ژنومیکس
رضا عطایی؛ مجید غلامحسینی؛ ولی اله محمدی
دوره 7، شماره 19 ، آبان 1396، ، صفحه 25-37
چکیده
تنوع فنوتیپی موجود در بسیاری از صفات مهم در گیاهان تحت تأثیر چندین جایگاه ژنی، عوامل محیطی و اثرات متقابل این دو می‌باشد. نقشه‌یابی ارتباطی یکی از روش‌هایی است که در دهه‌های اخیر برای مطالعه ژنتیکی و تعیین تعداد مکانهای ژنی کنترل کننده صفات کمی پیشنهاد شده است. این روش برای اولین بار در ژنتیک انسانی و برای صفاتی کیفی (مانند بیماری‌های ...
بیشتر
تنوع فنوتیپی موجود در بسیاری از صفات مهم در گیاهان تحت تأثیر چندین جایگاه ژنی، عوامل محیطی و اثرات متقابل این دو می‌باشد. نقشه‌یابی ارتباطی یکی از روش‌هایی است که در دهه‌های اخیر برای مطالعه ژنتیکی و تعیین تعداد مکانهای ژنی کنترل کننده صفات کمی پیشنهاد شده است. این روش برای اولین بار در ژنتیک انسانی و برای صفاتی کیفی (مانند بیماری‌های ژنتیکی) مورد استفاده قرار گرفت اما امروزه به دلیل پیشرفت‌های چشمگیر در تکنولوژی توالی‌یابی DNA، علاقمندی برای شناسایی ژن‌های جدید و بهبود روش‌های آماری استفاده از آن در جمعیت‌های گیاهی رو به افزایش است. نقشه‌یابی ارتباطی روشی هدفمند برای شناسایی ارتباط آماری بین آلل‌های نشانگری و صفات کمی بر اساس عدم تعادل لینکاژی است. برخلاف نقشه‌یابی لینکاژی، این روش با بهره‌گیری از تنوع موجود در جمعیت‌های طبیعی و لحاظ کردن تمامی وقایعی که در طول تکامل افراد رخ داده است، ارتباط بین تنوع فنوتیپی و چندشکلی موجود در ژنوم را شناسایی می‌کند و روشی امیدوارکننده برای غلبه بر محدودیت‌های نقشه‌یابی لینکاژی است. علی‌رغم اینکه نقشه‌یابی ارتباطی از توان آماری بالایی برخوردار است اما کاربرد این روش در جمعیت‌های دارای ساختار، در گونه‌های با میزان کم عدم تعادل لینکاژی و در صفاتی که توسط آلل‌های نادر کنترل می‌شود بسیار پیچیده و دشوار است. در این مقاله وضعیت کلی نقشه‌یابی ارتباطی، نحوه کاربرد آن در جمعیت و محدودیت‌های آن در گیاهان مورد بررسی قرار خواهد گرفت.
ژنومیکس
آتنا شادمهر؛ حسین رامشینی؛ مهرشاد زین العابدینی؛ مسعود پرویزی آلمانی؛ محمدرضا غفاری؛ علی ایزدی دربندی؛ مریم فارسی؛ محمود فولادوند
دوره 6، شماره 16 ، اسفند 1395، ، صفحه 45-59
چکیده
با توجه به پتانسیل‌های موجود در گیاه نیشکر از لحاظ تولید انرژی و قند، بهترین راه برای استفاده از ظرفیت‌های موجود در گیاه نیشکر، بررسی تنوع ژنتیکی واریته‌های موجود جهت به کارگیری در برنامه‌های به نژادی می‌باشد. با مطالعه 30 جفت آغازگر ریزماهواره روی 160 واریته نیشکر، 169 آلل، با میانگین 6/5 آلل برای هر آغازگر حاصل شد. تعداد آلل موثر بین ...
بیشتر
با توجه به پتانسیل‌های موجود در گیاه نیشکر از لحاظ تولید انرژی و قند، بهترین راه برای استفاده از ظرفیت‌های موجود در گیاه نیشکر، بررسی تنوع ژنتیکی واریته‌های موجود جهت به کارگیری در برنامه‌های به نژادی می‌باشد. با مطالعه 30 جفت آغازگر ریزماهواره روی 160 واریته نیشکر، 169 آلل، با میانگین 6/5 آلل برای هر آغازگر حاصل شد. تعداد آلل موثر بین 06/1 برای مکان ژنی AP-SSR03 و 921/1 در مکان ژنی SMC119CG با میانگین 508/1 آلل برآورد شد. میزان محتوای چند شکلی آغازگرها بین 06/0 (برای جایگاه AP-SSR03) تا 5/0 (برای جایگاه SMC851MS) متغیر بود. تجزیه به مختصات اصلی (PCoA)، 6 گروه را مشخص نمود، به طوریکه سه مولفه اول 86/14 درصد از واریانس کل را توجیه می‌نمایند. تجزیه خوشه‌ای با روش مبتنی بر فاصله Neihbour-Joining و تجزیه ساختار جمعیت با روش مبتنی بر مدل Bayesian انجام شد. بهترین تعداد زیر جمعیت 6 عدد شناسایی شد، که در اکثر زیرجمعیت‌ها افرد بر اساس مناطق جغرافیایی از یکدیگر تفکیک نشدند. نتایج گروه‌بندی حاصل از روش مبتنی بر مدل Bayesian، ارتباط فیلوژنی و تجزیه به مختصات اصلی با هم مطابقت زیادی نشان دادند. نتایج واریانس ژنتیکی نشان داد که تنوع افراد درون جمعیتها بیشتر از تنوع بین جمعیتها می‌باشد. بنابراین در برنامه‌های اصلاحی نیشکر به منظور انتخاب والدین مناسب، انتخاب درون جمعیتها می‌تواند انجام شود. اطلاعات به دست آمده در مطالعه حاضر، در برنامه‌های به‌نژادی به منظور حفاظت و مدیریت چنین مجموعه ژنتیکی با ارزشی در جهت کشت نیشکر برای استفاده از قند و انژی زیستی، مفید می‌باشد.
