نوع مقاله : علمی پژوهشی
نویسندگان
1 دانشآموخته کارشناسیارشد بیماریشناسی گیاهی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران
2 استادیار گروه گیاهپزشکی دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران
3 عضو هیات علمی بخش تحقیقات گیاهپزشکی، مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی اردبیل (مغان)، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، اردبیل، ایران
4 دانشجوی دکتری بیماریشناسی گیاهی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران
چکیده
ویروس S سیبزمینی (PVS) متعلق به جنس Carlavirus از تیره Betaflexiviridae یکی از ویروسهای مهم خسارتزا در سیبزمینی میباشد. به منظور ردیابی ویروس S سیبزمینی، نمونهبرداری از مزارع سیبزمینی استان اردبیل، طی تابستان سالهای 95-1394، صورت گرفت. گیاهان محک در گلخانه، به منظور بررسی بیولوژیکی نمونههای برگی مشکوک به آلودگی، مایه زنی شدند. نمونهها با آزمون الیزا از نظر آلودگی به ویروس PVS مورد بررسی قرار گرفتند. جهت ردیابی مولکولی، از روش RT-PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصی مربوط به ناحیه پروتئین پوششی ویروس PVS استفاده شد. توالی نوکلئوتیدی ژن پروتئین پوششی مربوط به دو جدایه از ویروس (با رسشمار MH159207 و MH159208) جدا شده از ارقام آگریا و اوشینا تعیین شد. توالی پروتئین پوششی دو جدایه با یکدیگر و با 29 جدایه دیگر قابل دسترسی در بانک ژن مقایسه شد. درخت تبارزایی رسم شده نشان داد که جدایهها به دو گروه اصلی I (زیرگروههای IA وIB ) و II تقسیم شدند. دو جدایه Ag-9-PVS-F و Os-11-PVS-F در زیرگروه IB همراه با جدایههای آذربایجان، کرمان، همدان و اصفهان و جدایههایی از مجارستان، اوکراین، اسکاتلند و هند قرارگرفتند. همردیفی توالی اسیدآمینه فرضی پروتئین پوششی دو جدایه مورد بررسی با شش جدایه ایرانی و پنج جدایه خارجی این ویروس بیانگر اختلاف در هشت و 25 اسیدآمینه به-ترتیب برای جدایههای Ag-9-PVS-F و Os-11-PVS-F بود. نتایج نشاندهنده وجود جدایههای متنوع ویروس PVS در کشور بوده و تفاوت در توالی اسید نوکلئوتیدی و اسید آمینهای میتواند حاکی از تفاوت در منشا جفرافیایی و به تبع آن نحوه و زمان ورود جدایههای ویروس به منطقه باشد.
کلیدواژهها
موضوعات
عنوان مقاله [English]
Serological and molecular detection of Potato virus S (PVS) from common potato cultivars in Ardabil province
نویسندگان [English]
- Nasim Ehteshm Rasi 1
- Ahmad Rouhibakhsh 2
- Bita Soheili Moghadam 3
- Nahid Masoudi 4
1 M.Sc. of Plant Protection, Department of Plant Protection, Faculty of Agricultural Science, Guilan University, Rasht, Iran
2 Assistant Professor, Department of Plant Protection, Faculty of Agricultural Science, University of Guilan, Rasht, Iran.
3 Scientific member of Plant Protection Research Department, Ardabil Agricultural and Natural Resources Research and Education Centre (AREEO), Ardabil, Iran
4 Ph. D. candidate, Department of Plant Protection, Faculty of Agricultural Science, University of Guilan, Rasht, Iran
چکیده [English]
Potato virus S (PVS) of the genus Carlavirus belongs to the Betaflexiviridae family is one of the important potato infectious viruses. To detect PVS, the suspected leaf samples were collected from potato fields in Ardabil province during summer in 2015 and 2016. To assess the biological properties, symptomatic leaves inoculated to indicator plants in the greenhouse condition. The samples were tested for PVS infection using DAS-ELISA. RT-PCR for molecular detection was done using specific primers related to the coat protein area of Potato virus S. The coat protein gene nucleotide sequences of two isolates of Potato virus S called Ag-9 and Os-11 obtained from Agria and Oceana cultivars were determined. The CP sequences of two isolates were compared with each other and with 29 other isolates of the virus. The reconstructed phylogenetic tree clustered the isolates in two main groups I (subgroups IA and IB) and II. Two Ag-9-PVS-F and Os-11-PVS-F isolates were clustered in IB subgroup along with isolates from Azarbaijan, Hamedan, Kerman and Esfahan as well as isolates from Hungary, Ukraine, Scotland and India. The putative coat protein amino acid sequence alignment of this two isolates with 6 Iranian and 5 foreigner isolates showed difference in 8 and 25 amino acids for Ag-9-PVS-F and Os-11-PVS-F isolates respectively. The results indicate that there are various PVS isolates in the country, and the difference in nucleotide and amino acid sequences may indicate differences in the geographic origin and hence the type and timing of entry of virus isolates into the region.
کلیدواژهها [English]
- Carlavirus
- ELISA
- Phylogenetic tree
- Potato virus S
- RT-PCR