بیوانفورماتیک
شادی حیدری؛ پیوند حیدری
چکیده
گیاه زراعی Brassica napus بهعنوان یک دانه روغنی مهم، پس از هیبریداسیون بین گونهای اجدادش تحت بازسازی گسترده ژنوم قرار گرفته است. بهمنظور تبیین ساز و کارهای تکاملی زمینهسازِ تنوع متابولیتهای ثانویه، تحلیل مقایسهای اینسیلیکو ژنهای افتراقی بین سه گونه براسیکا انجام شد. بعد از همگذاری توالی اولیه EST کتابخانهها با استفاده از ...
بیشتر
گیاه زراعی Brassica napus بهعنوان یک دانه روغنی مهم، پس از هیبریداسیون بین گونهای اجدادش تحت بازسازی گسترده ژنوم قرار گرفته است. بهمنظور تبیین ساز و کارهای تکاملی زمینهسازِ تنوع متابولیتهای ثانویه، تحلیل مقایسهای اینسیلیکو ژنهای افتراقی بین سه گونه براسیکا انجام شد. بعد از همگذاری توالی اولیه EST کتابخانهها با استفاده از نرمافزار EGassembler، کانتیگها بهوسیله جستجوگر بلاست X توسط نرمافزار CLC Protein Workbench در مقابل پروتئینهای غیر تکراری بانک ژن واکاوی شدند. نرمافزار IDEG6 و آماره Audic-Claverie برای تعیین بیان افتراقی ژنها استفاده شد. برای شناسایی ارتولوگها و پارالوگها، از تارنمای Ensembl Plants استفاده شد و هم ردیفی دو به دو برای هر جفت پروتئین توسط CLUSTALW انجام شد. کشف موتیف DNA یک گام اولیه در بسیاری از سیستمها برای مطالعه عملکرد ژن است، بنابراین وب سایت MEME و وب ابزار STAMP برای کاوش موتیف اتصال به DNA و تعیین شباهت توالیهای موتیف پارالوگها استفاده شد. نتایج، تفاوت معنیداری را بین 18 ژن درگروههای کارکردی متابولیسم ثانویه و تنظیم رونویسی نشان داد. اکثر ژنهای دخیل در تنوع گلوکوزینولاتها در B. napus دارای ژنهای ارتولوگ در گونههای اجدادی و آرابیدوپسیس بودند که طی فرایندهای تکاملی واگرا شدهاند. درحالیکه بیشتر ژنهای تنظیم رونویسی شامل MYB28 و bHLH دارای ژنهای پارالوگ بودند که در درون گونه B. napus و در نتیجه تکثیر و جهش، به دنبال تغییرات حاصل از آلو پلیپلوئیدی تغییر عملکرد یافتهاند. ژنوم اجداد B. napus، منابع ارزشمندی برای تحلیل اینسیلیکو در درک پیامدهای ژنتیکی پلیپلوئیدی، تکامل و اصلاح B. napus فراهم میکند.