بیوانفورماتیک
مریم مهدیزاده حکاک؛ مسعود توحیدفر؛ محمدحسین میرجلیلی
چکیده
اسکوالن یک تریترپن غیر اشباع با کاربردهای گسترده در داروسازی است. در این تحقیق تولید اسکوالن و بررسی بیوانفورماتیکی آن در چهار گونه یوکاریوت تکسلولی و پرسلولی و پروکاریوت به منظور تفاوت این ژن در یوکاریوتها و پروکاریوت ها مورد بررسی قرار گرفت. نتایج آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که جلبک به عنوان یوکاریوت پرسلولی، مخمر به عنوان ...
بیشتر
اسکوالن یک تریترپن غیر اشباع با کاربردهای گسترده در داروسازی است. در این تحقیق تولید اسکوالن و بررسی بیوانفورماتیکی آن در چهار گونه یوکاریوت تکسلولی و پرسلولی و پروکاریوت به منظور تفاوت این ژن در یوکاریوتها و پروکاریوت ها مورد بررسی قرار گرفت. نتایج آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که جلبک به عنوان یوکاریوت پرسلولی، مخمر به عنوان یوکاریوت تکسلولی و باکتری به عنوان پروکاریوت تکسلولی در یک گروه و گیاه در گروه مجزا قرار گرفت. درصد GC پروتئین SQS توسط GC Content Calculator و همچنین شاخص آلیفاتیک و شاخص ناپایداری توسط protparam بررسی شد. نتایج نشان داد که ژن SQS در دامنهای از ناپایداری تا پایدار قرار دارد. آنالیز وجود توالیهای سیگنال و آنالیز رهگیری محل استقرار نهایی پروتئین نشان داد که احتمال انتقال پروتئین SQS به میتوکندری، کلروپلاست و مسیر ترشحی بسیار پایین است و جزء پروتئینهای سیگنال نیست. همچنین در گیاه Gymnema sylvestre مشخص شد که این پروتئین دارای سه دومین حافظت شده است. مقایسهی ساختار ثانویه پروتئین وجود صفحات آلفا را تایید کرد. مدلسازی سه بعدی این پروتئین در گیاه به روش همولوژی مدلینگ و با استفاده از پایگاه داده Swiss Model پس از انتخاب الگوی مناسب با میزان شباهت بالا که از پایگاه دادهی PDB استخراج شد، انجام گرفت. جهت اعتبارسنجی ساختاری مدل ترسیم شده سهبعدی و آنالیز استرئوشیمیایی، نمودار راماچاندران ترسیم و زوایای دیهیدرال محاسبه شدند. نتایج ارزیابی کیفیت ساختاری نشان داد که مدلهای پیشنهادی دارای کیفیت و پایداری مناسبی میباشند. مطالعه ساختار پروتئین میتواند به درک عملکرد پروتئین کمک کند و بررسی جزئیات ساختار آن میتواند در مطالعات جایگاه فعال پروتئین و داکینگ سودمند باشد.
بیوانفورماتیک
امین عابدی عابدی؛ رضا شیرزادیان خرم آباد؛ محمد مهدی سوهانی
دوره 6، شماره 2 ، شهریور 1396، ، صفحه 27-40
چکیده
در یوکاریوتها DNA ژنومی در ترکیب با پروتئینهای هیستونی کروماتین را ایجاد میکند. چپرونهای هیستونی از طریق تغییر دسترسی به DNA بر میزان رونویسی ژنها تأثیر میگذارند. بر خلاف مخمر و جانوران، در مورد چپرونهای هیستونی گیاهی اطلاعات کمی وجود دارد. در این رابطه، خانواده nucleosome assembly protein (NAP) در تمام یوکاریوتها حفاظت شده بوده و جزء ...
بیشتر
در یوکاریوتها DNA ژنومی در ترکیب با پروتئینهای هیستونی کروماتین را ایجاد میکند. چپرونهای هیستونی از طریق تغییر دسترسی به DNA بر میزان رونویسی ژنها تأثیر میگذارند. بر خلاف مخمر و جانوران، در مورد چپرونهای هیستونی گیاهی اطلاعات کمی وجود دارد. در این رابطه، خانواده nucleosome assembly protein (NAP) در تمام یوکاریوتها حفاظت شده بوده و جزء جدایی ناپذیر در پایداری، حفظ و پویایی کرماتین یوکاریوتی میباشد. این پروتئین ها در انتقال هیستونها به هسته، تشکیل نوکلئوزوم و القاء سیالیت کروماتین نقش داشته و لذا رونویسی بسیاری از ژنها را تحت تأثیر قرار میدهد. در این مطالعه با استفاده از روشهای بیوانفورماتیکی، 6 ژن شبه NAP (ZmNPL1 تا ZmNAPL6) در ذرت شناسایی شد. آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که این ژنهای NAPL همانند ژنهای NAPL آرابیدوپسیس و برنج به دو زیر گروه تقسیم شده و رابطه تکاملی نزدیکتری با ژنهای NAPL برنج داشتند. این ژنها دارای 3 تا 11 اینترون بوده و بر روی 5 کروموزوم از 10 کروموزوم ذرت قرار گرفتهاند. آنالیز بیانی بر پایه ریزآرایه نشان دهنده تنظیم دقیق رونویسی ژنهای ZmNAPL در طول نمو ذرت میباشد. این امر حاکی از نقش مهم این ژنها در برنامه ریزی مرتبط با فرآیندهای نموی ذرت بود. این مطالعه اولین گزارش در مورد شناسایی و بررسی روابط تکاملی، ساختاری و بیانی ژنهای NAPL ذرت بوده و نتایج بدست آمده از آن اطلاعات پایه برای تحقیقات آتی در مورد کارکرد ژن-های NAPL ذرت را مهیا میسازد.
بیوانفورماتیک
امین عابدی؛ رضا شیرزادیان خرم آباد؛ محمد مهدی سوهانی
دوره 5، شماره 4 ، اسفند 1395، ، صفحه 13-29
چکیده
استریکتوسیدین سینتاز آنزیم کلیدی مسیر بیوسنتزی ایندول آلکالوئیدهای مونوترپنوئیدی است. پروتئینهای داری دمین Str_synth در گیاهان، باکتریها، حشرات و پستانداران شناسایی شدهاند و به علت نامشخص بودن نقش کارکردی آنها شبه استریکتوسیدین سینتاز نامیده میشوند. با تکمیل پروژه توالی یابی ژنوم آرابیدوپسیس و برنج، ژنهای شبه استریکتوسیدین ...
بیشتر
استریکتوسیدین سینتاز آنزیم کلیدی مسیر بیوسنتزی ایندول آلکالوئیدهای مونوترپنوئیدی است. پروتئینهای داری دمین Str_synth در گیاهان، باکتریها، حشرات و پستانداران شناسایی شدهاند و به علت نامشخص بودن نقش کارکردی آنها شبه استریکتوسیدین سینتاز نامیده میشوند. با تکمیل پروژه توالی یابی ژنوم آرابیدوپسیس و برنج، ژنهای شبه استریکتوسیدین سینتاز در این گیاهان نیز شناسایی شد. با این حال اطلاعات کافی در مورد ساختار ژن، تاریخچه تکاملی، نحوه گسترش و نقش کارکردی خانواده ژنی SSL برنج وجود ندارد. در این مطالعه بر اساس آنالیزهای بیوانفورماتیکی 23 ژن SSL در ژنوم برنج شناسایی شد. آنالیز فیلوژنتیکی پروتئینهای SSL برنج و آرابیدوپسیس مشخص کرد که این ژنها در چهار گروه قرار میگیرند و مسیر تکاملی این خانواده در برنج و آرابیدوپسیس متفاوت است. ژنهای OsSSL دارای صفر تا پنج اینترون بوده و در 10 کروموزوم از 12 کروموزوم برنج با تراکم متفاوت قرار داشته و مضاعفشدگی پشت سر هم عامل اصلی گسترش این خانواده ژنی است. آنالیز پیشبر نشان داد که چندین عنصر تنظیمی cis پاسخ به تنشها و هورمونها در ناحیه تنظیمی وجود دارد که نشان دهنده نقش این ژنها در پاسخ به تنشها می-باشد. آنالیز بیان ژنهای OsSSL بر اساس دادههای ریزآرایه نشان داد که تعداد اندکی از این ژنها در بافتها و نیز تنشهای غیر زیستی بیان بالایی دارند. این مطالعه اولین گزارش در مورد خانواده ژنی SSL در برنج بوده و میتواند یک چهارچوب برای بررسی کارکردهای بیولوژیکی ژنهای SSL در برنج و گیاهان دیگر فراهم میکند.