بیوانفورماتیک
سولماز عزیزی؛ ناصر زارع
چکیده
لیپواکسیژنازها (LOX) دیاکسیژنازهای دارای آهن غیرهم بوده و در مسیر آپوپتوتید (مرگ برنامهریزیشده سلول)، پاسخ گیاهان به تنشهای زیستی و غیرزیستی نقش دارند. در این مطالعه 95 ژن همولوگ LOX در چهار گونه از خانواده بقولات (نخود، سویا، لوبیا و یونجه یکساله) شناسایی شد که این ژنها بر اساس روابط فیلوژنتیکی با آرابیدوپسیس، برنج، ارزن و جو ...
بیشتر
لیپواکسیژنازها (LOX) دیاکسیژنازهای دارای آهن غیرهم بوده و در مسیر آپوپتوتید (مرگ برنامهریزیشده سلول)، پاسخ گیاهان به تنشهای زیستی و غیرزیستی نقش دارند. در این مطالعه 95 ژن همولوگ LOX در چهار گونه از خانواده بقولات (نخود، سویا، لوبیا و یونجه یکساله) شناسایی شد که این ژنها بر اساس روابط فیلوژنتیکی با آرابیدوپسیس، برنج، ارزن و جو به زیرگروههای 9-LOX، 13-LOX تیپ یک و 13-LOX تیپ دو تقسیم میشوند. ژنهای LOX بهصورت غیریکنواخت بر روی کروموزومها پخش شدهاند. آنزیمهای کد شده بهوسیله این ژنها در سیتوپلاسم و کلروپلاست فعال هستند. این ژنها غنی از اینترون دارای ششتا نه اینترون بوده و دارای ساختار ژنی و فاز اینترونی حفاظتشده هستند. ژنهای LOX مورد مطالعه دارای دارای دمینهای حفاظتشده لیپواکسیژناز و PLAT/LH2 هستند. وجود چندین عنصر تنظیمی سیس پاسخ به هورمونها و تنشها نظیر ERE، MYB و MYC در پروموتر ژنهای LOX نشاندهنده نقش این ژنها در نمو گیاه و پاسخ آنها به تنشهای محیطی میباشد. افزون بر این، انواع مولکولهای miRNA شناساییشده بیان پس از رونویسی ژنهای LOX را از طریق برش یا ممانعت از ترجمه تنظیم میکند. آنالیز بیان ژنها بر پایه دادههای ترانسکریپتومیکس نشان داد که الگوی بیان ژنهای LOX سویا در شرایط تنشهای غیرزیستی متفاوت بوده و ژنهای GmLOX4، GmLOX21، GmLOX25، GmLOX5، GmLOX22، GmLOX24، GmLOX14، GmLOX16، GmLOX7 و GmLOX26 بیان بالایی در پاسخ به شوری، خشکی، سرما و گرما دارند که بر نقش آنها در افزایش تحمل سویا به تنشهای غیرزیستی دلالت دارد. این مطالعه اطلاعات ارزشمندی را برای درک بهتر کارکردهای ژنهای LOX و کشفیات بیشتر خانواده ژنی LOX بقولات فراهم میکند.
ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک
پریسا دریانی؛ فاطمه فرزانه پیرآلقر؛ ناصر زارع؛ زهرا سادات شبر؛ رسول اصغری زکریا
چکیده
خانوادهی ژنی WRKY رمزکننده گروه بزرگی از عوامل رونویسی هستند که در تنظیم ژنهای پاسخدهنده به تنشهای زیستی و غیرزیستی دخیل میباشند. برای گردآوری اعضاء این خانواده ژنی در برنج ژاپونیکا (Oryza sativa ssp. Japonica)، جستجوی چندگانه در پایگاههای اطلاعاتی مختلف مرتبط انجام شد. به منظور شناسایی اعضای جدید،tblastn بر اساس توالیهای حفاظتشدهی ...
بیشتر
خانوادهی ژنی WRKY رمزکننده گروه بزرگی از عوامل رونویسی هستند که در تنظیم ژنهای پاسخدهنده به تنشهای زیستی و غیرزیستی دخیل میباشند. برای گردآوری اعضاء این خانواده ژنی در برنج ژاپونیکا (Oryza sativa ssp. Japonica)، جستجوی چندگانه در پایگاههای اطلاعاتی مختلف مرتبط انجام شد. به منظور شناسایی اعضای جدید،tblastn بر اساس توالیهای حفاظتشدهی خانواده ژنیWRKY برنج در پایگاه اطلاعاتی NCBI و جستجو بر اساس مدل مخفی مارکوف صورت گرفت. همردیف سازی توالیهای پروتئینی با استفاده از نرم افزار ClustalW و آنالیز درخت فیلوژنتیکی با استفاده از نرمافزار MEGA10 انجام گردید. براساس نتایج بهدست آمده، 165 عضو از خانوادهی ژنی WRKY در برنج یافت شد که 63 عضو جدید بودند. توالیهای موجود بر مبنای تعداد دمینهای WRKY و ساختار انگشت روی در سه گروه اصلی دستهبندی شدند. بر این اساس 21 پروتئین در گروه I، 53 پروتئین با ساختار انگشت روی Cx7Cx23HxC در گروه III و 82 پروتئین با ساختار انگشت روی Cx4-5Cx22-23HxH در گروه II قرار گرفتند. مکان هر ژن روی کروموزوم مشخص شد. گروههای مختلف خانواده ژنی WRKY بر روی کروموزومهای مختلف برنج توزیع شدهاند. بیشترین تعداد ژن OsWRKY روی کروموزوم یک (32 عضو) قرار داشتند. به دنبال بررسیهای تکمیلی و تعیین ژنهای کاندید امیدبخش دخیل در تحمل به هر یک از تنشها، می توان از آنها در راستای افزایش تحمل به تنشهای مورد نظر و تامین امنیت غذایی با استفاده از راهکارهای مهندسی ژنتیک یا اصلاح مولکولی بهره برد.
کشت بافت و ریزازدیادی
بهزاد احمدی؛ رسول اصغری ذکریا؛ مهران عنایتی شریعت پناهی؛ ناصر زارع؛ پژمان آزادی
دوره 4، شماره 2 ، شهریور 1394، ، صفحه 17-29
چکیده
در این تحقیق، اثر تیمار سرمایی (4 درجه سانتیگراد به مدت 1 الی 5 روز) در ترکیب با شوک گرمایی (30 درجه سانتیگراد به مدت 1 الی 10 روز) و همچنین اثر کلشیسین (25 الی 100 میلیگرم در لیتر به مدت 24 الی 72 ساعت) بر القای تقسیمات اسپوروفیتی و تشکیل جنین در میکروسپورهای کشت شده دو رقم هیبرید گوجه فرنگی (برلینا و پتوپراید) بررسی شد. ساختارهای منتج از کشت ...
بیشتر
در این تحقیق، اثر تیمار سرمایی (4 درجه سانتیگراد به مدت 1 الی 5 روز) در ترکیب با شوک گرمایی (30 درجه سانتیگراد به مدت 1 الی 10 روز) و همچنین اثر کلشیسین (25 الی 100 میلیگرم در لیتر به مدت 24 الی 72 ساعت) بر القای تقسیمات اسپوروفیتی و تشکیل جنین در میکروسپورهای کشت شده دو رقم هیبرید گوجه فرنگی (برلینا و پتوپراید) بررسی شد. ساختارهای منتج از کشت میکروسپور با بیشتر از 10 هسته تنها در رقم برلینا و در کشتهایی مشاهده گردید که به مدت 1 و 2 روز تحت تیمار سرمایی 4 درجه سانتیگراد و سپس به مدت 2 روز در دمای 30 درجه قرار گرفتند. همچنین تیمار سرمایی به مدت 1 یا 2 روز و سپس 2 روز دمای 30 درجه به طور موثری موجب تشکیل ساختارهای میکروسپوری10-9 هستهای در هر دو رقم گردید. میکروسپورهای با بیشتر از 5 هسته در هیچکدام از کشتهایی که به مدت 10 روز تحت تیمار دمایی 30 درجه قرار گرفتند بودند مشاهده نگردید. در رقم برلینا، ساختارهای میکروسپوری10-9 هستهای در تیمار 25 میلی-گرم در لیتر کلشیسین به مدت 48 ساعت رویت شدند در حالیکه در رقم پتوپراید، در هیچکدام از تیمارها میکروسپورهای با بیشتر از 8 هسته تشکیل نگردید. رویانهای کروی تنها در محیط کشت دو لایه و تیمار 4 درجه سانتیگراد به مدت 2 و 5 روز و سپس 2 روز دمای 30 درجه تشکیل شدند. در صورت انتخاب دوره مناسب پیش تیمار گرمایی و سرمایی میتوان رویانزایی را در میکروسپورهای گوجه فرنگی القا نمود.