt Stress in the seedling stage of Alfalfa using qPCRبررسی الگوی بیان ژنهای عوامل رونویسی (MYB و WRKY) تحت تنش شوری در مرحله گیاهچهای یونجه زراعی با استفاده از PCR در زمان واقعی2741511010.30473/cb.2018.5110FAاحمدعلیشوشی دزفولیاستادیار پژوهش بخش تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی صفی آباد، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، دزفول، ایران.احمدکلانتر احمدیاستادیار پژوهش بخش تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی صفی آباد، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، دزفول، ایران.Journal Article20171228Salinity is one the major problems for production and increasing the area under cultivation around the world and Iran. Understanding of defense mechanisms and genes involved could improve tolerance to different stresses in crops by using some methods such as genetic manipulation. Regulation in the gene transcription phase is one the most methods to control stress in plants. Transcription factors thought binding with transcription elements in DNA promoters regulate genes expression which plays a key role in tolerance to salinity stress in plants. An experiment was conducted to evaluate four genes expression of transcription factors of MYB (MYB14 and MYB112) and WRKY (WRKY53 and WRKY70) in leaf and root tissue of Yazdi genotype (tolerant genotype to salinity) and Diabloverde (sensitive genotype to salinity) under salinity stress. The selection of these genes was based on the statistical analysis of the microarray data that was related to a study on the effect of salinity stress on Medicago truncatula. Short-term salinity stress caused a significant variation in the expression of these genes in leaf and root tissues of Yazdi and Diabloverde genotypes. Real-Time PCR analysis revealed that higher expression of transcription factors (MYB112 and MYB14) associated with more tolerance to salinity stress. This finding could be assisted plant breeders to apply these transcriptional factors to choose tolerant genotypes to salinity in alfalfa.یکی از عمدهترین مشکلات در تولید و گسترش سطح کشت یونجه در جهان و از جمله ایران، شوری است. در گیاهان شناخت کامل مکانیسمهای تحمل و ژنهای درگیر در شرایط تنش میتواند باعث بهبود تحمل تنشهای مختلف در گیاهان زراعی با استفاده از روشهایی چون دستکاری ژنتیکی شود. یکی از مهمترین روشهای کنترل تنش در گیاهان، تنظیم در مرحله رونویسی ژنهاست. عوامل رونویسی از طریق اتصال به عناصر رونویسی در پروموتور DNA میزان بیان بسیاری از ژنها را تنظیم میکنند و بنابراین اهمیت بسزایی در تحمل تنش شوری در گیاهان دارا میباشند. در این پژوهش میزان بیان 4 ژن از عوامل رونویسی MYB (MYB112 و MYB14) و WRKY (WRKY53 و WRKY70) تحت تنش شوری در بافت برگ و ریشه ژنوتیپ یزدی (به عنوان ژنوتیپ متحمل شوری) و ژنوتیپ دیابلورده (به عنوان ژنوتیپ حساس شوری) مورد مطالعه قرار گرفت. انتخاب ژنهای مذکور بر اساس تجزیه آماری دادههای ریزآرایه یک مطالعه مربوط به تأثیر تنش شوری بر گیاه یونجه یکساله (Medicago truncatula) بود. تنش شوری کوتاه مدت باعث ایچاد تنوع قابل ملاحظه در بیان ژنهای مذکور در بافت برگ و ریشه دو ژنوتیپ یزدی و دیابلورده گردید. با کمک آنالیز qRT-PCR (PCR در زمان واقعی) مشخص شد که بیان بالاتر فاکتورهای رونویسی MYB112 و MYB14 تحمل بیشتر به تنش شوری را بههمراه داشته است. این یافته میتواند بهنژادگران نبات را برای استفاده از این عوامل رونویسی جهت انتخاب ژنوتیپهای متحمل به نمک در یونجههای زراعی یاری نماید.https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_5110_425d5c40da45e4de498fd279d7db253e.pdfدانشگاه پیام نورفصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی2252-078382320181023Development of EST-SSR Microsattelite Markers Related to Drought Tolerance in Lentile (lens culinaris)توسعه نشانگرهای ریزماهواره EST-SSR مرتبط با تحمل به تنش خشکی در عدس (Lens culinaris)4357511410.30473/cb.2018.5114FAسیده زهراحسینیدانشجوی دکتری گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران.احمداسماعیلیدانشیار گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران.0000-0001-8718-3943فرهادنظریان فیروز آبادیاستاد گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران.0000-0001-5385-5131حسینفلاحیاستادیار گروه زیستشناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران.عبدالحسینرضایی نژاددانشیار گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران.Journal Article20180609Lentil (Lens culinaris) is one of the important grain legumes in feeding (as protein-reach food) and industry (such as biopolymer industry) and the problem of lower yield of this plant in Iran rather than average global yield is affected by exposure of plant to environmental stresses especially drought. Identification of molecular markers that closely linked to drought resistant genes help to implementation of breeding programs aimed at the production of drought tolerant plants. The gol of this study was identification of EST-SSR markers which closely linked to the genes involved in drought resistance and use of these information in identification of drought resistant genotypes in breeding programs. PEG was used for stress treatment, and after conduction of treatments, leaf samples were collected. Total RNA was extracted and cDNA libraries were sequenced. Results showed that 10546 (16%) of uni-genes contained at least one EST-SSR and about 27.5% of these sequences were annotated. Among different SSR motif-classes, tri-nucleotide repeats (46.03%) were the most abundant followed by mono-nucleotide repeats (37.25%) and di-nucleotide repeats (15.18%). The results of the functional annotation of these sequences, showed that the highest number of EST-SSRs were belonged to subgroups of binding (872), catalytic activity (806), metabolic processes (755), and cell components (651), respectively.The results showed that genes associated with these markers, involved in important biological functions and are an appropriate tool for study the genes involved in tolerance to stresses including drought stress.عدس یکی از لگومهای دانهای مهم از نظر غذایی (به عنوان منبع غنی از پروتئین) و صنعتی (مثل صنعت بیوپلیمر) است و عملکرد پایین این گیاه در ایران نسبت به متوسط جهانی متأثر از تنشهای محیطی بهویژه خشکی است. شناسایی نشانگرهای مولکولی مرتبط با ژنهای دخیل در مقاومت به خشکی در ژنوم گیاه میتواند بهنژادگران را در انجام برنامههای اصلاحی گیاهان مقاوم به خشکی کمک نماید. در این مطالعه هدف شناسایی نشانگرهای EST-SSR پیوسته با ژنهای پاسخدهنده به تنش خشکی بود که امید میرود که از این اطلاعات به منظور شناسایی ژنوتیپهای مقاوم به خشکی در برنامههای بهنژادی بهره برد. جهت اعمال تنش از پلیاتیلنگلیکول استفاده شد و پس از پایان تنش نمونهگیری از بافت برگ انجام شد. سپس RNA کل استخراج و کتابخانههای cDNA مورد توالییابی قرار گرفت. نتایج نشان داد که تعداد 10547 (16 درصد) از یونیژنها حداقل یک توالیEST-SSR را دارا بودند و حدود 5/27 درصد از این یونیژنها مستندسازی و در نهایت برای آنها رابطه هستیشناسی تعیین شد. بیشترین نشانگرها به ترتیب مربوط به تکرارهای 1، 3 و 2 نوکلئوتیدی (با فراوانی 03/46، 25/37 و18/15 درصد) بودند. نتایج مستند سازی کارکردی این یونیژنها نشان داد که بیشترین تعداد EST-SSRها به ترتیب به زیر گروه اتصال با 872، زیرگروه فعالیت کاتالیتیکی با 806، فرآیند متابولیکی با 755 و بخشهای سلول با 651 یونیژن اختصاص داشت. نتایج نشان داد که ژنهای دارای این نشانگرها در اعمال حیاتی مهمی دخیل هستند و ابزار مناسبی برای مطالعۀ ژنهای دخیل در تحمل به تنشها از جمله تنش خشکی هستند.https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_5114_912f55cceed6f121af6726245fd3ae1b.pdfدانشگاه پیام نورفصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی2252-078382320181023Identification of genetic diversity between common Sistan wheat cultivars based on resistance genes to rust diseases by microsatellite markerشناسایی تنوع ارقام گندم سیستان از لحاظ ژن های مقاومت به عوامل بیماری های زنگ گندم با نشانگر ریز ماهواره5758512810.30473/cb.2018.5128FAملیحهشهرکیدانشجوی گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی دانشگاه زابلعباسعلیامام جمعهاستادیار گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی دانشگاه زابلبراتعلیفاخریاستاد گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی دانشگاه زابلبهمنفاضلی نسبمربی، گروه پژوهشی زراعت و اصلاح نباتات، پژوهشکده کشاورزی، پژوهشگاه دانشگاه زابلJournal Article20180124To evaluate genetic diversity between Sistan common wheat cultivars, it was used 10 SSRs primers associated to stem, leaf and yellow rusts resistance genes. The lowest (3) and highest (7) allele number were generated by 12C, SCS719 and Xgdm116 primers and Xgwm443 primer, respectively (4.55 allele per each primer). The highest genetic diversity (0.39) and MI (2.29) was related to Xgdm116 and Xgwm533 primers, respectively; also, the lowest genetic diversity (0.1) and MI (0.33) was related to Xcfd36 primer. Xgdm36 primer showed the highest Ne, Shannon diversity and Nei diversity (1.45, 0.63 and 0.44, respectively); on the other hand, Xcfd36 primer the lowest Ne, Shannon diversity and Nei diversity (1.18, 0.19 and 0.11, respectively). The highest polymorphic bands between wheat cultivars were related to Arg. Arg and Aflak showed the least diversity for resistance to yellow rust and leaf rust, respectively. Also, Arg had the highest diversity for three types of rusts. The Xgdm116, Xwmc810 and SCS719 primers had more effect on identification of wheat cultivars. Finally, Arg cultivar can be recommended as a donor parent in wheat breeding programs for rust resistance. To gain the highest heterosis, it can be suggested hybridization between Arg and Hirmand cultivars.در این پژوهش جهت بررسی تنوع ژنتیکی ارقام رایج گندم سیستان برای مقاومت به بیماری زنگ از 10 جفت آغازگر ریزماهوارهای پیوسته به ژنهای مقاومت به بیماری زنگهای زرد، قهوهای و سیاه استفاده شد. آغازگرهای 12C، SCS719 و Xgdm116 با 3 آلل کمترین و آغازگر Xgwm443 با 7 آلل، بیشترین آلل را داشتند. میانگین تعداد آلل در کل جایگاهها برابر 55/4 بود. بیشترین شاخص چندشکلی (39/0) و شاخص نشانگری (29/2) به ترتیب مربوط به آغازگر Xgdm116 و Xgwm533 و کمترین میزان شاخص چندشکلی (1/0) و شاخص نشانگری (33/0) مربوط به آغازگر Xcfd36 بود. بیشترین تعداد آلل مؤثر، شاخص تنوع شانن و شاخص تنوع نی به ترتیب 45/1، 63/0، 44/0 متعلق به آغازگر Xgdm116 و کمترین میزان آلل مؤثر، شاخص تنوع شانن و شاخص تنوع نی به ترتیب 18/1، 19/0، 11/0 متعلق به آغازگر Xcfd36 بود. در بین ارقام گندم بیشترین درصد مکان چندشکلی، تعداد آلل مؤثر، شاخص تنوع نی و شاخص تنوع شانن به ترتیب 53/39، 27/1، 16/0 و 23/0 متعلق به رقم ارگ بود. تغییرات درون و بین ارقام با استفاده از تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که 55 درصد کل تغییرات ژنتیکی درون ارقام وجود دارد. بیشترین و متنوعترین ژنهای مقاومت به زنگ از لحاظ مقاومت به بیماری زنگ زرد و قهوهای به ترتیب، در رقم ارگ و رقم افلاک و نسبت به هر سه زنگ در رقم ارگ بود. آغازگرهای Xgdm116، Xwmc810 و SCS719 مؤثرترین آغازگرها در شناسایی و جداسازی ارقام مقاوم و حساس بودند. با توجه به اینکه رقم ارگ دارای بیشترین و متنوعترین ژنهای مقاومت بوده لذا پیشنهاد میگردد بهعنوان یکی از پایههای پدری یا مادری در برنامههای اصلاحی مورد استفاده قرار گیرد.https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_5128_f879da66fd10bbfa42573dcefcc40496.pdfدانشگاه پیام نورفصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی2252-078382320181023Isolation Phosphoglycerate Dehydrogenase gene from Aeluropus littoralis halophyte plant and functional analysis of T-DNA mutant in Arabidopsis thalianaجداسازی ژن Phosphoglycerate Dehydrogenase از گیاه هالوفیت Aeluropus littoralis و بررسی عملکرد جهش یافته T-DNA آن در گیاه مدل Arabidopsis thaliana7992515110.30473/cb.2018.5151FAسید حمیدرضاهاشمی پطرودیاستادیار گروه مهندسی ژنتیک و بیولوژی، پژوهشکده ژنتیک و زیستفناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری0000-0002-0870-1691حمیدرضاقربانیدکتری اصلاحنباتات، دانشگاه گیلان، گیلان0000-0003-0642-0869مارکوسکولمنگروه ژنتیک مولکولی، موسسه ژنتیک گیاهی و تحقیقات گیاهان زراعی لیبنیز (IPK)، آلمانJournal Article20180421Bioinformatic analysis plays an important role in the study of genes and the prediction of their function in response to stresses. Halophyte Aeluropus littoralis, a valuable genetic resource for identifying genes involved in plant tolerance to abiotic stresses. In this study, Phosphoglycerate Dehydrogenase (PGDH) gene as the first important enzyme in the synthesis of serine, was Isolated based on EST sequence from plant Aeluropus littoralis in salinity using by the RLM-RACE method. By overlapping the 3’ and EST sequences, a 1506 bp fragment including the ORF region (1268 nucleotides) and 3’UTR region (238 nucleotides) were obtained. The phylogenetic analysis of AlPGDH was done with other ortholog genes in different plants and its homologs were identified. Based on phylogram, the high degree of homology was observed between AlPGDH gene and other homologous genes from monocot cereals such as sorghum, foxtail millet and rice. The AtPGDH co-expression network analysis showed the important role of the PGDH gene in biosynthetic pathways, including amino acid synthesis, secondary metabolites synthesis and the pathway of glycine, serine and threonine metabolism, and its expression analysis indicated that the expression was increased in different stresses. The Phenotyping of the Arabidopsis knockout mutants for PGDH gene in NaCl and PEG stress condition indicated that the growth characteristics were significantly reduced in compared to the control plant, which could be confirmed the role of this gene in the response to salt and drought stress. The findings of this study reveal the functional characteristics of AlPGDH gene, phenotypic changes in AtPGDH mutant plants in exposure to salt and drought stress, and its possible role in increasing plant tolerance to stress.تحلیل دادههای زیستی نقش مهمی در بررسی ژنها در پاسخ به تنشها دارد. هالوفیت Aeluropus littoralis، منبع ژنتیکی ارزشمندی در شناسایی ژنهای دخیل در تحمل گیاه به تنشها میباشد. در مطالعه حاضر، ژن فسفوگلیسرات دهیدروژناز (PGDH) به عنوان اولین آنزیم مؤثر در تولید سرین، بر اساس توالی EST ثبت شده از گیاه آلوروپوس در شرایط تنش شوری و با استفاده از روش RLM-RACE جداسازی شد. با همپوشانی توالی ناحیه َ3 و EST، قطعهای به طول bp 1506 شامل ناحیه ORF به طول 1268 و ناحیه 3UTR به طول 238 نوکلئوتید بدست آمد. بررسی فیلوژنتیکی AlPGDH با دیگر ژنهای اورتولوگ در گیاهان مختلف انجام و همولوگهای ژن PGDH شناسایی شد. درخت فیلوژنتیکی بیانگر قرابت بالای ژن AlPGDH با گیاهان تکلپه و خانواده غلات مانند سورگوم، ارزن دمروباهی و برنج بود. بررسی شبکه همبیانی ژن AtPGDH، بیانگر نقش مؤثر ژن PGDH در مسیرهای بیوسنتزی از جمله تولید آمینو اسیدها، تولید متابولیتهای ثانویه و مسیر متابولیسم گلایسین، سرین و ترئونین بوده و آنالیز بیانی اینسیلیکو آن نیز حاکی از افزایش بیان ژن AtPGDH در تنشهای مختلف میباشد. بررسی فنوتیپی جهشیافته خاموش شده (آرابیدوپسیس) این ژن در تنشهای کلرید سدیم و PEG حاکی از کاهش شدید خصوصیات رشدی گیاهان جهشیافته نسبت به کنترل بود که میتواند تأییدی بر نقش ژن در تنظیمات پاسخ به تنشهای شوری و خشکی باشد. یافتههای این تحقیق، خصوصیات عملکردی ژن PGDH، تغییرات فنوتیپی گیاهان جهشیافته pgdh در مواجهه با تنش شوری و خشکی و نقش احتمالی آن را در افزایش تحمل گیاه به تنشها ارائه مینماید.https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_5151_d8e31db23c07be27901612f4e48cd08f.pdf