پروتئومیکس
سمیرا مردانی زنوز؛ محمود تورچی؛ شقایق اصل زاد
چکیده
خشکی یکی از مهمترین عوامل ایجادکنندهی تنش غیرزیستی در گیاه محسوب میشود. گندم به عنوان یک گیاه زراعی مهم، اغلب در مناطقی کشت میشود که حداقل در دورهای از سال با کمآبی مواجه است. یکی از راهکارهای شناسایی پروتئینهای درگیر در تحمل گیاه به تنش کمبود آب رهیافت پروتئومیک است. به منظور بررسی اثر تنش کمبود آب بر الگوی پروتئوم ریشه ...
بیشتر
خشکی یکی از مهمترین عوامل ایجادکنندهی تنش غیرزیستی در گیاه محسوب میشود. گندم به عنوان یک گیاه زراعی مهم، اغلب در مناطقی کشت میشود که حداقل در دورهای از سال با کمآبی مواجه است. یکی از راهکارهای شناسایی پروتئینهای درگیر در تحمل گیاه به تنش کمبود آب رهیافت پروتئومیک است. به منظور بررسی اثر تنش کمبود آب بر الگوی پروتئوم ریشه گندم رقم متحمل کویر، آزمایشی در قالب طرح کاملاً تصادفی با هفت تکرار انجام شد. استخراج پروتئینهای ریشه به روش TCA/ استون انجام و الگوی بیان پروتئینی با استفاده از الکتروفورز دوبعدی بررسیگردید. پروتئینهای احتمالی درگیر در تنش کمبود آب با مقایسهی الگوی بیان تحت تنش کمبود آب با الگوی بیان در شرایط کنترل شناساییشد. نتایج نشان داد که اختلاف بین تیمارها برای صفات وزن تر ریشه و طول ریشه در سطح احتمال 5 درصد معنیدار ولی برای صفات وزن خشک ریشه، وزن خشک اندام هوایی و وزن تر اندام هوایی از نظر آماری معنیدار نبود. بررسی الگوی بیان پروتئوم ریشه، 98 نقطهی پروتئینی تکرارپذیر را نشان داد که از میان آنها تعداد 10 نقطه از لحاظ آماری دارای اختلاف بیان معنیدار بین شرایط کنترل و تنش بودند. از این تعداد هشت نقطه افزایش بیان و یک نقطه کاهش بیان را نشاندادند. این نقطههای پروتئینی بر اساس وزن مولکولی (Mw) و نقطه ایزوالکتریک (pI) با جستجو در بانکهای اطلاعاتی شناساییشدند. پروتئینهای پاسخ دهنده به تنش در گروههای عملکردی مختلف قرار دارند. این گروهها شامل سنتز و تجمع پروتئین، تنش اکسایشی، پاسخ و دفاع در برابر تنش و مسیرهای متابولیکی بودند.
پروتئومیکس
مهدی غفاری؛ سعادت شریفی؛ غلامرضا بخشی خانیکی
دوره 8، شماره 22 ، شهریور 1397، ، صفحه 15-26
چکیده
برای درک مکانیسم مولکولی تحمل به خشکی در ارتباط با ریشه آفتابگردان، الگوی پروتئوم ریشه دو لاین حساس و متحمل به خشکی در شرایط آبیاری محدود و مطلوب بررسی شد. با استفاده از الکتروفورز دو بعدی و مقایسه شدت نسبی لکهها با آزمونt تعداد 12 لکه از 417 لکه پروتئینی در لاین حساس و 17 لکه از 467 لکه پروتئینی در لاین متحمل به طور معنیداری از تنش خشکی ...
بیشتر
برای درک مکانیسم مولکولی تحمل به خشکی در ارتباط با ریشه آفتابگردان، الگوی پروتئوم ریشه دو لاین حساس و متحمل به خشکی در شرایط آبیاری محدود و مطلوب بررسی شد. با استفاده از الکتروفورز دو بعدی و مقایسه شدت نسبی لکهها با آزمونt تعداد 12 لکه از 417 لکه پروتئینی در لاین حساس و 17 لکه از 467 لکه پروتئینی در لاین متحمل به طور معنیداری از تنش خشکی متأثر شد. لکههای پروتئینی با استفاده از طیفسنجی جرمی nano-LC MS/MS توسط جستجوگر مسکات با در نظر گرفتن حداقل 10% همپوشانی و امتیاز بالاتر از 80 در پایگاه NCBI شناسایی شدند. پروتئینهای سیتوپلاسمی و هستهای به ترتیب بیش از سایر پروتئینها از محدودیت آب متأثر شدند. سه لکه پروتئینی انولاز، گلیسرآلدئید تری فسفات دهیدروژناز و چالکون سینتاز با بیان متمایز در هر دو لاین حساس و متحمل شناسایی شد. کاهش شدت نسبی انولاز در لاین متحمل دلالت بر آسیب متابولیکی بود که میتواند منجر به کاهش فرایندهای پایین دست در اثر محدودیت ناشی از خشکی باشد. در مقابل افزایش شدت نسبی گلیسرآلدئید تریفسفات دهیدروژناز و چالکونسینتاز در لاین متحمل نشاندهنده توانایی این لاین در سمیتزدایی/ترمیم آسیب-های ناشی از تخریب اکسیداتیو و دفاع ضداکسیداتیو در شرایط تنش بود. افزایش شدت نسبی پروتئین شوکدمایی، دیهیدروفلاونول ردوکتاز، لیپو-اکسیژناز لینولئاتدانه، یوبیکوئیتین کربوکسیلترمینال هیدرولاز و جی پروتئین در لاین متحمل نشاندهنده اهمیت فرایندهای دفاعی، حفاظتی و ترارسانی برای کاهش آسیبهای ناشی از خشکی است.