بیوانفورماتیک
محمدامین باقری؛ سید کمال کاظمی تبار؛ علی دهستانی؛ پویان مهربان جوبنی؛ حمید نجفی زرینی
چکیده
کنجد (Sesamum indicum L.) یک گیاه زراعی دانه روغنی مهم از نظر تغذیهای و دارویی میباشد که تنشهای محیطی ظرفیت عملکرد آن را محدود میکند. عامل پاسخ دهنده به اتیلن (ERF) یکی از بزرگترین خانوادههای عوامل رونویسی میباشد که در تنظیم پاسخ گیاه به تنشهای غیر زنده نقش کلیدی ایفا میکند. در مطالعه حاضر، در مجموع 113 ژن ERF از ژنوم کنجد شناسایی شد، ...
بیشتر
کنجد (Sesamum indicum L.) یک گیاه زراعی دانه روغنی مهم از نظر تغذیهای و دارویی میباشد که تنشهای محیطی ظرفیت عملکرد آن را محدود میکند. عامل پاسخ دهنده به اتیلن (ERF) یکی از بزرگترین خانوادههای عوامل رونویسی میباشد که در تنظیم پاسخ گیاه به تنشهای غیر زنده نقش کلیدی ایفا میکند. در مطالعه حاضر، در مجموع 113 ژن ERF از ژنوم کنجد شناسایی شد، که آنها خود به دو زیرخانواده شامل 46 عضو متصل به عناصر پاسخ دهنده به پسابیدگی (DREB) و 67 عضو ERF تقسیم شدند. روابط فیلوژنتیکی، خصوصیات فیزیکوشیمیایی پروتئینها، ساختارهای ژنی و موتیفهای آمینو اسیدی حفاظت شده در خانواده ERF کنجد مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. در ادامه پروفایل بیانی ژنهای ERF کنجد در بافتهای مختلف و همچنین تحت تنشهای محیطی بررسی گردید. بهطور کلی ژنهای متعدد از خانواده ERF در بافتهای مختلف کنجد بهویژه در ریشه، کپسول و گل از بیان قابل ملاحظهای برخوردار بودند. همچنین پروفایلهای بیانی نشان داد ژنهای RAP2.2L، PTI6، ERF017L و ERF096 بهترتیب تحت تنشهای خشکی، اسمزی، شوری و غرقاب بشدت القا شدند. افزون بر این، نتایج qPCR نشان داد که بیان نسبی ژن ERF061L در ژنوتیپ متحمل کنجد در مقایسه با حساس تحت شرایط خشکی بیشتر میباشد. این مطالعه دادههای مهمی را برای درک تکامل و عملکرد خانواده ERF در کنجد فراهم نموده است که میتواند در برنامههای اصلاحی آینده برای تحمل تنشهای غیر زنده مورد استفاده قرار گیرد.