بیوانفورماتیک
بهناز کرمی لاکه؛ محمد مهدی سوهانی؛ امین عابدی
چکیده
پروتئینهای خانواده آنتیپورتر یون کلسیم/کاتیون (CaCA) نقش حیاتی در هموستازی یون کلسیم دارند که یک رویداد مهم در طول نمو و پاسخ دفاعی گیاه است. در مطالعه حاضر با استفاده از دادههای بانکهای اطلاعاتی مرتبط، 14 ژن CaCAs در ژنوم ذرت شناسایی و براساس سازماندهی ساختاری و ارتباط تکاملی آنها با پروتئینهای شناساییشده به سه گروه CAX، CCX و ...
بیشتر
پروتئینهای خانواده آنتیپورتر یون کلسیم/کاتیون (CaCA) نقش حیاتی در هموستازی یون کلسیم دارند که یک رویداد مهم در طول نمو و پاسخ دفاعی گیاه است. در مطالعه حاضر با استفاده از دادههای بانکهای اطلاعاتی مرتبط، 14 ژن CaCAs در ژنوم ذرت شناسایی و براساس سازماندهی ساختاری و ارتباط تکاملی آنها با پروتئینهای شناساییشده به سه گروه CAX، CCX و MHX طبقهبندی شدند. بیشتر پروتئینهای ZmCaCA دارای دو دمین Na_Ca_ex بودند. تمامی ژنهای شناساییشده دارای حداقل یک موتیف کارکردی بوده و ساختار ژنی هر زیر گروه CaCA بسیار حفاظت شده است. در پیشبینی مولکول-های miRNA واکنشگر نسبت به ژنهای CaCA در ذرت 33 نوع miRNA متفاوت شناسایی شد که در تنظیم بیان پس از رونویسی 13 ژن CaCAs از طریق برش mRNA یا ممانعت از ترجمه دخالت دارند. علاوه بر این، چندین عنصر تنظیمی cis پاسخ به تنشها و هورمونها در پیشبر این ژنها شناسایی شد. بیان متغیر اکثر ژنهای ZmCaCA در مراحل مختلف رشد و نمو، نقش مشخص آنها در نمو ذرت را نشان می-دهد. همچنین القاء بیان این ژنها در پاسخ به تنشهای غیر زیستی (سرما، شوری، خشکی) کارکرد دفاعی ژنهای ZmCaCA را مشخص نمود. بیشترین افزایش و کاهش بیان ژن مربوط به ژنهای CAX است. نتایج این مطالعه اطلاعات پایه در مورد روابط فیلوژنی و کارکردهای احتمالی ژنهای CaCA ذرت را برای پژوهشهای آتی فراهم میسازد.