دانشگاه پیام نور فصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی 2252-0783 8 شماره 3 (بهار 1398) 2019 04 21 Meta-analysis of Transcriptomics related to the genes of the mevalonate (MVA) and the 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate (MEP) pathways for isoprenoids biosynthesis in plants متا-آنالیز ترانسکریپتوم ژن های مسیر موالونیک‌اسید و متیل‌اریتریتول‌فسفات برای بیوسنتز ایزوپرینوئیدها در گیاهان 1 17 5662 10.30473/cb.2019.44289.1768 FA زهرا امین فر دانشجوی دکتری اصلاح نباتات، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران بابک ربیعی استاد، گروه اصلاح نباتات، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران مسعود توحیدفر دانشیار، گروه بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده علوم زیستی و زیست فناوری، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران محمدحسین میرجلیلی دانشیار، گروه کشاورزی، پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران Journal Article 2018 09 08 Isoprenoids and their derivatives represent the largest group of natural compounds in plants that are biosynthesized from isoprenyl diphosphate C5 units. These C5 units generated by two distinctive biosynthetic pathways in plants including mevalonate (MVA) pathway in the cytoplasm and methylerthritol phosphate (MEP) pathway in plastids. To perform a meta-analysis of two pathways of MVA and MEP, expression data of the microarray experiments in different tissues, developmental stages, biotic and abiotic stresses were used in Arabidopsis thaliana as a model plant. The transcriptom meta-analysis was carried out using Genevestigator as a large database containing transcriptomics data of GEO in NCBI and ArrayExpress in EBI. The results of the meta-analysis showed that the transcription of genes encoding the enzymes of MVA and MEP pathway did not coordinate and they had different expression patterns in developmental stages, various tissues and conditions. MVA pathway genes show the highest expression in the roots and reproductive organs, while the MEP pathway genes are expressed in photosynthetic tissues. The results obtained here can help to understand how the underlying pathway gene networks are organized and regulated in different conditions, tissues and developmental stages. ایزوپرینوئیدها و مشتقات آن ها بزرگترین گروه از ترکیبات طبیعی در گیاهان هستند که از واحدهای پنج کربنه ایزوپرینیل فسفات ساخته می‌شوند. این واحدهای پنچ کربنه در گیاهان از طریق دو مسیر بیوسنتزی مجزا شامل مسیر موالونات (MVA) در سیتوپلاسم و مسیر متیل اریتریتول فسفات (MEP) در پلاستید، تولید می شوند. به منظور انجام متا-آنالیز ژن‌های دو مسیر MVA و MEP از داده‌های بیانی آزمایشات ریزآرایه در بافت های مختلف، مراحل نموی، تنش های زیستی و غیرزیستی در گیاه مدل آرابیدوپسیس استفاده شد. متا-آنالیز ترانسکریپتوم با استفاده از ابزار Genevestigator به عنوان یک بانک اطلاعاتی بزرگ شامل داده‌های ترانسکریپتوم مخازن GEO در NCBI و ArrayExpress در EBI، انجام گرفت. نتایج حاصل از متا-آنالیز نشان داد که به طور کلی رونویسی ژن‌های کد کننده آنزیم‌های دو مسیر MVA و MEP گیاهی با هم هماهنگ نیست و در بافت‌ها، مراحل رشدی و شرایط مختلف الگوی بیانی متفاوتی دارند. ژن‌های مسیر MVA بیشترین بیان را در ریشه و اندام‌های زایشی نشان می‌دهند، درحالی‌که ژن‌های مسیر MEP بیشتر در بافت‌های فتوسنتزی بیان می‌شوند. این نتایج می‌تواند به درک چگونگی تولید پیش سازهای ایزوپرینوئیدها از طریق دو مسیر با جایگاه متفاوت کمک کرده و همچنین سازماندهی شبکه‌های ژنی و تنظیم آن‌ها در شرایط، بافت‌ها و مراحل نموی مختلف را آشکار می‌سازد. ایزوپرینوئیدها ترانسکریپتوم ریزآرایه متا-آنالیز Genevestigator https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_5662_4960e5015101906f811c444998a71a4b.pdf
دانشگاه پیام نور فصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی 2252-0783 8 شماره 3 (بهار 1398) 2019 04 21 Interaction of Bacillus amyloliquefaciens and Azospirillum oryzae on wheat growth promotion and Fusarium graminearum disease inhibition برهمکنش باکتریهای Bacillus amyloliquefaciens و Azospirillum oryzae در تحریک رشد گیاه گندم و کاهش بیماری زایی قارچ Fusarium graminearum 19 33 5664 10.30473/cb.2019.43198.1757 FA نگار باقری دانشجوی دکتری، گروه گیاهپزشکی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران مسعود احمدزاده استاد، گروه گیاهپزشکی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران 0000-0003-2009-4131 غلامرضا صالحی جوزانی استاد، بخش تحقیقات بیوتکنولوژی میکروبی، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (ABRII)، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی (AREEO) Journal Article 2018 08 24 Co-inoculation of plant growth promoting bacteria and biological control agents, is a strategy to improve health, yield and quality of crop production. The objective of the present study was to evaluate interactions of two bacterial strains, Bacillus amyloliquefaciens UTB96 and Azospirillum oryzae NBT506, on growth promotion of wheat and control of the causal agent of Fusarium head blight, Fusarium graminearum. The results showed that single and co-culture of these strains inhibit mycelium growth of F. graminearum by direct inhibition and volatile organic compounds. In germinator assays, different wheat growth features were increased and disease index was decreased. Results showed that co-inoculation or single application of the bacteria in the soil significantly enhanced root length (14-80%), root fresh weight (18-167%), root dry weight (4-110%,), shoot length (17-61%), shoot fresh weight (47-169%) and shoot dry weight (up to 90%). In addition, a significant decrease in disease index (62-100%) was observed in different single and co-culture treatments. In conclusion, the studied two bacterial strains showed synergistic effects on wheat growth promotion and fungal growth inhibition. تلقیح توام ریزوباکتری‌های افزاینده رشد گیاه و عوامل کنترل زیستی آفات و بیماری‌ها، رویکردی در مدیریت سلامت و بهبود تولید و کیفیت محصولات کشاورزی می‌باشد. در این تحقیق به مطالعه اثرات متقابل دو سویه باکتریایی Bacillus amyloliquefaciens UTB96 و Azospirillum oryzae NBT506 در تحریک رشد گیاه گندم و بازدارندگی قارچ Fusarium graminearum (عامل بلایت خوشه و پوسیدگی طوقه گندم) در دو حالت کشت منفرد و هم‌کشتی پرداخته شد. نتایج نشان داد که باکتری‌ها در کشت منفرد و هم‌کشتی بخوبی از رشد قارچ بیماری‌زا به‌صورت مستقیم و با ترکیبات فرار جلوگیری کردند و این نتایج در شرایط اتاقک رشد هم مشاهده شد که هم‌کشتی دو سویه به شدت باعث افزایش شاخص‌های رشدی گیاه و کاهش خسارت و علائم بیماری نسبت به شاهد شد. بهترین تیمارهای باکتری‌ها در حالت محلول‌پاشی در سطح خاک بودند. در محلول‌پاشی سطح خاک با این عوامل میکروبی، طول ریشه 80-14 درصد، وزن تر ریشه 167-18 درصد، وزن خشک ریشه 110-4 درصد، طول ساقه 61-17 درصد، وزن تر ساقه 169-47 درصد و وزن خشک ساقه 90-4/0 درصد افزایش را نشان دادند همچنین درصد کاهش شاخص بیماری نیز 100- 62 درصد در تیمارهای مختلف برآورد شد. به‌طور کلی هم‌کشتی دو باکتری اثرات هم‌افزایی در افزایش رشد گندم و کاهش رشد قارچ بیمارگر نشان داد. اثر هم‌افزایی کنترل زیستی هم‌کشتی Bacillus amyloliquefaciens و Azospirillum oryzae https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_5664_738c2d47664943127aa8ac2216929d5d.pdf
دانشگاه پیام نور فصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی 2252-0783 8 شماره 3 (بهار 1398) 2019 04 21 Cloning and characterization of a constitutive promoter of polyubiquitin gene from Cicer ariethinum همسانه‌سازی و بررسی پروموتر دائمی یک ژن پلی‌یوبی‌کوئیتین از گیاه نخود 35 45 5665 10.30473/cb.2019.41885.1745 FA نیلوفر پیکاری دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشگاه شاهد، تهران، ایران کتایون زمانی استادیار، گروه پژوهشی مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران Journal Article 2018 03 12 Producing transgenic plants need new promoters. Due to the advent of next generation sequencing technologies and the production of massive genomic data for various crop plant species paralleled by the development of bioinformatics tools, there is an opportunity ‎to identify, isolate and characterize new promoters. Because of public concern about using viral promoters, there is a need for cloning and using plant promoters in transgenic food crops. Native plant constitutive promoters may be composed of non-specific elements that are simply more efficient at protein recruitment for transcription. Promoters are classified as inducible, constitutive and tissue specific according to the nature of gene expression they regulate. Housekeeping genes are the best and most important sources for isolating the constitutive promoters. In this study, -Glucoronidase reporter gene expression mediated by a polyubiquitin promoter (CaUBQ10) from chickpea (Cicer ariethinum) was analyzed in tobacco tissues. The functionality of the CaUBQ10 was confirmed in leaves, stems, and roots of stably transformed tobacco plants and suggested that the CaUBQ10 is a constitutive promoter and may provide a valuable choice for high-level expression of target genes during the life cycle of a plant. ایجاد گیاهان تراریخته نیازمند پروموترهای جدید است. با ظهور فناوری‌های توالی‌یابی نسل نو و تولید انبوه داده‌های ژنومی برای گونه‌های مختلف گیاهان زراعی که با توسعه ابزارهای بیوانفورماتیکی همراه شده‌، فرصت مناسبی برای شناسایی، جداسازی و بررسی ویژگی‌های پروموترهای جدید فراهم آمده است. به‌دلیل وجود ملاحظاتی در مورد استفاده از پروموترهای ویروسی در گیاهان تراریخته لزوم همسانه‌سازی و استفاده از پروموترهایی با منشأ گیاهی احساس می‌شود. پروموترهای دائمی با منشأ گیاهی معمولاً دارای عناصر تنظیمی غیر اختصاصی بوده و به سادگی قابلیت بیشتری را در به‌کارگیری ماشین رونویسی سلول گیاهی برای رونویسی از ژن‌ها دارا هستند. بر اساس نحوه بیان ژن‌ها، پروموترها به سه دسته دائمی، القایی و ویژه بافت طبقه‌بندی می‌شوند. ژن‌های خانه‌دار بهترین و مهمترین منبع برای جداسازی پروموترهای دائمی هستند. در این پژوهش، بیان ژن گزارشگر بتا-گلوکورونیداز تحت کنترل پروموتر ژن پلی‌یوبی‌کوئیتین 10 نخود (Cicer ariethinum) در بافت‌های توتون بررسی شد. عملکرد CaUBQ10 در برگ‌، ساقه و ریشه‌های گیاهان تراریخته پایدار توتون تأیید شد که نشان می‌دهد CaUBQ10 یک پروموتر دائمی است و می‌تواند انتخاب مناسبی برای بیان بالای ژن‌های مورد نظر در کلیه مراحل زندگی گیاه باشد. پروموتر دائمی CaMV35S پلی‌یوبی‌کوئیتین نخود ژن خانه‌دار https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_5665_c27f4e56e805d58a05f3e5377471c309.pdf
دانشگاه پیام نور فصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی 2252-0783 8 شماره 3 (بهار 1398) 2019 04 21 Comparative analysis of primary metabolites to identify regulatory metabolic networks involved in blue color formation in Hydrangea macrophylla آنالیز مقایسه ای متابولیت های اولیه به منظور شناسایی شبکه های متابولیکی تنظیمی درگیر در تشکیل رنگ آبی در گیاه هیدرانژیا ماکروفیلا 47 57 5666 10.30473/cb.2019.43788.1762 FA راضیه رحمتی دانشجوی دکتری فیریولوژی گیاهی، دانشگاه پیام نور، تهران، ایران محمدعلی ابراهیمی دانشیار، گروه بیوتکنولوژی دانشگاه پیام نور، تهران، ایران حمید سبحانیان استادیار، گروه زیست‌شناسی دانشگاه پیام نور، تهران، ایران سید قاسم حسینی سالکده استاد، بخش زیست‌شناسی سیستم‌ها، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، تهران، ایران محمد رضا غفاری استادیار، بخش زیست‌شناسی سیستم‌ها، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران Journal Article 2018 07 11 Hydrangea macrophylla is a plant that its blooms turn from pink to blue in the presence of aluminum (Al) and thereby could be considered as a model plant for studying blue color formation. In this study, the metabolite profiling analysis has been performed using ion chromatography coupled to mass spectrometry (IC-MS/MS) and Ultra Performance Liquid Chromatography (UPLC) to investigate the regulatory connected network among metabolites during color turning from pink to blue in full bloom of H. macrophylla in the presence and absence of aluminum. The metabolite profiles resulted in identification of 35 metabolites including two soluble sugars, six sugar phosphates, two sugar nucleotides, four organic acids, four nucleotides and 17 amino acids. Further, a coordinated change was found in glycolytic metabolites showing changes in flux through a pathway during color formation. Moreover, there was a strong correlation among nitrogenous compounds including glutamine, aspartate, glutamate, glycine and threonine indicating the important role of nitrogen metabolism during blue color formation. These findings will facilitate comprehensive research on the regulatory networks of color change in full bloom in H. macrophylla. گیاه ادریسی (Hydrangea macrophylla) گیاهی است که رنگ گل‌های آن در حضور آلومینیوم از صورتی به آبی تغییر می‌کند. از این رو می‌تواند به عنوان یک گیاه مدل برای شناسایی شبکه‌های متابولیکی درگیر در تشکیل رنگ آبی مورد بررسی قرار گیرد. در این تحقیق آنالیز پروفایل متابولیت‌ها با استفاده از کروماتوگرافی یونی جفت شده با اسپکترومتری جرمی (IC-MS/MS) و کروماتوگرافی مایع در فشار بالا (UPLC) به منظور بررسی شبکه‌های تنظیمی بین متابولیت‌ها در زمان تغییر رنگ گل از صورتی به آبی، در حضور و عدم حضور آلومینیوم، در گیاه H. macrophylla انجام شد. تعیین پروفایل متابولیت‌ها منجر به به شناسایی 35 نوع متابولیت شامل 2 قند محلول، ۴ قندفسفات، 2 قند نوکلئوتیده، 4 اسید آلی، 4 نوکلئوتید و 17 آمینواسید شد. همچنین یک تغییر هماهنگ در متابولیت های گلیگولیز یافت شد که نشانگر تغییر در شار متابولیت ها در یک مسیر بیوشمیایی در زمان تغییر رنگ بود. همچنین یک همبستگی بالا بین ترکیبات نیتروژن‌دار از قبیل گلوتامین، آسپارتات، گلوتامات، گلایسین و ترئونین وجود داشت که بیانگر نقش مهم متابولیسم نیتروژن در تشکیل رنگ آبی است. این یافته‌ها مطالعات جامع بر روی شبکه‌های تنظیمی تغییر رنگ در گل H. macrophylla را تسهیل خواهد کرد. متابولیسم اولیه تشکیل رنگ آبی آلومینیوم هیدرانژیا ماکروفیلا https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_5666_f6cc9e758a16514c5accac0f60275274.pdf
دانشگاه پیام نور فصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی 2252-0783 8 شماره 3 (بهار 1398) 2019 04 21 Identification and characterization of conserved miRNAs of Coriandrum sativum L. using next-generation sequencing data شناسایی و تعیین خصوصیات میکرو RNA‌های محافظت شده Coriandrum sativum L.با استفاده از داده‌های توالی‌یابی نسل جدید 59 74 5668 10.30473/cb.2019.42829.1754 FA رضا میر دریکوند استادیار، گروه زراعت و اصلاح نباتات، واحد خرم‌آباد، دانشگاه آزاد اسلامی ، خرم‌آباد، ایران سید سجاد سهرابی محقق، باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، دانشگاه آزاد اسلامی، خرم آباد، ایران سید محسن سهرابی محقق، باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، دانشگاه آزاد اسلامی، خرم آباد، ایران کامران سمیعی استادیار، گروه کشاورزی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد کنگاور، کنگاور، ایران Journal Article 2018 09 05 MicroRNAs (miRNAs) are a class of small and noncoding RNAs with length of 18-24 nucleotides that control the expression of target genes at the transcriptional and post-transcriptional levels in plants. The miRNAs play an important role in different processes such as growth and development, cell proliferation and response to stresses in plants. Coriander or Coriandrum sativum L. is a plant of Apiaceae family with different nutritional and pharmaceutical applications. Up to now, the genome of this plant has not been sequenced and there is no report of miRNAs identification has been recorded for it. The present study was performed to identify the conserved miRNAs and their target genes in transcriptome of coriander plant. Firstly, Transcriptome of seed and leaf tissues was assembled and non-coding transcripts were identified and considered as miRNA precursor. Finally, among candidate sequences, three miRNAs named csa-miR162, csa-miR169 and csa-miR399 belong to three conserved families were identified after strict filtering. Identified miRNAs showed differential expression between seed and leaf tissues and also role of their target genes in different biological processes was confirmed. In general, given the regulatory roles of identified miRNAs on broad spectrum of gene networks and biological processes of coriander plant in the present study, these miRNAs can be used as candidate genes to improve qualitative and quantitative yield and resistance to different stresses in this plant. میکرو RNA‌ها (miRNAs) گروهی از مولکول‌های RNA کوچک و غیر کدکننده‌ با طولی حدود 24-18 نوکلئوتید هستند که بیان ژن‌های هدف خود را در سطوح مختلف رونویسی و پس از رونویسی در گیاهان کنترل می‌کنند. میکرو RNA‌ها در فرآیندهای مختلفی مانند رشد و نمو، فرآیندهای زیستی، تکثیر سلولی و پاسخ به تنش‌ها در گیاهان نقش مهمی بازی می‌کنند. گشنیز زراعی با نام علمی (Coriandrum sativum L.) گیاهی از خانواده چتریان (Apiaceae) است که دارای کاربردهای غذایی و دارویی مختلفی است. ژنوم این گیاه تاکنون توالی‌یابی نشده است و هیچ‌گونه گزارشی از شناسایی میکرو RNA‌ها برای آن ثبت نشده است. مطالعه حاضر به‌منظور شناسایی میکرو RNA‌های محافظت شده بالقوه و ژن‌های هدف آن‌ها در ترنسکریپتوم گیاه گشنیز صورت گرفت. ابتدا ترنسکریپتوم بافت‌های بذر و برگ این گیاه سرهم‌بندی شد و رونوشت‌های غیر کد‌کننده به پروتئین شناسایی و به‌عنوان توالی‌های کاندید پیش‌ساز میکرو RNA در نظر گرفته شدند. در نهایت از بین توالی‌های کاندید سه میکرو RNA با نام‌های csa-miR162، csa-miR169 و csa-miR399 متعلق به سه خانواده محافظت شده میکرو RNA پس از اعمال فیلترهای سخت‌گیرانه شناسایی شد. میکرو RNAهای شناسایی شده دارای بیان متفاوتی در بافت‌های بذر و برگ بودند و نقش ژن‌های هدفشان در فرآیندهای مختلف زیستی نیز مورد تأیید قرار گرفت. در مجموع با توجه به اینکه میکرو RNAهای شناسایی شده در مطالعه حاضر دارای نقش تنظیمی بر طیف وسیعی از شبکه‌های ژنی و فرآیندهای زیستی مختلف در گیاه گشنیز هستند، می‌توان از آن‌ها به‌عنوان ژن‌های کاندید در بهبود عملکرد کمی و کیفی و همچنین مقاومت به تنش‌های مختلف در این گیاه بهره برد. ترنسکریپتوم ساختار ثانویه گیاه گشنیز میکرو RNA miRBase https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_5668_61304f395fbe6be23e07fd2beaa447d2.pdf
دانشگاه پیام نور فصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی 2252-0783 8 شماره 3 (بهار 1398) 2019 04 29 Identification and analysis of a DEVIL paralog gene cluster in Aeluropus littoralis by a comparative genomic approach شناسایی و بررسی خوشه‌ژنی پارالوگ DEVIL در گیاه آلوروپوس لیتورالیس به روش ژنومیکس مقایسه‌ای 75 87 5669 10.30473/cb.2019.42249.1747 FA سید حمیدرضا هاشمی پطرودی استادیار، گروه مهندسی ژنتیک و بیولوژی، پژوهشکده ژنتیک و زیست‌فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ایران. 0000-0002-0870-1691 قربانعلی نعمت زاده استاد، گروه مهندسی ژنتیک و بیولوژی، پژوهشکده ژنتیک و زیست‌فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ایران. مارکوس کولمن استادیار گروه ژنتیک مولکولی، موسسه ژنتیک گیاهی و تحقیقات گیاهان زراعی لیبنیز (IPK)، آلمان Journal Article 2018 10 10 Genome-wide identification of orthologs and paralogs gene clusters across different species is considered as a common strategy for predicting gene function. Regarding to importance role of species-specific paralog genes in adaptation to specific environmental stresses, identification of paralog genes in the Aeluropus littoralis, halophyte plant, was considered in this study. For this purpose, the proteome data of four species including A. littoralis, Oryza sativa, Brachypodium distachyon and Sorghum bicolor was compared genome-widely. Based on OrthoMCL analysis, by comparing of 15916 protein sequences of A. littoralis to proteome of other species, 10312 orthologs gene cluster were identified that shared in all given species while 70 unique paralog gene clusters were devoted to A. littoralis. Gene ontology annotation of these paralog clusters showed that they are involved in key biological processes such as cellular processes, metabolic DNA processes, chromatin organization, response to environmental stimuli and cell growth and cycle. The study of the largest cluster of this set led to the identification of a family of small polypeptides (72-39 aa) that is called DEVIL (DVL). Analysis of A. littoralis transcriptome data in a Heatmap display a divergence in gene expression patterns of DVL gene family that could be an evident for their sub‐functionalization in biological processes and molecular functions of the cell. Functional analysis of AlDVL peptide hormones (phytohormones) could be useful for identifying their potential role in the mechanisms involved in drought and salinity tolerance. یکی از راهبردهای متداول جهت پیش‌بینی عملکرد ژن‌ها، تجزیه و تحلیل گستره ژنومی و شناسایی خوشه‌های ارتولوگ و پارالوگ در گونه‌های مختلف می‌باشد. با توجه به اهمیت ژن‌های پارالوگ در سازگاری یک گونه به شرایط خاص محیطی، در این تحقیق شناسایی ژن‌های پارالوگ در گیاه هالوفیت آلوروپوس لیتورالیس مدنظر قرار گرفت. بدین منظور پروتئوم این گیاه با برخی از گیاهان تیره گندمیان نظیر برنج، چمن‌جاوری و سورگوم در گستره ژنومی مقایسه شد. بر مبنای آنالیز OrthoMCL، بررسی مقایسه‌ای تعداد 15916 ژن آلوروپوس با توالی پروتئوم دیگر گیاهان، منجر به شناسایی بیش از 10312 گروه‌ ژنی اورتولوگ گردید که در همه گونه‌های مورد بررسی مشترک بوده، در حالیکه70 گروه‌ ژنی پارالوگ به گیاه آلوروپوس اختصاص پیدا نمود. مستندسازی این خوشه‌ها بر مبنای ژن‌انتولوژی حاکی از کارکرد آنها در مسیرهای مهم زیستی نظیر فرایندهای سلولی، فرایندهای متابولیکی DNA، سازماندهی کروماتین، پاسخ به محرک‌های محیطی، رشد و چرخه سلولی بوده است. بررسی بزرگترین گروه‌ این مجموعه، منجر به شناسایی خانواده‌ای از پلی‌پپتیدهای کوچک با اندازه 72-39 اسید آمینه به نام DEVIL‌ (DVL) گردید. بررسی موتیف‌های این گروه‌ ژنی نشان داد 3 موتیف مختلف با مجموع 10 جایگاه در این گروه‌ پروتئینی وجود دارد. نمودار Heatmap بر مبنای آنالیز ترانسکریپتوم نشان داد، الگوی متنوعی از بیان ژن در خانواده ژنی DVL وجود داشته که گواهی بر بازآرایی وظایف این ژن‌ها در فرایندهای زیستی و کارکردهای مولکولی سلول می‌باشد. بررسی عملکردی پپتیدهای فیتوهورمونی AlDVL در مطالعات آتی می‌تواند به شناسایی نقش احتمالی آنها در مکانیسم‌های دخیل در تحمل به تنش خشکی و شوری سودمند باشد. آلوروپوس لیتورالیس هالوفیت پلی‌پپتیدهای کوچک فیتوهورمون DEVIL‌ https://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_5669_60da7a32119f1dd3e1ad7d56efd55aee.pdf