بیوانفورماتیک
سمیرا محمدی؛ قربانعلی نعمت زاده؛ حمید نجفی زرینی؛ سید حمیدرضا هاشمی پطرودی
چکیده
MicroRNAها گروه بزرگی از RNAهای کوچک و غیرکدکننده هستند که با برش mRNA مورد هدف و یا مهار ترجمه، بیان این ژنها را تنظیم میکنند. خانواده miR164 گیاهی بسیار حفاظتشده بوده و از طریق تنظیم ژنهای NAC مورد هدف خود، در پاسخ گیاهان به تنشهای غیرزیستی نقش دارند. در مطالعه حاضر، 68 ژن بالقوه کدکننده دمین NAC در Aeluropus littoralis بهعنوان یک گیاه هالوفیت از ...
بیشتر
MicroRNAها گروه بزرگی از RNAهای کوچک و غیرکدکننده هستند که با برش mRNA مورد هدف و یا مهار ترجمه، بیان این ژنها را تنظیم میکنند. خانواده miR164 گیاهی بسیار حفاظتشده بوده و از طریق تنظیم ژنهای NAC مورد هدف خود، در پاسخ گیاهان به تنشهای غیرزیستی نقش دارند. در مطالعه حاضر، 68 ژن بالقوه کدکننده دمین NAC در Aeluropus littoralis بهعنوان یک گیاه هالوفیت از خانواده Poaceae شناسایی شد. در میان ژنهای AlNAC شناسایی شده، 4 ژن بهعنوان هدف miR164 پیشبینی شدند. حفظشدگی بالای جایگاههای تششخیص miR164 در ژنهای AlNAC حاکی از نقش ضروری جایگاههای هدف در کارکرد طبیعی این ژنها بهعنوان عوامل رونویسی میباشد. الگوی بیان ژن انتخابی AlNAC1L.1 در پاسخ به تنشهای شوری و خشکی و فیتوهورمون ABA در بافتهای برگ، ساقه و ریشه با استفاده از RT-qPCR مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که ژن AlNAC1L.1 در زمان 6 ساعت بعد از اعمال تنش در تمامی بافتها کاهش بیان نشان میدهد. در بین تیمارها، تیمار سدیمکلرید 600 میلیمولار بیان AlNAC1L.1 را در بافتهای برگ، ساقه و ریشه به ترتیب حدود 217- ، 26- و 9- برابر کاهش داد. بنابراین، AlNAC1L.1 بهعنوان ارتولوگ ژن OMTN6 (ژن NAC هدف miR164 در برنج) میتواند نقش تنظیمکننده منفی در پاسخ به تیمارهای شوری، خشکی و ABA ایفا نماید. این نتایج نشان داد که کارکرد برخی از پروتئینهای NAC میتواند در بین گونهها حفاظتشده باشد. در مجموع، این یافتهها منبع مفیدی برای تجزیه و تحلیل بیشتر میانکنشهای بین ژنهای NAC و خانواده miR164 در پاسخ به تنشهای غیرزیستی فراهم آورده است.