اصلاح نباتات مولکولی
سید مجتبی خیام نکویی؛ محمد رضا غفاری؛ محسن مردی؛ زهرا قربان زاده؛ رسمیه حمید؛ مهرشاد زین العابدینی
چکیده
امروزه بهکارگیری فناوریهای پیشرفته مانند سیستم موقعیتیابی جهانی، هواپیماهای بدون سرنشین، نقشهبرداری ماهوارهای، حسگرهای از راه دور و ماشینآلات دقیق کشاورزی حجم زیادی از کلاندادهها را در طول فرایند تولید در اختیار کشاورزان قرار میدهد که میتواند بهعنوان بخشی از اقتصاد دیجیتال در کشاورزی دقیق محسوب شده و مورد بهرهبرداری ...
بیشتر
امروزه بهکارگیری فناوریهای پیشرفته مانند سیستم موقعیتیابی جهانی، هواپیماهای بدون سرنشین، نقشهبرداری ماهوارهای، حسگرهای از راه دور و ماشینآلات دقیق کشاورزی حجم زیادی از کلاندادهها را در طول فرایند تولید در اختیار کشاورزان قرار میدهد که میتواند بهعنوان بخشی از اقتصاد دیجیتال در کشاورزی دقیق محسوب شده و مورد بهرهبرداری اقتصادی قرار گیرد. تجزیه و تحلیل این دادهها بهعلت پیچیدگی قادر به پردازش توسط سیستمهای پردازش سنتی نمیباشد. با توجه به اندازه و پیچیدگی کلانداده، هوشمصنوعی قادر است از طریق الگوریتمهای یادگیری ماشین، این دادهها را به اطلاعات ارزشمند تبدیل نماید. از برنامههای کاربردی و در حال توسعه هوشمصنوعی میتوان به الگوریتمهای پیشبینی عملکرد، کاهش نهادههای کشاورزی مانند کود و سم، نظارت بر شرایط رشد محصولات، مدیریت آفات، بهنژادی و مطالعات مولکولی و درنهایت مدیریت زنجیره ارزش اشاره کرد. برنامههای در حال توسعه با استفاده از هوشمصنوعی بهزودی قادر خواهند بود علاوه بر تعیین زمان کشت، زمان ورود محصولات کشاورزی به بازار را نیز مدیریت کنند تا درنهایت سبب افزایش بهرهوری شوند. تولید کودهای زیستی از ضایعات کشاورزی میتواند دستاورد دیگری از توسعه الگوریتمهای بر پایه هوشمصنوعی برای کاهش اثرات منفی زیست محیطی و افزایش بهرهوری اقتصادی از ضایعات باقیمانده از محصولات کشاورزی باشد. در این مطالعه کاربردهای توسعهای و تحقیقی هوشمصنوعی و تأثیر آن در کشاورزی دقیق مورد بحث قرار میگیرد.
اصلاح نباتات مولکولی
پروانه محمودی؛ احمد معینی؛ سید مجتبی خیام نکویی؛ محسن مردی؛ قاسم حسینی سالکده
دوره 4، شماره 6 ، شهریور 1393، ، صفحه 35-46
چکیده
زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوبترین ادویه جهانی، گونهای تریپلوئید از خانواده Iridaceae میباشد. این گونه با کلالههای قرمز، بلند و معطر، از سایر گونههای این خانواده متمایز است. با پیشرفتهای سریع بوجود آمده در نسل دوم توالییابی، توالییابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزانتری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری ...
بیشتر
زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوبترین ادویه جهانی، گونهای تریپلوئید از خانواده Iridaceae میباشد. این گونه با کلالههای قرمز، بلند و معطر، از سایر گونههای این خانواده متمایز است. با پیشرفتهای سریع بوجود آمده در نسل دوم توالییابی، توالییابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزانتری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالیهای ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه ترانسکریپتوم موجوداتی است که توالی ژنوم آنها در دسترس نیست. توالییابی دقیق و مونتاژ قابل اعتماد در دادههای ترانسکریپتوم، برای آنالیزهای پاییندست ضروری میباشد. در این مطالعه با جداسازی و تعیین توالی ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی با استفاده از نسل دوم توالییابی نتایج عملکرد تجزیه و تحلیل داده ها بوسیله دو نرمافزار پرکاربرد به نامهای SOAPdenovo و Trinity مقایسه شد. نتایج این پژوهش نشان داد که میانگین طول توالیها و تعداد یونیژنهای بدست آمده در Trinity بیشتر از SOAPdenovo میباشد (میانگین 689 برای Trinity و 624 برای SOAPdenovo). نتایج مونتاژ بهتر توسط مونتاژگر مناسب وقتی به پروتئین ترجمه میشود منجر به افزایش معنی-داری در تعداد رکوردهای بهدست آمده در پایگاههای اطلاعاتی میشود و تعداد بیشتر یونیژن امکان شناسایی مسیرهای بیوسنتزی متابولیتهای مهم بیشتری را فراهم میکند. یونیژنهای مونتاژ شده در Trinity فاقد فاصله بوده و میانگین آن حدود دو برابر یونیژنهای مونتاژ شده بوسیله SOAPdenovo بود. بهطور کلی انتخاب ابزار و پارامترهای مناسب برای مونتاژ ترانسکریپتوم بدون درک کاملی از عملکرد ابزارهای مختلف و تنظیمات آنها کار مشکلی است. با مقایسه عملکرد نرمافزارهای مختلف بر روی موجودات مختلف میتوان توصیههایی در زمینه استفاده از آنها ارائه داد و نرمافزار مناسبتر را انتخاب کرد.