بیوتکنولوژی بیماریهای گیاهی
سون آی بغدادی؛ عبدالحسین طاهری؛ سعید نصرالله نژاد؛ فرزاد علی رمجی؛ لیلا فهمیده
چکیده
به منظور ردیابی و تفکیک دو عارضه اختلال و عدم غلافبندی در سویا، ضمن بازدید از 185 مزرعه سویا واقع در استانهای گلستان و مازندران، فقط از کشت تابستانه 17 مزرعه از پنج نقطه مختلف استان گلستان، بوتههای دارای علایم اختلال و عدم غلافبندی حاد شناسایی و در ادامه هفده نمونه از هر مزرعه انتخاب و نمونهبرداری از برگ یا ساقه بوتههای مذکور ...
بیشتر
به منظور ردیابی و تفکیک دو عارضه اختلال و عدم غلافبندی در سویا، ضمن بازدید از 185 مزرعه سویا واقع در استانهای گلستان و مازندران، فقط از کشت تابستانه 17 مزرعه از پنج نقطه مختلف استان گلستان، بوتههای دارای علایم اختلال و عدم غلافبندی حاد شناسایی و در ادامه هفده نمونه از هر مزرعه انتخاب و نمونهبرداری از برگ یا ساقه بوتههای مذکور به منظوراستخراج RNA و DNA انجام شد. سپس PCR برای ردیابی نپو ویروس، با استفاده از پرایمر دژنره نپو ویروس و برای ردیابی فیتوپلاسما با استفاده از جفت آغازگرهای عمومی و یک مرحله آزمون PCR آشیانهای انجام گردید، نتایج الکتروفورز، تکثیر باند 1800 جفتبازی را در PCR عمومی، قطعه 1250 جفتبازی را در PCR آشیانهای مربوط به فیتوپلاسما و همچنین تکثیر باند 640 جفت بازی مربوط به یک نپو ویروس را تایید کرد. ضمن اینکه هیچ باندی از بوتههای سالم مشاهده نشد. همزمان پیوند پوست و مایهزنی مکانیکی روی گیاه محک سویا جی پی ایکس با استفاده از نمونههای مذکور انجام گرفت که منجر به بروز دو نوع علایم شد. از توالییابی نمونههای دارای اختلال (تولید تعداد کمی بذر و غلاف ریز)، Tomato ring spot virus استرین ep31_63026 و از توالییابی نمونههای دارای عدم غلافبندی (علفی شدن و عدم تشکیل غلاف و بذر)، فیتوپلاسمای Aster yellows phytoplasma از گروه 16SrI-B شناسایی شدند که نتایج گیاه محک را تایید کرد. بررسی فیلوژنتیکی نتایج توالییابی حضور فیتوپلاسما و نپو ویروس را فقط در کشت تابستانه نمونههایی که دارای علائم اختلال و عدم غلافبندی بودند، تائید نمود.
بیوانفورماتیک
هاجر نصراللهی؛ فرشید طلعت؛ ایرج برنوسی؛ مهدی بدری انرجان
دوره 7، شماره 20 ، اسفند 1396، ، صفحه 1-12
چکیده
هشت ژنوم دیپلوئید شامل ژنومهای A، B، C، D، E، F، G و K در جنس گوسیپیوم Gossypium شناسایی شده اند. ژنوم A فقط به دو گونه herbaceum و arboreum پنبه های دنیای قدیم محدود شده است و این ژنوم از G. herbaceumبه گونههای دیگر انتقال پیدا کرده است. به منظور توالی یابی ژنوم کلروپلاست G. herbaceum (A1) و مقایسه آن با دو گونه G. hirsutum (AD1) و G. barbadense (AD2) توالیهای ژنوم سه گونه از سایت ...
بیشتر
هشت ژنوم دیپلوئید شامل ژنومهای A، B، C، D، E، F، G و K در جنس گوسیپیوم Gossypium شناسایی شده اند. ژنوم A فقط به دو گونه herbaceum و arboreum پنبه های دنیای قدیم محدود شده است و این ژنوم از G. herbaceumبه گونههای دیگر انتقال پیدا کرده است. به منظور توالی یابی ژنوم کلروپلاست G. herbaceum (A1) و مقایسه آن با دو گونه G. hirsutum (AD1) و G. barbadense (AD2) توالیهای ژنوم سه گونه از سایت مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی برداشت شده است. موقعیت هر کدام از ژنها، تعداد نوکلئوتیدها، نواحی بین ژنی و اینترونها مشخص گردید. ژنوم کلروپلاست G. herbaceum دارای 160140 جفتباز بوده و ساختمان چهاربعدی حفاظت شده دارد. نواحی تک نسخهای ژنوم کلروپلاست، توسط دو ناحیه تکرار معکوس از هم جدا شده که ناحیه تک نسخهای بزرگ دارای 88709 جفت باز، ناحیه تک نسخهای کوچک 20221 جفت باز بوده و هر ناحیه تکرار معکوس 25605 جفت باز دارد. ژنوم پلاستیدی 114 ژن تک نسخهای و 19 ژن دو نسخهای دارد که ژنهای تک نسخهای شامل 79 ژن رمزکننده پروتئین، 4 ژن rRNA ریبوزومی و 31 ژن tRNA است. نتایج نشان داد میان ژنهای پلاستیدی فقط 18 ژن دارای 2-1 اینترون هستند که در مقایسه با ژنوم کلروپلاست دو گونه آلوتتراپلوئیدی ژن ycf15 تنها ژن دو
نسخهای موجود در G. herbaceum بود. در G. herbaceum و G. barbadense ژن rpl22 وجود داشت ولی ژن ycf15 در
G. barbadense، ژن های rpl22 و ycf15 در G. hirsutum از دست رفته اند. با وجود میزان بالای حفاظت SSRها در ژنوم کلروپلاست این SSRها به دلیل بازده بالا در مقابل SSR ژنومی برای آنالیز تنوع ژنتیکی مفید هستند.