TY - JOUR ID - 3661 TI - مطالعه in silico خانواده ژنی شبه استریکتوسیدین سینتاز (SSL) در برنج (Oryza sativa) JO - فصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی JA - CB LA - fa SN - 2252-0783 AU - عابدی, امین AU - شیرزادیان خرم آباد, رضا AU - سوهانی, محمد مهدی AD - دانشجوی دکترای بیوتکنولوژی کشاورزی-گیاهی، دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشت، ایران AD - استادیار گروه بیوتکنولوژی کشاورزی دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشت، ایران AD - دانشیار گروه بیوتکنولوژی کشاورزی دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشت، ایران Y1 - 2017 PY - 2017 VL - 6 IS - 16 SP - 13 EP - 29 KW - آنالیز بیان KW - آنالیز فیلوژنتیکی KW - خانواده ژنی KW - مضاعف‌شدگی KW - مطالعات In Silico DO - N2 - استریکتوسیدین سینتاز آنزیم کلیدی مسیر بیوسنتزی ایندول آلکالوئیدهای مونوترپنوئیدی است. پروتئین‌های داری دمین Str_synth در گیاهان، باکتر‌ی‌ها، حشرات و پستانداران شناسایی شده‌اند و به علت نامشخص بودن نقش کارکردی آن‌ها شبه استریکتوسیدین سینتاز نامیده می‌شوند. با تکمیل پروژه توالی یابی ژنوم آرابیدوپسیس و برنج، ژن‌های شبه استریکتوسیدین سینتاز در این گیاهان نیز شناسایی شد. با این حال اطلاعات کافی در مورد ساختار ژن، تاریخچه تکاملی، نحوه گسترش و نقش کارکردی خانواده ژنی SSL برنج وجود ندارد. در این مطالعه بر اساس آنالیزهای بیوانفورماتیکی 23 ژن SSL در ژنوم برنج شناسایی شد. آنالیز فیلوژنتیکی پروتئین‌های SSL برنج و آرابیدوپسیس مشخص کرد که این ژن‌ها در چهار گروه قرار می‌گیرند و مسیر تکاملی این خانواده در برنج و آرابیدوپسیس متفاوت است. ژن‌های OsSSL دارای صفر تا پنج اینترون بوده و در 10 کروموزوم از 12 کروموزوم برنج با تراکم متفاوت قرار داشته و مضاعف‌شدگی پشت سر هم عامل اصلی گسترش این خانواده ژنی است. آنالیز پیشبر نشان داد که چندین عنصر تنظیمی cis پاسخ به تنش‌ها و هورمون‌ها در ناحیه تنظیمی وجود دارد که نشان دهنده نقش این ژن‌ها در پاسخ به تنش‌ها می-باشد. آنالیز بیان ژن‌های OsSSL بر اساس داده‌های ریزآرایه نشان داد که تعداد اندکی از این ژن‌ها در بافت‌ها و نیز تنش‌های غیر زیستی بیان بالایی دارند. این مطالعه اولین گزارش در مورد خانواده ژنی SSL در برنج بوده و می‌تواند یک چهارچوب برای بررسی کارکردهای بیولوژیکی ژن‌های SSL در برنج و گیاهان دیگر فراهم می‌کند. UR - https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_3661.html L1 - https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_3661_99a7e422b77af354547486f35d013300.pdf ER -