بیوانفورماتیک
مریم رمضانی؛ فرهاد نظریان فیروزآبادی؛ احمد اسماعیلی؛ سید سجاد سهرابی
چکیده
گیاه دارویی کلوس یا کرفسکوهی (Kelussia odoratissima Mozaff.) منبعی غنی از مواد فعال دارویی با اثرات درمانی است که بهصورت انحصاری در رشتهکوههای زاگرس مرکزی ایران یافت میشود. با وجود خطر انقراض اینگونه گیاهی، اطلاعاتی درباره ژنوم / ترنسکریپتوم و بیوسنتز ترکیبات ارزشمند این گیاه وجود ندارد. در بین مولکولهای حیاتی، اگرچه مولکولهای microRNA ...
بیشتر
گیاه دارویی کلوس یا کرفسکوهی (Kelussia odoratissima Mozaff.) منبعی غنی از مواد فعال دارویی با اثرات درمانی است که بهصورت انحصاری در رشتهکوههای زاگرس مرکزی ایران یافت میشود. با وجود خطر انقراض اینگونه گیاهی، اطلاعاتی درباره ژنوم / ترنسکریپتوم و بیوسنتز ترکیبات ارزشمند این گیاه وجود ندارد. در بین مولکولهای حیاتی، اگرچه مولکولهای microRNA (miRNAs) نقش مهمی در فرآیندهای مختلف زیستی بهویژه در بیوسنتز متابولیتهای ثانویه در گیاهان دارویی دارند، در حال حاضر، هیچ گزارشی از وضعیت miRNAها در گیاه کلوس منتشر نشده است. مطالعه حاضر بهمنظور شناسایی miRNAهای محافظتشده و ژنهای هدف آنها در ترنسکریپتوم برگ کلوس انجام شد. پس از توالییابی RNA با پلتفرم Illumina HiSeq 2500، خوانشهای کوتاه پردازش شده سرهمبندی شدند. در این مطالعه، تعداد 4658 یونیژن حاوی توالی miRNAهای بالقوه شناسایی شدند. پس از پالایه کردن دقیق، پنج توالی miRNA (miR156-3P، miR408، miR169، miR171 و miR398) از میان توالیهای نامزد شناسایی و ژنهای هدف آنها مشخص شدند. نتایج این مطالعه نشان داد که miRNAها در مسیرهای متابولیکی مختلفی از جمله متابولیسم بوتانوات، متابولیسم گلیکوزیلات و دیکربوکسیلات، متابولیسم نشاسته و ساکارز، تثبیت کربن در اندامکهای فتوسنتزی، تخریب پراکسیزوم و تخریب اسیدهای چرب درگیر بودند. miR408 با تنظیم ژنهای شش مسیر متابولیکی، بهعنوان تأثیرگذارترین miRNA محافظتشده در پروفایل بیانی کلوس شناخته شد. بهطور کلی، با توجه به نقش تنظیمی miRNAهای شناساییشده بر روی طیف گستردهای از شبکههای ژنی و فرآیندهای بیولوژیکی گیاه کلوس در مطالعه حاضر، میتوان از این miRNAها بهعنوان ژنهای نامزد برای بهبود صفات کمی و کیفی این گیاه استفادهکرد.
بیوانفورماتیک
محمدامین باقری؛ حمید نجفی زرینی
دوره 5، شماره 11 ، آذر 1394، ، صفحه 38-49
چکیده
شناسایی و کمیتسنجی پروتئینها و ژنهای بیان شده در شرایط تنش شوری میتواند منجر به درک هرچه بهتر مکانیسمهای پاسخی شود. بدین منظور در این تحقیق از روش پروتئومیکس مقایسهای iTRAQ جهت بررسی تغییرات پروتئینی در شرایط تنش شوری و کمیتسنجی آنها استفاده شد. سپس جهت بررسیهای بیشتر پیرامون عملکرد ژنهای شناسایی شده از اطلاعات بیان ژن و همبیانی در ...
بیشتر
شناسایی و کمیتسنجی پروتئینها و ژنهای بیان شده در شرایط تنش شوری میتواند منجر به درک هرچه بهتر مکانیسمهای پاسخی شود. بدین منظور در این تحقیق از روش پروتئومیکس مقایسهای iTRAQ جهت بررسی تغییرات پروتئینی در شرایط تنش شوری و کمیتسنجی آنها استفاده شد. سپس جهت بررسیهای بیشتر پیرامون عملکرد ژنهای شناسایی شده از اطلاعات بیان ژن و همبیانی در پایگاهداده و آنالیز توالیهای مربوطه استفاده شد. با توجه به نتایج بهدست آمده از iTRAQ-2DLC-MS/MS مجموعهای از پروتئینها از جمله P5CS1، KIN1، KIN2، ERD10، ERD14 و COR47 شناسایی شد. نتایج بیان ژنهای مربوطه نشان داد که بیان این ژنها تنها به تنش شوری محدود نمیشود و در پاسخ به سایر تنشهای اسمزی نیز دخالت دارند. شبکهی ژنی پروتئینهای شناسایی شده با نرمافزار String بررسی گردید. بر اساس نتایج بهدست آمده در طی بیان این ژنها ترکیبات محافظ از جمله مواد محلول سازگار، پروتئینهای دهایدرین و غیره در سلول تولید میشود که حضور آنها منجر به القای مکانیسمهای مقاومت و تحمل در گیاه در برابر تنشهای اسمزی از جمله شوری می شود.