بیوانفورماتیک
معصومه فلاح زیارانی؛ مهدی صفایی زاده
چکیده
ساکارز: فروکتان 6- فروکتوزیل ترنسفراز آنزیمی است که انتقال گروه فروکتوزیل از ساکارز را به گیرنده‌های مختلف کاتالیز می‌کند. اهمیت این پروتئین به دلیل نقش آن در افزایش مقاومت گیاه در برابر تنش‌ها می‌باشد. به دلیل اهمیت انتقال ساکارز در سلول، این ژن به کمک پایگاه‌های مختلف اطلاعاتی و نرم‌افزارهای گوناگون بیوانفورماتیک مطالعه گردید ...
بیشتر
ساکارز: فروکتان 6- فروکتوزیل ترنسفراز آنزیمی است که انتقال گروه فروکتوزیل از ساکارز را به گیرنده‌های مختلف کاتالیز می‌کند. اهمیت این پروتئین به دلیل نقش آن در افزایش مقاومت گیاه در برابر تنش‌ها می‌باشد. به دلیل اهمیت انتقال ساکارز در سلول، این ژن به کمک پایگاه‌های مختلف اطلاعاتی و نرم‌افزارهای گوناگون بیوانفورماتیک مطالعه گردید و با ژن‌های دخیل در هیدرولیز O-glycosyle در گندم و نیز ژن‌هایی از دیگر گونه‌های گیاهی مورد مقایسه قرار گرفت. آنالیز فیلوژنی 21 گونه مورد بررسی را در هشت گروه مجزا قرار داد. با برنامه FgenesH بر روی رشته مثبت این ژن یک اگزون شناسایی گردید و مشخص گردید که پروتئین پیش‌بینی شده آن 619 اسید آمینه طول دارد. با برنامه MapViewer مشخص شد که توالی حامل ژن ساکارز: فروکتـان 6 -فروکتوزیـل ترانسـفراز (6-SFT) اکسشن (JQ728011) بر روی کروموزوم شماره 4 گندم قراردارد. نقطه ایزوالکتریک (pI) پروتئین مورد نظر19/5، بار خالص آن 24- می‌باشد و بررسی شاخص ناپایداری Instability indx)) نشان داد که این پروتئین عمر بالایی دارد. وزن مولکولی پروتئین ساکارز: فروکتـان 6- فروکتوزیل ترانسفراز معادل 68 کیلو دالتون دالتون تعیین شد و از نظر پدیدایی (Ontology) این پروتئین در داخل سلول می‌ماند. این پروتئین دارای دو دمین حفاظت‌شده PF00251 (Glyco- hydrolasy) و SSF75005 (Arabinana) در انتهای آمینی و یک دمین SSF49899 (Cancanava) در انتهای کربوکسیلی می‌باشد. استنباط گردید که این پروتئین به واسطه دمین Glyco-hydrolasy پس از سنتز در سیتوپلاسم به هسته انتقال یافته و باعث تنظیم هیدرولیز O-glycosyle در گندم می‌گردد. مقایسه ساختار ثانویه پروتئین وجود صفحات آلفا را تأیید کرد. مدل‌سازی سه بعدی این پروتئین در گندم به روش همولوژی مدلینگ و با استفاده از پایگاه داده Swiss Model پس از انتخاب الگوی مناسب با میزان شباهت بالا که از پایگاه داده PDB استخراج شد، انجام گرفت. جهت اعتبارسنجی ساختاری مدل ترسیم شده سه‌بعدی و آنالیز استرئوشیمیایی، نمودار راماچاندران ترسیم و زوایای دی‌هیدرال محاسبه شدند. نتایج ارزیابی کیفیت ساختاری نشان داد که مدل‌های پیشنهادی دارای کیفیت و پایداری مناسبی می‌باشند. مطالعه ساختار پروتئین می‌تواند به درک عملکرد پروتئین کمک کند و بررسی جزئیات ساختار آن می‌تواند در مطالعات جایگاه فعال پروتئین و داکینگ سودمند باشد.
