اصلاح نباتات مولکولی
اشکبوس امینی؛ شیدا قدم خیر؛ ایرج برنوسی
چکیده
این مطالعه به منظور بررسی تنوع و واکنش 40 رقم و لاین پیشرفته گندم به تنش شوری و هم چنین بررسی ارتباط 27 نشانگر ریز ماهواره مرتبط با شوری با صفات مرفو-فیزیولوژیک اندازه گیری شده در دو محیط نرمال و تنش شوری در سال 97-1396 انجام گرفت. نتایج تجزیه واریانس در دو محیط نشان داد بین ژنوتیپهای مورد مطالعه از نظر کلیه صفات، اختلاف معنیداری وجود ...
بیشتر
این مطالعه به منظور بررسی تنوع و واکنش 40 رقم و لاین پیشرفته گندم به تنش شوری و هم چنین بررسی ارتباط 27 نشانگر ریز ماهواره مرتبط با شوری با صفات مرفو-فیزیولوژیک اندازه گیری شده در دو محیط نرمال و تنش شوری در سال 97-1396 انجام گرفت. نتایج تجزیه واریانس در دو محیط نشان داد بین ژنوتیپهای مورد مطالعه از نظر کلیه صفات، اختلاف معنیداری وجود داشت که نشان دهنده تنوع ژنتیکی بین ژنوتیپها بود. همچنین بر پایه نتایج تجزیه واریانس مرکب، اثر محیط برای تمام صفات و اثرمتقابل ژنوتیپ × محیط برای اکثر صفات معنیداری بهدست آمد و مشخص شد که واکنش ژنوتیپهای مورد ارزیابی در برابر تنش شوری متفاوت بود. در هر دو محیط عملکرد دانه و اجزای آن و عملکرد بیولوژیک بیشترین میزان تنوع را به خود اختصاص دادند. تجزیه خوشهای در محیط تنش شوری بر اساس صفاتی که اثرمتقابل ژنوتیپ در محیط آنها معنیدار شده بود ژنوتیپها را در 3 گروه متحمل، نیمه متحمل و حساس تقسیمبندی نمود. مطالعه ساختار جمعیت به عنوان پیشنیازی برای انجام تجزیه ارتباط نشان داد که 2 زیرگروه احتمالی (2=K) در جمعیت مورد مطالعه وجود دارد که نتایج حاصل از رسم بایپلات نیز آن را تأیید کرد. نتایج تجزیه ارتباط از طریق مدل خطی مخلوط (MLM) با استفاده از ماتریس ساختار جمعیت انجام شد. بر اساس نتایج مشاهده شده،29 مکان ارتباط معنیداری با صفات ارزیابی شده در محیط نرمال داشتند در حالیکه در محیط تنش شوری این تعداد به 40 مکان افزایش یافت. وجود نشانگرهای مشترک در میان برخی از صفات بررسی شده مانند ارتباط معنیدار نشانگر S16-1 با 3 صفت در محیط نرمال و با 5 صفت در محیط شوری میتواند ناشی از آثار پلیوتروپی این نشانگرها و احتمالاً پیوستگی مکانهای ژنومی کنترلکننده این صفات باشد. نشانگر S11-4 به عنوان نشانگر مشترک مرتبط با عملکرد بیولوژیک در هر دو شرایط محیطی (نرمال و تنش ) و نشانگرهای S6-3 و S12-1 بهعنوان نشانگرهای مرتبط با عملکرد دانه در شرایط شوری شناخته شدند. در نهایت با توجه به نتایج کسب شده، در صورت تأیید نتایج در سایر زمینههای ژنتیکی میتوان از این نشانگرها در برنامههای اصلاحی بهرهبرداری نمود.
بیوانفورماتیک
هاجر نصراللهی؛ فرشید طلعت؛ ایرج برنوسی؛ مهدی بدری انرجان
دوره 7، شماره 20 ، اسفند 1396، ، صفحه 1-12
چکیده
هشت ژنوم دیپلوئید شامل ژنومهای A، B، C، D، E، F، G و K در جنس گوسیپیوم Gossypium شناسایی شده اند. ژنوم A فقط به دو گونه herbaceum و arboreum پنبه های دنیای قدیم محدود شده است و این ژنوم از G. herbaceumبه گونههای دیگر انتقال پیدا کرده است. به منظور توالی یابی ژنوم کلروپلاست G. herbaceum (A1) و مقایسه آن با دو گونه G. hirsutum (AD1) و G. barbadense (AD2) توالیهای ژنوم سه گونه از سایت ...
بیشتر
هشت ژنوم دیپلوئید شامل ژنومهای A، B، C، D، E، F، G و K در جنس گوسیپیوم Gossypium شناسایی شده اند. ژنوم A فقط به دو گونه herbaceum و arboreum پنبه های دنیای قدیم محدود شده است و این ژنوم از G. herbaceumبه گونههای دیگر انتقال پیدا کرده است. به منظور توالی یابی ژنوم کلروپلاست G. herbaceum (A1) و مقایسه آن با دو گونه G. hirsutum (AD1) و G. barbadense (AD2) توالیهای ژنوم سه گونه از سایت مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی برداشت شده است. موقعیت هر کدام از ژنها، تعداد نوکلئوتیدها، نواحی بین ژنی و اینترونها مشخص گردید. ژنوم کلروپلاست G. herbaceum دارای 160140 جفتباز بوده و ساختمان چهاربعدی حفاظت شده دارد. نواحی تک نسخهای ژنوم کلروپلاست، توسط دو ناحیه تکرار معکوس از هم جدا شده که ناحیه تک نسخهای بزرگ دارای 88709 جفت باز، ناحیه تک نسخهای کوچک 20221 جفت باز بوده و هر ناحیه تکرار معکوس 25605 جفت باز دارد. ژنوم پلاستیدی 114 ژن تک نسخهای و 19 ژن دو نسخهای دارد که ژنهای تک نسخهای شامل 79 ژن رمزکننده پروتئین، 4 ژن rRNA ریبوزومی و 31 ژن tRNA است. نتایج نشان داد میان ژنهای پلاستیدی فقط 18 ژن دارای 2-1 اینترون هستند که در مقایسه با ژنوم کلروپلاست دو گونه آلوتتراپلوئیدی ژن ycf15 تنها ژن دو
نسخهای موجود در G. herbaceum بود. در G. herbaceum و G. barbadense ژن rpl22 وجود داشت ولی ژن ycf15 در
G. barbadense، ژن های rpl22 و ycf15 در G. hirsutum از دست رفته اند. با وجود میزان بالای حفاظت SSRها در ژنوم کلروپلاست این SSRها به دلیل بازده بالا در مقابل SSR ژنومی برای آنالیز تنوع ژنتیکی مفید هستند.