انگشت نگاری تعدادی از ژنوتیپ های برنج با استفاده از نشانگر های مولکولیAFLP

نوع مقاله: علمی پژوهشی

نویسندگان

1 دانش‌آموخته کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه پیام نور، تهران

2 استاد پژوهشکده ژنتیک و زیست‌فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

3 استادیار گروه بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه پیام نور، تهران، ایران

4 دانشجوی دکترای پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

چکیده

برنج غذای عمده و منبع اصلی کربوهیدرات برای بیش از یک سوم از جمعیت جهان است. این گیاه همچنین جزء غذاهای اصلی مردم ایران محسوب می­شود. در این پژوهش به‌منظور ارزیابی و انگشت­نگاری تعدادی ژرم­پلاسم برنج کشور که شامل 28 رقم محلی و 19 رقم خارجی بوده است، از نشانگرهای مولکولی AFLP استفاده گردید. با استفاده از 10 ترکیب آغازگر، تعداد 675 نوار (باند) به‌دست آمد که تعداد 429 نوار ­(5/63%) چندشکلی نشان دادند. از بین آغازگرهای مورد استفاده، ترکیب آغازگر، E-TTG و M-CAT با 107 نوار بیشترین تعداد نوار و ترکیب آغازگر، E-AGG  و M-CTG با 34 نوار کمترین تعداد نوار را تولید نمودند. مقدار متوسط محتوای اطلاعات چند­شکل (PIC) نیز در این تحقیق 34/0 برآورد گردید. بهترین ترکیب آغازگرها برای تفکیک بهتر نمونه­های برنج نیز E-TTG و  M-CAT با شاخص نشانگر 1/24 تشخیص داده شد. میانگین شباهت ژنتیکی بر پایه ضریب Nei، 67/0 تخمین زده شد (97/0­40/0). دندروگرام به‌دست‌آمده با استفاده از روش UPGMA، سه گروه اصلی را بین ارقام مورد بررسی مشخص نمود که با نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل PCA نیز هم‌خوانی داشت. در این تحقیق نشانگر AFLP توانست اثرانگشت منحصر به فردی را برای تمامی ارقام ایجاد کند. با توجه به شناسایی گروه­های هتروتیک، نتایج حاصل از این تحقیق می­تواند در برنامه‌های اصلاحی جهت تولید ارقام هیبرید و امید­بخش استفاده قرار گیرد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

Fingerprinting of Some Rice (Oryza sativa L.) Germplasm via AFLP Markers

نویسندگان [English]

  • Meysam Alizadeh 1
  • Ghorban Ali Nematzadeh 2
  • Mohammad Ali Ebrahimi 3
  • Hamidreza Hashemi 4
1 M.Sc. Agricultural Biotechnology, Payame Noor University, Tehran, Iran
2 Professor, Genetic and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan (GABIT), University of Agriculture Sciences and Natural Resources, Sari, Iran.
3 Assistant Professor, Department of Agriculture Biotechnology, Payame Noor University, Tehran, Iran.
4 Ph. D. student in Plant Breeding, Genetic and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan (GABIT), University of Agriculture Sciences and Natural Resources, Sari, Iran.
چکیده [English]

Rice is the main source of carbohydrates for more than a third of the world's population. It is also a principal food stuff for the Iranian people. In this study, AFLP markers were used to evaluate and fingerprint a number of rice (Oryza sativa L.) genotypes, including 28 Iranian local varieties and 19 exotic varieties. Using 10 primer combinations, 675 bands were obtained  out of which 429 bands (63.5%) showed polymorphism. Among the used primers, E-TTG, M-CAT with107 bands and E-AGG, M-CTG with 34 bands had the highest and the lowest band numbers, respectively. Average polymorphism information content (PIC) was at 0.34. The best primer combination to differentiate rice samples were E-TTG , M-CAT with the marker index of 24.1. The average genetic similarity based on Nei coefficient, was estimated at 0.67 (0.97 to 0.40). The dendrogram obtained by using the UPGMA determined three main groups among the investigated varieties which was in concordance with the PCR analysis results.In conclusion, AFLP markers could provide unique fingerprinting patterns for all the studied varieties. The finding of this study could be used in inbreeding programs to produce hybrid and promising varieties based on the genetic distances and the identification of heterotic groups.

کلیدواژه‌ها [English]

  • rice
  • AFLP marker
  • Genetic Diversity
  • Polymorphism