بیوانفورماتیک
آناهیتا پنجی؛ احمد اسماعیلی؛ سید محسن سهرابی
چکیده
پپتیدهای ضد میکروبی جزئی از سیستم دفاعی در گیاهان هستند. آنها در تمامی بافتها و در گونههای گیاهی مختلفی وجود دارند و دارای اثر ضد میکروبی در برابر پاتوژنهای گیاهی و جانوری و خواص ضد سرطانی هستند. اسنیکینها گروهی از این پپتیدهای ضد میکروبی غنی از سیستئین با وزن مولکولی پایین هستند که در تنشهای محیطی، مسیرهای پیامدهی هورمونها ...
بیشتر
پپتیدهای ضد میکروبی جزئی از سیستم دفاعی در گیاهان هستند. آنها در تمامی بافتها و در گونههای گیاهی مختلفی وجود دارند و دارای اثر ضد میکروبی در برابر پاتوژنهای گیاهی و جانوری و خواص ضد سرطانی هستند. اسنیکینها گروهی از این پپتیدهای ضد میکروبی غنی از سیستئین با وزن مولکولی پایین هستند که در تنشهای محیطی، مسیرهای پیامدهی هورمونها و رشد و تکامل نقش دارند. در مطالعه حاضر، با استفاده از روشهای آزمایشگاهی و بیوانفورماتیکی ویژگیهای اعضای خانواده ژنی اسنیکین و تغییرات بیانی آنها در مراحل نموی بذر (3، 8، 13 و 18 روز پس از گردهافشانی) در گیاه جو مورد بررسی قرار گرفت. نتایج وجود تعداد یازده ژن اسنیکین در ژنوم گیاه جو را نشان داد. اسنیکینهای شناسایی شده حاوی دمین عملکردی تحریک شونده با جیبرلین بودند. این اسنیکینها دارای سیگنال پپتید و تجمع خارج سلولی بودند و به دلیل فراوانی بالای اسیدهای آمینه هیدروفوب، آبگریز بوده و ساختارهای ثانویه پیچیدهای تولید میکردند. در همه پروتئینهای شناسایی شده، وجود تعداد شش پیوند دیسولفیدی و خاصیت ضد میکروبی به صورت محاسباتی مشخص گردید. بررسی تغییرات بیانی اعضای خانواده ژنی اسنیکین در مراحل مختلف نمو بذر نشان داد که ژنهای مذکور دارای الگوهای بیانی کاملاً متفاوتی هستند و در هر مرحلهی نموی میزان بیان آنها روند متفاوتی را نشان میدهد. با شناسایی ژنهای اسنیکین، علاوه بر استفاده از آن در تولید گیاهان تراریخت، میتوان آن را در سیستمهای مختلف بیانی تولید کرد و به عنوان نسل جدیدی از عوامل آنتیبیوتیک طبیعی در محافظت از انسان، گیاهان و جانوران به کار برد.